Java调用R脚本的方法总结

0 前言

R是一种非常方便易用的绘图、统计分析、ML算法设计方面的脚本语言。实际中有这样一种场景:算法工程师用R搭建了机器学习算法模型,想用于javaweb之中但是又不想重新用java写一遍算法模型,那么可以考虑java程序中直接调用R的脚本。JAVA负责系统的构建,R用来做运算引擎,从而实现应用型和分析性相结合的系统。
本文将搞清楚如下几个问题:
1)java调用R的方式有哪些及每种方式如何使用?
2)这些调用方式的有哪些优缺点?
下面开始。

1 java调用R的两种方式

1.1 远程调用模式(使用Rserve)

Rserve是一个基于TCP/IP的服务器,通过二进制协议传输数据,可以提供远程连接,使得客户端语言能够调用R。
  Rserve作为一个package发布在CRAN上,在服务端计算机安装R之后可以直接使用install.packages(“Rserve”)进行安装。需要使用时在R控制台下加载该包,然后输入命令Rserve(),开启服务器就可以供客户端调用。
  首先建立一个新的连接,然后就可以使用eval之类的方法将R中的表达式传到服务器端,通过R求值后传回JAVA中REXP类型的变量,然后打印出来,整个过程非常简单。由于不需要对R进行初始化,因此速度会比较快。在linux等其他系统下可以同时建立多个连接,但是在Windows下只允许同时打开一个连接,后续的连接都会共有相同的命名空间。

1.1.1 Rserve的安装、启动、关闭方法

  方法一:
  准备工作:必须先安装并配置了R语言,可去官网https://www.r-project.org下载安装。
    在命令行窗口依次执行如下命令:
    每次启动r虚拟机时:r
    第一次安装Rserve包时: install.packages(“Rserve”)
    第一次加载Rserve包时:library(Rserve)
    每次需要启动Rserve服务:Rserve()

    关闭Rconnection连接:
    关闭Rconnection连接用rc.close();
  方法二:
  使用Rstudio软件直接安装Rserve的包。
  操作略。
  

1.1.2 自定义Rserve的配置文件

1)查看Rserve的help选项,Rserve包被安装在R的安装目录的library文件夹下,命令如下图所示。
这里写图片描述
2)查看Rserve的配置项
这里写图片描述
配置项含义:

config file: Rserv.cfg  配置文件名称
working root:  R运行时工作目录 /tmp/Rserv
port: 6311   通信端口
local socket: TCP/IP  TCP/IP协议
authorization: 认证未开启
plain text password: 不允许明文密码
passwords file: 密码文件,未指定
allow I/O: 允许IO操作
allow remote access: 远程访问未开启
control commands: 命令控制未开启
interactive: 允许通信
max.input buffer size: 文件上传限制262mb

3)新建自定义Rserve配置文件Rserv.cfg(可先创建Rserv.txt添加内容后改后缀为cfg),该配置文件会覆盖Rserve的默认配置,文件位置如下图。
这里写图片描述
打开Rserv.cfg,其内容设置如下:

workdir /tmp/Rserv
remote enable
fileio enable
interactive yes
port 6311
maxinbuf 262144
encoding utf8
control enable
source start.R
plaintext enable

该自定义配置项包含了一个Rserve启动脚本start.R,该脚本可用于启动Rserve时输出提示信息,新建该脚本文件并输入内容:

cat("This is my Rserve!")
print(paste("Rserve Server start at ",Sys.time()))

注:Rserve的服务器默认端口号是6311,当然用户也可以指定其他端口号。

1.1.3 Rserve的使用方法

1) java项目调用Rserve需要三个jar文件:REngine.jar RserveEngine.jar Rserve.jar
常用类及方法如下:

Rconnection():连接R服务
eval():执行R语句,返回REXP类型数据
assgin():声明变量
REXP类:其提供了asInteger(), asIntegers(), asString(), asDouble(), asDoubles(), asList()等方法将REXP类型数据转换成java相应类型的数据
2) 测试代码1,打印R版本信息:

package com.rTest;

import org.rosuda.REngine.REXP;
import org.rosuda.REngine.Rserve.RConnection;


public class Test {

    public static void main(String[] args) {
       RConnection rc = null
       try {
           rc = new RConnection();//建立与Rserve的连接
           REXP x = c.eval("R.version.string");//执行R语句
           System.out.println(x.asString());
       } catch (Exception e) {
            e.printStackTrace();
       } finally{
          rc.close();//关闭与Rserve的连接
       }

    }

}

3) 测试代码2,调用R文件中自定义函数:
创建R文件test.R

   myFunc<-function(data){
      x<-data+2;
   }

java调用代码如下:

package com.rTest;

import org.rosuda.REngine.REXP;
import org.rosuda.REngine.Rserve.RConnection;

RConnection rc = new RConnection();
// test.R的路径
String fileName = "D:\\test.R";
rc.assign("fileName", fileName);
//执行test.R脚本,执行这一步才能调用里面的自定义函数myFunc,如果不行,就在R工具上也执行一下test.R脚本
rc.eval("source(fileName)");
String num = "3";
//调用myFunc函数
REXP rexp=rc.eval("myFunc("+num+")");
//返回类型是一个整数类型,所以用asInteger
System.out.println(rexp.asInteger());
rc.close();//用完记得关闭连接

1.2 内嵌模式(使用JRI)

JRI,全名是Java/R Interface,是通过调用R的动态链接库从而利用R中的函数等。通过install.packages(“rJava”)安装rJava就行,在安装文件夹中,可以看到一个jri的子文件夹,里面有自带的例子可以用来测试。

1)配置环境变量:在PATH中添加%R_HOME%/bin和%R_HOME%/library/rJava/jri,注意R_HOME的路径要正确。
2)安装rJava: install.packages(“rJava”)
3)设置环境变量:PATH后添加%R_HOME%\library\rJava\jri
4)获取jar包:把安装目录jri文件夹下的JRI.jar、REngine.jar和JRIEngine.jar放进Java工程添加到工程中。
此模式只需要了解三个jar提供的API用法即可,不再详述。

2 两种方式优缺点

1)Rserve
优点是javaWeb项目不需要去维护R的运行,通过TCP/IP协议直接进行通讯。
缺点是它对中文的支持很弱,尤其是在windows的环境中,基本不支持中文;在linux环境下,对中文的支持稍微好些。不是完全支持中文的话,不能用于返回值有中文或者输入有中文的系统。
2)JRI
优点是对中文的支持较好。
缺点是使用JRI模式下很容易造成整个系统的崩溃,比如在java调用R的时候,中间出现了异常或者错误,导致java虚拟机崩溃,从而导致整个系统崩溃。

3 总结

实际应用中推荐是Rserve,web系统与R的维护相对独立,增强了系统的灵活性和健壮性。

4 参考资料

[1].java调用R语言的方法 褚牛牛
[2].https://www.cnblogs.com/zengming/p/8474214.html
[3].Rserve官网开发文档

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