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空间转录组
简simplify
生信达人,擅长于单细胞、转录组、甲基化、多组学联合等领域
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空间转录组第五讲:10x spaceranger aggr合并多个样本
10x空间转录组数据跑完Space Ranger之后都会生成单个样本的cloupe.cloupe,这个文件可以用Loupe Browser来对单个样本进行可视化,Loupe Browser操作简单、结果直观,非常适合不太会写代码的老师或同学来自己挖掘数据。但是,做过单细胞或空间转录组项目的同学应该都知道,实际上做数据分析的时候是需要多个样本合并起来分析的,如果再用单个样本的进行可视化就不太合适了,所以我们需要把多个样本的cloupe.cloupe整合成一个合并的cloupe文件,这样就方便自己用Loupe原创 2020-08-22 13:38:24 · 2527 阅读 · 2 评论 -
空间转录组第一讲:10x空间转录组技术介绍
最近,空间转录组学研究炙手可热。细胞及其在组织样本中的相对位置之间的关系对于理解疾病病理可能至关重要。空间转录组学是一项开创性的技术,它使科学家能够测量组织样本中的所有基因活性,并绘制出发生该活性的位置的图。该技术已经导致了新发现,这些新发现将有助于帮助科学家更好地了解生物过程和疾病。来自10X公司的Visium空间基因表达解决方案,提供了分析空间整体转录组的方法。通过将总mRNA基因表达数据与形态H&E染色的图像相叠加,利用Visium,研究人员可以从整个组织切片和各种各样的样本类型中获得整个转原创 2020-08-15 17:45:04 · 11166 阅读 · 0 评论