Ubuntu8.04 下编译安装 Desmond2.29

编译安装Desmond依开发者的话，不是一件容易的事情，主要是它依赖于太多的第三方包，这主要包括：Open MPI、Python、Boost库、numpy、ANTLR、simplejson、VMD等。更可恶的是对这些依赖都有严格的版本规定，要是用了非推荐的版本，在编译安装的过程中可能就会很悲剧了，所以还是建议按照Desmond的安装说明文件中写明的版本进行安装吧。

      首先要做的是降低gcc的版本，按照安装说明，要使用gcc4.1.2，而事实上Ubuntu8.04上默认安装的版本远比这个高多了，甚至在新立德的库里也无法找到这个版本了，所以必须手动编译安装。具体安装过程参见另一篇日志：
http://farlearn.spaces.live.com/blog/cns!B9B9DF2A21581DFC!192.entry
按照该说明和安装Desmond的实际需求，可以如下配置：
% ../gcc-4.1.2/configure --prefix=/usr/local/gcc-4.1.2 --enable-languages=c,c++

      接着编译安装Open MPI1.3.2和Python2.5.1，应该不会遇到什么问题。

      最困难的部分还是在于Boost库的安装，具体安装可参见：
http://farlearn.spaces.live.com/blog/cns!B9B9DF2A21581DFC!193.entry
根据实际需求，应该如下配置：
% ../boost_1_37_0/  ./configure --prefix=/usr/local/ForDesmond/boost --with-libraries=serialization,iostreams,filesystem

      numpy的安装可以直接从新立得中进行，这样可以简化许多。
      ANTLR、simplejson在Desmond2.29中已经集成了，不必另外安装。
      VMD只在分析数据时使用，尚不用管。
   
      把所有依赖的第三方包安装好了以后，还需要对这些包设置一些环境变量，这一步在说明文档中说得不够详细，设置起来需要不少精力，有些甚至要对可能的路径逐一测试，这里给出本人机子上的配置，以作参考：

export DESRES_CLEANENV_ENVIRONMENT=1

export BOOST_PREFIX=/usr/local/ForDesmond/boost
export BOOST_INCL=/usr/local/ForDesmond/boost/include/boost-1_37
export BOOST_SERIALIZATION=libboost_serialization-gcc41-mt-1_37
export BOOST_IOSTREAMS=libboost_iostreams-gcc41-mt-1_37
export BOOST_SUFFIX='-gcc41-mt-1_37'

export PYTHON_PREFIX=/usr/local/ForDesmond/python

export NUMPY_INCL=/usr/share/pyshared/numpy/core/include/numpy
export NUMPYPATH=/usr/lib/python2.5/site-packages

echo "************start************"

make -f GNUmakefile MPI=serial


以上最后一个命令便是安装Desmond，由于环境因素，本机上暂只能以串行方式编译安装，要实现并行可能还需要一些依赖包和设置，以待后论。