UCSC Genome Browser
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探索者v
这个作者很懒,什么都没留下…
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【UCSC Genome Browser】Genes and Gene Predictions - GENCODE
【UCSC Genome Browser 大乱炖】Genes and Gene Predictions - GENCODEGENCODE 是Sanger研究院维护的基因组功能注释数据库(https://www.gencodegenes.org),UCSC浏览器整合了这一数据库,方便研究人员对基因信息进行研究。GENECODE 配置信息点击GENCODE v32可以对显示参数进行设置。display mode 信息的展示由多到少,full(全部显示)>pack>squish>原创 2021-10-05 19:52:29 · 777 阅读 · 0 评论 -
【UCSC Genome Browser】- ClinGen剂量敏感性分析
【UCSC Genome Browser】- ClinGen剂量敏感性分析ClinGen是美国国立卫生研究院(NIH)资助的资源,致力于构建用于精准医疗研究的基因、变异和疾病的临床相关性的资源。在遗传变异解读过程中,离不开ClinGen网站(https://clinicalgenome.org/)的使用,比如遇到基因LoF(Loss of Function)或deletion可以从单倍剂量不足下手。ClinGen 是遗传解读中重要的使用工具,已有很多公众号对该数据库做了详细的介绍,可参考本文重点解读C原创 2021-10-05 19:50:13 · 4264 阅读 · 1 评论 -
【UCSC Genome Browser】- 小技巧
【UCSC Genome Browser】- 小技巧Browser 视图介绍UCSC Genome Browser根据基因组位置信息,将不同数据库以track(轨道)的方式聚合在同一个视图中,使得研究人员可以进行多层次的比较和分析。我们选择几个track(数据库)进行展示,不同的track可能有不同的展示方式,在后续的文章中我们会逐个介绍。Browser 配置点击视图下方的configure 按钮,可以对浏览器进行设置。image width 可以根据自己的显示器宽度调节;abel are原创 2021-10-05 19:47:27 · 1957 阅读 · 0 评论 -
【UCSC Genome Browser】- Genes and Gene Predictions - NCBI RefSeq
【UCSC Genome Browser】- Genes and Gene Predictions - NCBI RefSeqRefSeq(RNA reference sequences collection,) 是NCBI维护的标准参考序列数据库,提供了具有生物意义上的非冗余的基因、转录本及蛋白质序列,详细介绍可以参考RefSeq官网(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/refseq/)UCSC Genome Browser 将这一权威数据库作为一个track,方便研究人员进行基原创 2021-10-05 19:45:19 · 1098 阅读 · 1 评论 -
【UCSC Genome Browser】比老东家还出名的基因组数据库
UCSC基因组浏览器,比老东家还出名的数据库对于生命科学从业者来讲,UCSC基因组浏览器可能并不陌生,这可是基因组的大百科全书,但是UCSC是什么呢…好像是加州大学。。什么。。什么。。分校。好吧,我们一起百度下 UCSC最先搜索出来的是UCSC Genome Browser,其次才是他的老东家 加州大学圣克什么。。分校(当然,这不重要…)果然是一款比老东家还要出名的基因组数据库。因为平时工作中经常会用到这个数据库,宝藏一般汇聚了各类信息,使你的工作事半功倍。所以计划仔细研究下这个数据库,原创 2021-10-05 19:42:39 · 1439 阅读 · 0 评论