cromwell
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探索者v
这个作者很懒,什么都没留下…
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cromwell-web server 服务器端
cromwell-web server 服务器端cromwell 除了之前提到的执行单个任务流程的run 模式,还有强大的server模式,即启动一个web服务,然后通过接收REST 请求实现任务调度。java -Dconfig.file=cromwell.config -jar cromwell-69.jar servercromwell默认开启8000 端口,可以在cromwell.config中修改网络配置。访问 http://127.0.0.1:8000/sw原创 2021-10-07 13:25:08 · 1037 阅读 · 3 评论 -
cromwell-配置集群/云作业管理系统
cromwell-配置集群/云作业管理系统cromwell 不仅支持本地计算机任务调度,同时支持集群/云计算作业管理系统,只需要进行简单配置,就可以实现大规模计算。配置文件与前文提到的cromwell 命令行配置一样,cromwell进行集群运算也需要进行文件配置。官方针对不同的集群/云作业管理系统提供了相关的配置文件(https://github.com/broadinstitute/cromwell/tree/develop/cromwell.example.backends),但是本质都是讲调度原创 2021-10-06 20:31:00 · 1400 阅读 · 1 评论 -
cromwell-命令行配置文件
可以通过配置文件或 Java 命令行在缓存、文件系统、数据库等方面来配置 Cromwell。java -Dconfig.file=/path/to/cromwell.conf cromwell.jar ...具体命令行使用,参考之前的文章cromwell 命令行配置文件按照[HOCON]https://github.com/lightbend/config/blob/master/HOCON.md#hocon-human-optimized-config-object-notation自定义配置原创 2021-10-05 19:22:14 · 786 阅读 · 0 评论 -
cromwell 介绍(一)
WDL是Broad Institute开发的“human readable and writable”定义组织任务与工作流的一种语言,主要面向生物信息/基因组学等领域。Cromwell 是WDL语言的任务管理引擎, 在 BSD 3-Clause 许可下开源。cromwell 下载cromwell 由java语言编写,可以下载打包好的jar,直接使用https://github.com/broadinstitute/cromwell/releases截止到2021年10月,cromwell 已经r原创 2021-10-05 19:20:39 · 2022 阅读 · 0 评论