临床研究中,经常需要进行相关性分析,因此编写代码如下:
rm(list = ls())
options(stringsAsFactors = F)
library(openxlsx)
a <- read.xlsx('./AAV_analysis.xlsx', sheet = 1, colNames = T)
## 将数据库中的数值转换为数值型
for (i in 1:ncol(a)) {
a[,i] <- as.numeric(a[,i])
}
## 计算相关性系数与p值
liu.cor <- function(a) {
z <- data.frame(rep(0, 4))
for (i in 2: ncol(a)) {
cor <- data.frame(a[,1], a[,i])
cor <- na.omit(cor)
temp_results <- cor.test(cor[,1], cor[,2])
v <- c(temp_results$estimate, temp_results$p.value, temp_results$conf.int)
names(v) <- c('r', 'p.value', 'conf.int.l', 'conf.int.u')
v <- as.data.frame(v)
colnames(v) <- colnames(a)[i]
z <- cbind(z, v)
}
z <- z[,-1]
z <- t(z)
y1 <- rep(colnames(a)[1], (ncol(a)-1))
y2 <- colnames(a)[-1]
cor_results <- data.frame(x=y1, y=y2,z)
return(cor_results)
}
cor.results <- liu.cor(a)
write.csv(cor.results, './correlation_ZNF683.cs