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2012-02-27 17:44:49 1322

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4DTV
佳米米要学学好生信: 4DTV代表四重同义（退化）第三密码子颠换。它代表四个密码子内第三个核苷酸位置的突变，不会导致其编码的蛋白质内相应氨基酸同一性的改变。这种对基因转录区内同义突变率的估计，而不是对经历选择的区域内同义变异率的估计是估计最近进化历史中差异的保守方法。基于4DTV分布中的离散峰，描绘了与“唾液样”全基因组复制事件相对应的距离。重复片段被定义为不同连锁组或支架上的区域，其包含六个或更多具有相似4DTV值的同源对，其中不到25个非同源基因介入。由“唾液”重复产生的基因对（显然是杨柳科常见的）由0.04至0.17之间的4DTV值定义。使用基因组浏览器验证片段重复的侧翼区域的微合性。在本次分析中，与同一同源基因匹配的Tandemly重复基因只计算一次。http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC2174922/同义替换（Ks）和四重简并位点颠倒（4DTV）计算对于每对同源物，我们使用CLUSTALW（Thompson等人，1994）对其蛋白质序列进行比对，并使用PAL2NAL将蛋白质比对转换为DNA比对（Suyama等人，2006）。由于各种原因，一些同源基因无法产生可靠的CLUSTALW比对，并从进一步分析中丢弃。使用PAML包中实现的Nei-Gojobori算法（Nei和Gojobori1986）计算Ks值（Yang 1997）。我们使用其他算法重复了Ks计算，发现差异是小的系统偏差，不会影响主要结论。我们使用内部Perl脚本计算了基因对之间的4DTV值。计算具有以下特征的基因对的4DTV值：≥10个四倍退化位点。四重简并位点是氨基酸残基G、A、T、P、V和R、S、L的密码子。然后，使用以下公式校正原始4DTV值，以确定在同一位点可能发生的多重突变：http://genome.cshlp.org/content/18/12/1944.long
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