TRK文件转换为VTK文件的方法

在dipy或者其他脑神经纤维生成的软件中，经常会有.trk文件格式的存在，而.trk文件又只能用 TrackVis打开，不如转成.vtk格式，方便后续编程显示。

在Google了以后，发现了一个叫 tractconverter 的Python模块  (作者是Marc-Alexandre Côté，人很好，邮件咨询过他问题，很快就详细回复了)，

github地址：https://github.com/MarcCote/tractconverter

import tractconverter
input_file='tracks.trk'
input_format=tractconverter.detect_format(input_file)
input=input_format(input_file)

output_file='tracks.vtk'   #It is not exist yet
output=tractconverter.FORMATS['vtk'].create(output_file,hdr=input.hdr)
tractconverter.convert(input,output)

这样就可以转换了。

也可以采用：

TractConverter.py -i track.trk -o track.vtk -v

这样转换出来的VTK是二进制文件形式的，要变成ASCII码形式可以使用 ParaView。

至于要转换成坐标形式，可以使用：

import tractconverter as tc
streamlines = tc.VTK('tracks.vtk').load_all()

这里的streamlines和在之前自己保存trk格式时候的streamlines会有点坐标不同，这里有体素映射到世界坐标系的关系在。