第1列与其他所有列的相关性分析,并做森林图与散点图

临床研究中,经常需要进行相关性分析,因此编写代码如下:

rm(list = ls())
options(stringsAsFactors = F)

library(openxlsx)
a <- read.xlsx('./AAV_analysis.xlsx', sheet = 1, colNames = T)


## 将数据库中的数值转换为数值型
for (i in 1:ncol(a)) {
  a[,i] <- as.numeric(a[,i])
}

## 计算相关性系数与p值
liu.cor <- function(a) {
z <- data.frame(rep(0, 4))
for (i in 2: ncol(a)) {
cor <- data.frame(a[,1], a[,i])
cor <- na.omit(cor)
temp_results <- cor.test(cor[,1], cor[,2])
v <- c(temp_results$estimate, temp_results$p.value, temp_results$conf.int)
names(v) <- c('r', 'p.value', 'conf.int.l', 'conf.int.u')
v <- as.data.frame(v)
colnames(v) <- colnames(a)[i]
z <- cbind(z, v)
}
z <- z[,-1]
z <- t(z)
y1 <- rep(colnames(a)[1], (ncol(a)-1))
y2 <- colnames(a)[-1]
cor_results <- data.frame(x=y1, y=y2,z)
return(cor_results)
}
cor.results <- liu.cor(a)
write.csv(cor.results, './correlation_ZNF683.cs
  • 0
    点赞
  • 0
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 0
    评论

“相关推荐”对你有帮助么?

  • 非常没帮助
  • 没帮助
  • 一般
  • 有帮助
  • 非常有帮助
提交
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

红包个数最小为10个

红包金额最低5元

当前余额3.43前往充值 >
需支付:10.00
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明:

1.余额是钱包充值的虚拟货币,按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载,可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值