用python处理dicom数据

一般情况下,3D Slicer是一个不错的选择,尤其是如果需要对dicom数据进行进一步处理的话。


不过在拿到一堆数据以后,发现了一个3D Slicer的bug,因为医院给的数据是所有类型dicom数据都放在一起,直接导入slicer的话,就会出现问题,窗格显示为马赛克。也就是这个原因,让我跟3D Slicer 的开发者之一 Steve Pieper有了交流,非常感谢他的建议。 


然后发现了Pydicom  https://pypi.python.org/pypi/pydicom/  和 dicomsort https://github.com/pieper/dicomsort 


pydicom 可以用来提取各种dicom里的信息,如PatientName等等,也可以把dicom文件里的信息匿名化,具体可以看 Github里的example文件(https://github.com/darcymason/pydicom/tree/master/source/dicom/examples)。


dicomsort 可以提取一堆dicom数据里的各种分类,如TOF, 2_t1_mprage_sag_p2-176等等,具体使用方法,同样看Github即可,简单实用的话,直接在命令行里输入:

dicomsort.py sourceDir targetDir

设置输入文件夹和输出文件夹,然后就可以了。

<think>好的,用户想用Python的pydicom库修改DICOM文件中的Tag值。我需要分步骤说明如何操作。首先,用户需要安装pydicom库,可以通过pip安装。然后,读取DICOM文件,使用dcmread函数。接下来,修改具体的Tag值,比如PatientName或StudyDate。需要注意的是,不同的Tag有不同的数据类型,比如字符串或日期,要确保赋值正确。修改完成后保存文件,可以用save_as方法。此外,可能需要注意文件是否被其他程序占用,以及DICOM标准的合规性。还需要提醒用户谨慎修改重要医疗数据,以免影响临床使用。最后,可以生成相关问题,比如如何处理私有Tag或批量修改多个文件。确保回答结构清晰,步骤明确,引用相关参考资料。</think>### 如何用Python的pydicom库修改DICOM Tag值 #### 1. 安装pydicom库 首先确保已安装`pydicom`库: ```bash pip install pydicom ``` #### 2. 读取DICOM文件 ```python import pydicom ds = pydicom.dcmread("input.dcm") # 读取DICOM文件 ``` #### 3. 修改Tag值 通过Tag地址或关键字直接修改: ```python # 修改患者姓名字段((0010,0010)) ds.PatientName = "New_Name" # 修改检查日期((0008,0020)) ds.StudyDate = "20240520" # 使用Tag地址修改(例如修改机构名称) ds[0x0008, 0x0080].value = "New_Hospital" ``` #### 4. 数据类型注意事项 - **字符串类型**:多数文本字段可直接赋值字符串 - **日期/时间类型**:需遵循DICOM格式`YYYYMMDD`或`HHMMSS.FFFFFF` - **序列类型**:需构建`pydicom.Sequence`对象 #### 5. 保存修改 ```python ds.save_as("output.dcm") # 保存为新的DICOM文件 ``` #### 6. 私有Tag处理 若修改私有Tag,需先声明: ```python ds.private_block(0x0043, "MyCreator", create=True) ds.add_new(0x00431001, 'LO', 'CustomValue') ``` #### 关键注意事项 1. 修改前建议备份原始文件 2. 部分Tag(如SOP Instance UID)涉及DICOM唯一性标识,修改后需同步更新相关关联字段 3. 确保符合DICOM标准规范(如VR类型验证)[^1] ```python # 完整示例:修改患者信息并保存 ds = pydicom.dcmread("CT.dcm") ds.PatientID = "ID12345" ds.PatientBirthDate = "19900101" ds.save_as("CT_modified.dcm") ```
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