由于需要调试 github 中的一个 pymc3 的例子,最近安装了 pymc3 包。由于例子比较早,它使用的 pymc3 比较老,只能安装比较老的版本。
我是在 debian 12 中安装了 Anaconda。然后,在虚拟环境下安装 pymc3 。步骤如下:
(1) conda create -n mcmc python=3.8
这是创建一个名为 mcmc 的虚拟环境,python 的版本是 3.8。你可以根据自己的喜好,把虚拟环境的名称 mcmc 改成自己设定的任意名称。
(2) conda activate mcmc
这是在第(1)步创建的虚拟环境完成后,激活这个虚拟环境。
(3) pip install pymc3
步骤(3) 安装 pymc3, 不需要安装 theano 包,因为 pymc3 自带的有 theano-pymc。下面的步骤 (5)(6)(7) 是在虚拟环境 mcmc 中安装内核,并且把内核映射到这个新的虚拟环境。这样就会在 jupyter notebok kernel菜单中出现 mcmc 核。打开 jupyter notebook 后,选择菜单栏的 “kernel", 在下拉列表中选择 "change kernel", 然后选中 ”mcmc"。这样 jupyter notebook 就是在 mcmc 对应的虚拟环境下工作的。
(5) conda activate mcmc (如果前面已经激活了这个虚拟环境,这一步就不需要了,只需要(6)和(7) 就可以了。)
(6) pip install ipykernel ipython
(7) ipython kernel install --user --name mcmc
打开 ju