pflotran简易安装指南

最新推荐文章于 2025-05-07 15:50:51 发布

swkdcyy

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分类专栏： pflotran的安装与使用文章标签： linux

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pflotran简易安装指南

一、安装linux虚拟机/linux子系统

安装linux虚拟机
1. 选择下载VirtualBox或Vmware Workstation Pro,我推荐下载Vmware，[Vmware官网](下载 VMware Workstation Pro)
2. 安装的过程可以在网上搜索最新的Vmware安装教程，很详细。然后Vmware的密钥在网上搜索一个就行，不行的话也可以适用一段时间
3. 然后启动Vmware，选择ubuntu镜像，[ubuntu下载](下载Ubuntu桌面系统 | Ubuntu)
4. [安装ubuntu系统教程](VMware虚拟机安装Ubuntu22.04图文教程（超详细！！！） - 知乎 (zhihu.com))（我自己在网上找的）
安装linux子系统

首先，按下windows键，打开设置
在设置->更新和安全->开发者选项->开发人员模式里打开开发人员模式
打开控制面板，并在控制面板中点击程序，进入程序界面点击启动或关闭windows功能，勾选适用于Linux的Windows子系统，然后确认并重启
打开微软应用商店，搜索ubuntu,选择搜索结果第一个或第二个，进行安装
安装完成后点击启动，设置用户名和密码。注意！！用户名和密码一定要记住，后面linux系统安装东西会需要用户名和密码。
这时候你的linux子系统可以当作一个正常的linux系统来使用，推荐在网上搜索一些常用的linux指令，以及linux系统换源和必备安装包之类的教程，会让自己在linux系统上使用更加便捷。

二、linux子系统安装pflotran

在安装pflotran前先在系统终端上键入以下指令(可能会要求输入密码)

sudo apt update --fix-missing
sudo apt install gcc gfortran make cmake python3 libtool autoconf build-essential pkg-config automake tcsh mpich vim gedit

linux子系统具有一个有点，那就是整个子系统便相当于windows中一个文件夹，很多时候输入指令不管用或者比较麻烦时，我们可以直接进入文件夹中进行操作

进入此文件夹中，我们自己启动终端时一开始所在的位置可能在home中或在root中
然后以下安装方式等同于linux系统中安装pflotran

三、linux系统中安装pflotran

在此之前，最好学习一下如何在linux系统中安装相应的软件或者包，不然后面内容会很费解
安装Git
```
sudo apt install git
```
然后安装PETSc，键入以下指令
```
git clone https://gitlab.com/petsc/petsc petsc
cd petsc
git checkout v3.20.2
```
如果出现网络问题，可以考虑科学上网，或者在windows中下载petsc，然后将安装包放入到linux系统的主目录中，并进行相应操作
```
cd petsc
git checkout v3.20.2
```

然后键入以下指令

./configure --CFLAGS='-O3' --CXXFLAGS='-O3' --FFLAGS='-O3' --with-debugging=no --download-mpich=yes --download-hdf5=yes --download-hdf5-fortran-bindings=yes --download-fblaslapack=yes --download-metis=yes --download-parmetis=yes

然后根据PETs的安装位置和体系架构来设置PETSC_DIR和PETSC_ARCH环境变量,首先进入~/.bashrc
```
sudo gedit ~/.bashrc
```
然后可以看到一堆文本信息，在这一堆文本信息的最后面，加入
```
export PETSC_DIR=/home/username/petsc
export PETSC_ARCH=gnu-c-debug
```
此时，你的PETSC_DIR便是你刚才下载的petsc的路径，如果你不是很清楚，你可以进入petsc文件夹中，键入pwd,比如我的文件夹路径

PETSC_ARCH是petsc文件夹中的体系架构，比如我的是gnu-c-debug

再加入上述两行文本后，记得进行保存此文件

然后键入以下指令

cd $PETSC_DIR
make all

此时如果出现类似于以下的输出格式，就代表PETs编译完成了

=========================================
Now to check if the libraries are working do:
make PETSC_DIR=/home/wangziyao/petsc PETSC_ARCH=gnu-c-debug check
=========================================

下载PFLOTRAN，可以git clone下来，如果遇到网络问题，也可以跟PETs的处理方法一样，科学上网把pflotran的源代码下载下来，然后放入linux系统中
```
git clone https://bitbucket.org/pflotran/pflotran
```
最后编译PFLOTRAN，键入如下指令
```
cd pflotran/src/pflotran
make pflotran
```
如果没有报错，此时pflotran就安装完成了
最后编译PFLOTRAN，键入如下指令
```
cd pflotran/src/pflotran
make pflotran
```
如果没有报错，此时pflotran就安装完成了