服务器上安装mpi4py

服务器上安装mpi4py

尝试方法1(失败)

python -m pip install mpi4py

结果报错，缺失某一个库文件导致编译失败。
解决方法，如果有权限的话可以sudo安装libopenmpi-dev解决，否则只能手动编译

尝试方法2（失败）

参考https://mp.weixin.qq.com/s/f5bqgJYG5uAK1Zubngg65g

curl -O https://files.pythonhosted.org/packages/a6/5d/d58de70175c333255120a25abde95dd119af769bfa4c7ab4dd688b2af15f/mpi4py-3.1.2.tar.gz

tar -zxvf mpi4py-3.1.2.tar.gz

修改mpi.cfg中对应的openmpi文件加载项
编译

python setup.py build --mpi=openmpi
# 安装
python setup.py install --user

编译成功

测试

python -c "from mpi4py import MPI"

出错，网上检索到原因是openmpi版本太低3.1.2?

尝试方法3

使用服务器上的intel mpi2019进行编译
不修改任何文件

python setup.py build 
# 安装
python setup.py install --user

测试

python -c "from mpi4py import MPI"

成功

服务器上运行mpi4py程序

首先编写好待测试的py文件，如mpi4py_test.py

bsub -q test_queue -n num_of_processor -o %J.log -e %J.err mpiexec -np num_of_processor  python mpi4py_test.py