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转载 SSR标记与SNP标记
SSR:简单序列重复,SSR标记纪录的是对一段重复的简单序列的编码(编码一般都不是binary的)SNP:单点多态,SNP标记纪录的是一个等位位点上的不同碱基(编码一般是binary的,除非位点不是biallele的)SSR不可能位于功能基因的内部(根据其结构特征,功能基因内部不可能有类似SSR的重复模式的简单序列),而SNP可能出现在功能基因的内部。以下内容转
2013-04-16 10:40:15 12560
原创 how to calculate ANOVA
有段很好的视频:http://www.youtube.com/watch?v=-yQb_ZJnFXw
2013-04-07 11:20:05 771
原创 数据特性概要
1.多环境2.多等位基因3.有缺失4.只有genotype和phenotype数据,没有pedigree和map(marker info)数据5.观察数(n)大于标记数(p)6.数据规模小
2013-04-03 11:33:32 718
原创 数据预处理(第一天)
将excel文件另存为csv格式(不支持多个sheet,每个sheet保存为独立的csv文件)4个csv文件:1.基因型:genotype.csv,375行105列,每行为一个line(第一列为line编号)。编码方式:纯合体用1位数1~n(n种不同等位基因型,n最大为7)表示,杂合体用2位数xy(x,y:1~n)表示,未测定的用-9表示(原文件中line 332, RM10376,闪闪标
2013-04-03 11:13:24 1231
原创 JS-Estimator与EB
JS-Estimator: the James-Stein EstimatorEB: Empirical BayesEmpirical Bayes methods are procedures for statistical inference in which the prior distribution is estimated from the data. This ap
2013-04-02 09:30:53 834
空空如也
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