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原创 解决samtools将sam文件转换为bam文件时多条重复错误的方法：Duplicate entry “1“ in sam header
我今天在用samtools将比对好的sam文件转换为bam文件时，一直出现多条重复的错误，如下图我尝试了很多方法，找到了bamutil这个软件，可以解决这个问题，但如果只有一条重复，那可以用下面这个方法#打印重复的内容 && /1/ ，1需要换成你重复的内容值awk '/^@/ && /1/ { print } /^[^@]/ { exit }' aln-pe.sam#删除重复的内容 { if (/:1/) 这里面的/:1/，:1需要换成你重复的内容值
2022-05-26 22:40:16
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原创 基于html 和javascript搭建基因组浏览器 ---Jbrowse（附代码，并说清楚踩坑之处）
由于自己的项目缺少一部分可以展示的基因组浏览器，看到很多网站都用了jbrowse这个浏览器，所以我也跟着学习了一下，并放在了自己的项目里。下面说下学习方法：我是根据官方文档学习的：https://jbrowse.org/jb2/docs/tutorials/embed_linear_genome_view/01_introduction/1、安装jbrowse 我用的npm安装的#在终端安装npm install -g @jbrowse/cli#安装之后，在终端输入下面这行命令，看看是否会出
2022-05-09 12:06:32
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原创 SUPPA2 分析可变剪切（附详细代码）
SUPPA2 分析可变剪切1、下载基因组转录本文件以人类基因组转录本文件下载为例：打开网站ensemble：http://asia.ensembl.org/index.html --> 点击 human点击download dna fasta点击划红线的部分，并下载到本地，之后上传到服务器中。也可以在https://www.gencodegenes.org/mouse/ 网站中下载gtf文件和转录本fa文件2、解压基因组转录本文件gunzip Homo_sapiens.GRC
2022-04-28 15:35:59
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原创 excel中使用countif函数，计算一列数据的重复内容个数
excel中使用countif函数，计算一列数据的重复内容个数平常，在统计数据时，需要知道excel表格中某一列数据的每个内容的具体个数有多少，虽然可以通过写代码解决，但是对于没有代码基础的人来说有些复杂，所以可以使用excel表格自带的 countif 函数进行计算。使用方法：countif 函数使用输入好函数之后回车，即可出现次数，之后往下拖动即可按顺序出现所选区域的每行内容的个数......
2022-02-14 21:39:03
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原创 MySQL查询命令学习记录（更新中）
mysql真的是一个强大的数据库，记录下MySQL的学习查询记录day 11）左连接查询（优先显示左表的数据）根据两个表相同的字段，查询左表在右表中的内容，如果左表字段值等于右表，符合条件的显示数值，不符合条件的填充nullSELECT * from results LEFT JOIN tran ON tran.Parent = results.Geneid ORDER BY results.Geneid 2）查询俩表相同字段重复的值的所有信息（不重复的不显示）（多表联合查询）sel
2021-12-09 21:28:42
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原创 vue 中画echarts 箱线图代码，并修改横坐标为自己的数据（多系列箱线图 和单组数据的箱线图，两张图的代码）
vue 中画echarts 箱线图代码在vue中引入 echarts，并画echarts中的箱线图<template> <span> <div id="container" style="height:500px;width:600px"></div> <div id="main" style="height:500px;width:600px"></div> </span></tem
2021-11-17 21:29:48
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原创 deeptols 画图工具 使用方法与代码
deeptols 画图工具 （使用方法与代码）deeptools 使用安装：conda install -y deeptools使用：1、将bam文件转为bw格式的文件(1)先给bam文件排序：samtools sort SRRxxx.bam -o SRRxxx_sorted.bam(2)给排序之后的bam文件建索引samtools index SRRxxx_sorted.bam(3)将排序之后的bam文件转换为bw格式bamCoverage --normalizeUsing C
2021-05-08 10:54:30
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原创 可变剪切（选择性剪接）rmats2sashimiplot可视化安装与使用
可变剪切可视化 rmats2sashimiplot (python=2.7，conda update conda)官网流程：https://github.com/Xinglab/rmats2sashimiplot（打开的时候开VPN）1、安装：可以用conda安装conda install -c bioconda rmats2sashimiplot安装好之后输入 rmats2sashimiplot -h出现帮助文档即可以使用按照官网给的方法安装：（1）下载安装包到本地，并解压好，将解压好
2021-04-25 16:06:30
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转载 Linux教学 |如何快速使用linux替换文本中文字？以及sed常用命令
好久不见友友们，今后会继续在本账号更新代码各种问题解决和教学日常哦，欢迎继续关注我呀，csdn我回复不及时，也可以移步我的微信公众号关注我哦~~
2024-05-07 23:33:27
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原创 trim_galore 时，如果没有报错，但结果只有几k 的解决方法Number of sequence pairs removed because at least one read was...
trim_galore
2022-08-22 10:44:08
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原创 使用在线版Rstudio跑kegg，解决报错报错 fail to download KEGG data... Error in download.KEGG.Path(species)的方法
在线版rstudio ，你用过吗
2022-08-08 10:12:03
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转载 Excel批量去除一列数据的相同内容的方法
用替换，ctrl+f1.选中目标区域，按下快捷键Ctrl+H，打开查找和替换窗口，并且定位在替换标签。2.在查找内容里面输入省。3.然后点击下面的全部替换按钮。
2022-05-30 18:23:38
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原创 R语言对基因进行GO注释（附代码）
通常在挑选出一些基因之后，需要对这些基因进行GO注释，分析该基因的功能，现在把R分析GO的代码放在下面所需要的文件，有一列geneid即可rm(list=ls())genelist <- read.csv("C:/Users/Desktop/go.csv",header =TRUE)library(AnnotationDbi)BiocManager::install("org.Mm.eg.db",force = TRUE)options(connectionObserver = NULL
2022-05-13 17:49:34
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原创 RNA-SEQ转录组数据，由Count 计算TPM 和FPKM
1、先根据gtf文件提取基因的长度参考链接：https://blog.csdn.net/weixin_56259962/article/details/1231406302、根据count计算tpmrm(list = ls())options(stringsAsFactors = F)rawcount <- read.csv("C:/Users/Desktop/2cell.id.txt",skip = 1,sep="\t",row.names = 1)rawcount$gene_name
2022-04-25 12:00:48
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转载 报错 xxx@1.0.0 dev D:\＞ webpack-dev-server --inline --progress --configbuild/webpack.dev.conf.js解决方法
我的项目是从git上clone下来的，因为node_modules有意外改动，导致依赖库不完整。解决：1、删除项目下的node_modules，在你的项目目录下2、重新执行npm install，这会重新生成node_modules，3、执行npm run build ,4、npm run dev.如果还报错!!!重新一起安装, 一定记住, 一起同时安装!!!npm i webpack webpack-cli webpack-dev-server -D...
2022-04-15 22:59:30
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原创 python 爬虫报raise WebDriverException(seleniumxxxxxxxx)的错误解决方法
1、查看chrome浏览器的版本号，如果有点击重启的话，就直接点击，点击之后，之前打开的网页chrome浏览器会自动继续打开；2、点击下面的链接下载chrome压缩包，并打开压缩包，将chrome.exe 放入python爬虫代码py的同一个文件夹位置内，再点击代码运行，就不会报错啦。下载链接http://chromedriver.storage.googleapis.com/100.0.4896.60/chromedriver_win32.zip...
2022-04-05 22:50:23
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原创 wps excel 中将一行多列数据转换为一行两列的格式 的方法函数
在使用wps excel 整理表格时，我的表格一行有多列内容，我想把这些数据转换为一行两列的格式，在百度上查了很多方法，都很不好用，最后在论坛中看到的方法，借鉴了一下，各位可以参考。非常重要的一点：原始数据，行内容即行名，必须在A列，如果不在A列，匹配出的结果，就会少一列内容。这是我的原始数据格式：即一个ENSUMG对应多个ENSUMT整理之后的格式：具体使用的函数在所有原始数据列后面新建一列，这列内容为A列内容，我新建的列在AB列，所以输入的函数为：=INDEX(A:A,SMALL(I
2022-03-22 23:06:11
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原创 在vue 中 引入echarts 中散点图，并修改横坐标为自己的数据内容
<div> <el-row> <div style="height: 500px;width: 1000px;" id="sandiantu"> </el-row> </div><script>import * as echarts from "echarts";export default {data(){ return{}},mounted() { let bar = echa
2022-03-17 16:01:09
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原创 iframe 引入第三方页面，并去掉页面的导航栏和下半部分，只显示部分页面的方法
iframe 引入第三方页面，并去掉页面的导航栏和下半部分，只显示部分页面的方法我用的elementui 画的页面，和html一样用iframe引入第三方页面（1）src 里面写要引入的第三方页面的链接（2）iframe 一定要放在div里面，最外层div的position =relative，里层的div的position=adsolute（3）去掉头部的内容，可以直接在`里层的div中的margin-top设置，margin-top = -122px，这个-122px 可以根据自己的需求
2022-03-06 17:14:18
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原创 根据url 在ensembl 网站爬取外显子等数据
根据url 在ensembl 网站爬取外显子等数据需要先一步准备好url，我准备的url如下：主要是g 和 t 两列内容不同代码为：边爬取边存入表格import pandas as pdimport csvwith open('C:/Users/Desktop/50.csv', encoding='utf-8') as file: f_csv = csv.reader(file) for i, rows in enumerate(f_csv): if i >
2022-03-01 21:30:27
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原创 wps excel 向下选中指定行数并填充根据公式计算好的数据
wps excel 向下选中指定行数并填充根据公式计算好的数据第一步，在左上角D2那里补充好要选中的行数 如 D2:D6598，即从第2行到第6598行被选中；第二步： 选中之后，按住ctrl+enter（回车）即可填充好计算的结果exon_numbers这列的数据是提前根据公式计算出来的...
2022-02-22 16:06:43
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原创 wps excel 一列有多行数据，每个数据间隔的行数不一样，快速填充的方法
wps excel 一列有多行数据，每个数据间隔的行数不一样，快速填充的方法选定要填充的数据列——Ctrl+G——定位条件——空值——确定操作完这部之后，此时还在保持选定状态鼠标此时不要点击别的地方，而是直接在键盘上按下 =↑即可在选定状态下在编辑栏输入 =↑——按Ctrl+Enter结束计算...
2022-02-22 15:42:47
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原创 wps excel 只填充筛选后的数据栏方法
wps excel 只填充筛选后的数据栏方法1、打开wps excel2、选中要复制的内容3、在要粘贴数据的位置栏右键，粘贴，选择粘贴到可见单元格这样，就可以把数据只填充到筛选后的数据栏中了。
2022-02-22 15:22:09
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转载 从gtf文件提取gene长度
从gtf文件提取gene长度，gene外显子id，外显子起始和终止位置等方法## 下载gtf：选择的是ensembl 的小鼠的Mus_musculus.GRCm38.102.gtf：\ ## 下载好的gtf文件，导入到服务器中参考链接：https://www.jianshu.com/p/d53416962fa8操作# 解压：gunzip Mus_musculus.GRCm38.102.gtf.gz# head查看一下gtf的格式：head Mus_musculus.GRCm38.10
2021-12-28 16:05:52
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原创 rMATs 分析可变剪切
rMATs 可变剪切及rmats2sashimiplot可视化安装与使用一、安装及使用用conda安装：conda install -c bioconda rmats=4.0.2 （要用4.0.2的版本做，才可以跑出结果）检查是否安装上：rmats.py -h如果出现帮助文档，即可运行使用（1）将bam文件传输到b1.txt和b2.txt中（传输时，各个bam文件之间用逗号隔开，但不能放空格，用英文逗号，bam文件需要用到hisat2 比对出来的，只能用bam文件可以出结果）echo 231
2021-12-24 20:22:06
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空空如也
vue 使用3dmol.js
2022-03-29
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