空间转录组第五讲：10x spaceranger aggr合并多个样本

10x空间转录组数据跑完Space Ranger之后都会生成单个样本的cloupe.cloupe，这个文件可以用Loupe Browser来对单个样本进行可视化，Loupe Browser操作简单、结果直观，非常适合不太会写代码的老师或同学来自己挖掘数据。但是，做过单细胞或空间转录组项目的同学应该都知道，实际上做数据分析的时候是需要多个样本合并起来分析的，如果再用单个样本的进行可视化就不太合适了，所以我们需要把多个样本的cloupe.cloupe整合成一个合并的cloupe文件，这样就方便自己用Loupe Browser来有效的挖掘有价值的信息。

 这里我们来介绍一下，怎么用10x spaceranger aggr来合并多个空间转录组测序的样本。
 
 **第一步**

确保单个样本的spaceranger count已经跑完了，如如我们前面运行spaceranger count时生成了三个文件：

$ spaceranger count --id=LV123 ...
... wait for pipeline to finish ...
$ spaceranger count --id=LB456 ...
... wait for pipeline to finish ...
$ spaceranger count --id=LP789 ...
... wait for pipeline to finish ...

第二步

准备样本信息的csv文件，内容格式如下（注意逗号分隔）。

列信息说明：
library_id:样本id