博客介绍了如何使用10x spaceranger aggr工具将多个空间转录组样本的cloupe.cloupe文件合并，以便于在Loupe Browser中进行可视化分析。强调了需要单个样本的spaceranger count完成，并提供了样本信息csv文件的格式要求，以及注意事项，如不进行批次校准和不同染色方法组织的不兼容问题。还提到了命令行参数和输出文件。
10x空间转录组数据跑完Space Ranger之后都会生成单个样本的cloupe.cloupe，这个文件可以用Loupe Browser来对单个样本进行可视化，Loupe Browser操作简单、结果直观，非常适合不太会写代码的老师或同学来自己挖掘数据。但是，做过单细胞或空间转录组项目的同学应该都知道，实际上做数据分析的时候是需要多个样本合并起来分析的，如果再用单个样本的进行可视化就不太合适了，所以我们需要把多个样本的cloupe.cloupe整合成一个合并的cloupe文件，这样就方便自己用Loupe Browser来有效的挖掘有价值的信息。
这里我们来介绍一下，怎么用10x spaceranger aggr来合并多个空间转录组测序的样本。
**第一步**
确保单个样本的spaceranger count已经跑完了，如如我们前面运行spaceranger count时生成了三个文件：
$ spaceranger count --id=LV123 ...
... wait for pipeline to finish ...
$ spaceranger count --id=LB456 ...
... wait for pipeline to finish ...
$ spaceranger count --id=LP789 ...
... wait for pipeline to finish ...
第二步
准备样本信息的csv文件，内容格式如下（注意逗号分隔）。
列信息说明：<
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