super_he_pi的博客

转载 【转载】数据库操作系统——Visual FoxPro 6.0安装步骤

转载地址：https://blog.csdn.net/panrenlong/article/details/82289978?utm_medium=distribute.pc_relevant.none-task-blog-BlogCommendFromMachineLearnPai2-11.compare&depth_1-utm_source=distribute.pc_relevant.none-task-blog-BlogCommendFromMachineLearnPai2-11.compa

转载 【转载】[特征向量在线提取工具Pse-in-One 2.0

1、Pse-In-One 简单介绍机器学习分类算法方法主要依赖于根据蛋白质的结构以及功能特性构建的特征集合，通过构造具有辨别性的特征集合来达到令人满意的分类结果，但是使用一个能够反映序列模式信息并能够保持关键序列信息的离散模型或向量是一个困难的任务。通过特征提取工具帮助科研工作者进行特征提取，自动生成需要的特征将会带来很大的便捷。Pse-In-One 便是一种能够按照用户定义的特征生成特征向量...

转载 最全的BLUP分析（转载）

**动物育种（Animal Breeding）**是指从遗传上逐代改良动物群体的重要性状从而提高畜牧生产的经济效益。由于动物育种强调从遗传结构上的改进和提升，故动物育种又称为动物遗传改良。现代育种的科学理论可以追溯到1900年孟德尔遗传定律的被重新发现，因为从那时起，育种工作（主要是针对家养动物）才得以按找科学的遗传规律来开展进行。家养动物的系统性育种工作在二次大战后得到了巨大的飞跃，美国统计学...

转载 常用医学公共数据库

01 NCDB 网址：https://www.facs.org/quality-programs/cancer/ncdb美国国家癌症数据库(National Cancer Database, NCDB)是经国家认证的，由美国外科医师学会和美国癌症学会联合组建的，它是一个基于医院登记数据的临床肿瘤学数据库，来源于超过1500多个癌症委员会认证的机构。NCDB数据库可用于分析和跟踪恶性肿瘤...

转载 TCGA-命名小介

#TCGA是生信或者医学行业常见的公共数据库，在TCGA中，一个患者可能会对应多个样本，如TCGA-A6-6650可以得到3个样本数据：TCGA-A6-6650-01A-11R-1774-07TCGA-A6-6650-01A-11R-A278-07TCGA-A6-6650-01B-02R-A277-07大家知道一般在做TCGA数据分析的时候样本名实际上只保留到前四个元素（以”-“分割...

转载 circos 作图简介

Circos官网 http://circos.ca在线绘图工具 http://mkweb.bcgsc.ca/tableviewer/visualize/Circos图的诞生Circos图诞生于2009年，当时是作为一个绘图工具类的文章发表在Genome Research（最新IF：9.944）上，其作者是Martin Krzywinski，可为“Circos之父”，我们姑且尊...

转载 maftools ：MAF文件可视化工具

转载 TCGA 命名详解

版权声明：本文为博主原创文章，遵循 CC 4.0 BY-SA 版权协议，转载请附上原文出处链接和本声明。本文链接：https://blog.csdn.net/qq_35203425/article/details/80851862在TCGA中，一个患者可能会对应多个样本，如TCGA-A6-6650可以得到3个样本数据：TCGA-A6-6650-01A-11R-1774-07TCGA-A6...

转载 R语言基本数据结构

1、向量向量是R语言中最基本的数据类型，在R语言中没有单独的变量。（1） 创建向量R语言中可以用 = 或者 <- 来赋值。向量名 <- 向量或 向量名 = 向量向量的创建方式有c（）函数，seq()函数等。注：R中的向量默认为列向量，如果要得到行向量需要对其进行转置。（2） 引用待引用向量为：test = c(6,7,...

原创 python 与 R 常用配色比较

在科研工作中，会碰到很多绘图的任务，其中，图颜色的搭配显得尤为重要。现结合常用的编程语言python与R，简单比较下其绘图的颜色部分。*可以根据需要，将此图片保存下来，方便日后绘图调用。python：R ：...

原创 python模拟登陆爬取webserver 输出结果

#科研过程中，有时候需要批量爬取Webserver预测得到的静态（动态）数据。以磷酸化位点信息为例，用python实现其过程。import reimport urllibimport numpy as npfrom bs4 import BeautifulSoupdef crawl_web_phosp(seq_all): url = "http://www.dabi.te...

转载 【python】实现网络简单爬虫

转自：https://blog.csdn.net/feit2417/article/details/85925586

转载 python统计学习方面的包--statsmodels

转自：https://blog.csdn.net/qq_41518277/article/details/80275280statsmodels与scikit-learn比较，statsmodels包含经典统计学和经济计量学的算法。包括如下子模块：回归模型：线性回归，广义线性模型，健壮线性模型，线性混合效应模型等等。方差分析（ANOVA）。时间序列分析：AR，ARMA，ARIM...

转载 三种T检验的详细区分

之前的文章中SPSSAU已经给大家详细地介绍了方差分析，之后收到的一些反馈以及日常的答疑中，我们发现关于T检验三种方法的区分还有很多小伙伴搞不清楚，下面就结合着具体案例详细聊聊T检验的那点事。01. 概念T检验是通过比较不同数据的均值，研究两组数据之间是否存在显著差异。02. 分类不同的T检验方法适用于不同的分析场景，具体的分类如下：SPSSAU整理...

转载 R语言中 对 DataFrame的常规操作

R语言dataframe的常用操作总结前言：近段时间学习R语言用到最多的数据格式就是data.frame，现对data.frame常用操作进行总结，其中函数大部分来自dplyr包，该包由Hadley Wickham所作，主要用于数据的清洗和整理。一、创建data.frame创建较为容易，调用data.frame函数即可。本文创建一个关于学生成绩的数据框，接下来大部分操作都对该数据框进行...

转载 三种不同的T检验

转载 主成分分析（PCA）R 语言实现实例解析

本篇文章不讲有关主成分分析的理论知识，只讲实际操作。实例：（中学生身体四项指标的主成分分析）在某中学随机抽取某年级30名学生，测量其身高(X1)、体重(X2)、胸围(X3)和坐高(X4)，数据如下。试对这30名中学生身体四项指标数据做主成分分析。1这些数据保存保存在students_data.csv中，该文件中的部分数据截图如下：现在开始做主成分分析第一步：将s...

转载 数据缺失值处理

步骤：1.识别缺失值2.分析缺失的原因3.查看缺失值情况4.处理缺失值识别判断缺失值：is.na()识别矩阵或数据框中的完整观测：complete.cases()any(is.na(data))：检查是否存在缺失值head(is.na(data $ col1),5)：查看数据data中col1列前5个数据的缺失情况sum(is.na(data $ col1))：计算col1...

转载 R语言 | 常用统计量 基本函数 常规操作

转自：https://blog.csdn.net/sinat_26917383/article/details/51182358先言：R语言常用界面操作帮助：help(nnet) = ?nnet =??nnet清除命令框中所有显示内容：Ctrl+L清除R空间中内存变量：rm(list=ls())、gc()获取或者设置当前工作目录：getwd、setwd保存指定文件或者从磁盘中读取...

转载 （转发）一个硕士生是如何发表5篇sci的

转自：https://blog.csdn.net/u010490755/article/details/50313209我刚刚开始做实验的时候，别人怎么说我就怎么做，每天在实验台旁干到深夜，以为这就是科研了。两个月过去，突然发现自己还在原地踏步。那种感觉，只能用“沮丧”来形容。我开始置疑自己的行为和观念。感觉有种习惯的力量在束缚着我。习惯于人云亦云，习惯于奉命行事，习惯于忙忙碌碌。我根本...

转载 python 中subprocess.Popen(）详解

转自：https://www.jianshu.com/p/9d4e4cf06d23##################################################################################################python中的subprocess.Popen（）使用从python2.4版本开始,可以用subproces...

转载 shell 脚本详细说明

转自：https://blog.csdn.net/zisefeizhu/article/details/82938444

原创 Linux下查看已安装软件

linux安装软件的方式比较多,总结起来有如下几类：第1类、rpm包安装的，可以用rpm -qa看到，如果要查找某软件包是否安装，用 rpm -qa | grep “软件或者包的名字”。 rpm -qa | grep"package's name" 第2类、deb包安装的，可以用dpkg -l能看到。如果是查找指定软件包，用dpkg -l | ...

转载 全基因组关联分析（GWAS）实现途径之一

转自：简书；链接：https://www.jianshu.com/p/bf7e67680414#################################################写在前面：本文为自己在学习过程中看过各类资料后整理做的笔记，纯属方便自己学习以及后期回顾，也希望有幸能帮助到和我一样的小白们，各位大神如果发现有错误即使纠正，我们共同学习！特别感谢所有我阅读过的各类...

转载 全基因组关联分析（GWAS）常见问题（工具，概念，脚本）

转自：https://blog.csdn.net/weixin_34409703/article/details/86399803vcftoolsplink的主要功能：数据处理，质量控制的基本统计，群体分层分析，单位点的基本关联分析，家系数据的传递不平衡检验，多点连锁分析，单倍体关联分析，拷贝数变异分析，Meta分析等等。首先必须了解plink的三种格式：bed、fam和b...

转载 Mean ± SEM or Mean(SD) 区别

1.The common descriptive statistics is mean and standard deviation (SD)SD 平均值和标准偏差Data not following the normal distribution, it is median and range适用的数据不遵循正态分布，是个中位数和范围The SD quantifies sca...

转载 主成分分析（PCA）详解

转自：https://blog.csdn.net/program_developer/article/details/80632779版权声明：本文为博主原创文章，欢迎大家转载，但是要注明我的文章地址。我的微信公众号【Microstrong】,分享机器学习、深度学习最新研究方向！一起来学习，一起来进步，一起来交流吧！ https://blog.csdn.net/program_develo...

转载 Data Augmentation--数据增强解决你有限的数据集（转载）

参考来源–感兴趣请戳我戳我.author是Bharath Raj。以下是翻译内容，有部分删减，感兴趣的可以读原文，该blog仅供学习。笔耕不易，互相交流。can my “state-of-the-art” neural network perform well with the meagre amount of data I have?Yes.我们的优化目的，是当参数沿着正确的方向...

转载 张启发院士给他的博士生的一封信（转载）

最近我拜读了各位送交的年度工作计划，仔细推敲后，仍感到有三个方面的问题十分严重： 第一，对课题理解不够，有的根本谈不上理解，做了不止一年，尚未进入角色。 第二，已经完成的工作量严重偏少，博士（有的是从本室硕士上来的）做了几年还未见到可以发表的东西。 第三，在计划中倾向于以最低工作量结束研究。即游击战法。以消耗最少的人力来解决战斗。...

转载 两台服务器之间拷贝文件-scp方法

转自 ：https://blog.csdn.net/IDOshi201109/article/details/50836702

转载 vim 编辑器快捷键大全

转自：https://www.cnblogs.com/markleaf/p/7808817.html

转载 Notepad++ 快捷键大全

转自：https://www.cnblogs.com/jungege/p/6003992.html

转载 常用统计量汇总

转自：https://www.cnblogs.com/glchen2017/p/7502359.html

转载 快速理解 最小二乘法 举例

转自：https://blog.csdn.net/ccnt_2012/article/details/81127117

原创 python 机器学习包 sklearn 实现 LASSO回归

转自：https://blog.csdn.net/luanpeng825485697/article/details/79829926

转载 总结评价指标--（回归指标）

转自：https://blog.csdn.net/chocolate_chuqi/article/details/81112051

转载 正则化的线性回归： 岭回归与LASSO回归

转自：https://www.cnblogs.com/Belter/p/8536939.html

转载 李航 |《统计学》学习笔记重点汇总

转自 ：https://blog.csdn.net/promisejia/article/details/78701736

原创 python 绘制ROC图像

# -*- coding: utf-8 -*-import numpy as np import matplotlib.pyplot as plt from sklearn import svm, datasets from sklearn.metrics import roc_curve, auc ###计算roc和auc from sklearn import cross...

转载 cell 发布 Phase separation 研究指南

转自： https://mp.weixin.qq.com/s/2YAtRPbGyY5APKvBOCz8NA 细胞是生物体结构和功能的基本单位，细胞内的各种组分如何在正确的时间以及空间上聚集以执行其相应的功能，是细胞在一系列基本的生命活动中需要解决的问题。为此，细胞进化出了一系列的细胞器，包括有膜包裹的（比如线粒体，细胞核，溶酶体等）和无膜包裹的细胞器（核仁等）。有膜包裹的细胞器...