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医学图像处理
文章平均质量分 53
yiran_max
这个作者很懒,什么都没留下…
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RANSAC三维直线拟合
ransac直线拟合原创 2022-11-10 15:54:19 · 1153 阅读 · 1 评论 -
基于主轴变换的医学图像倾斜校正
问题描述在MRI扫描的时候,可能会由于病人体位的关系,出现扫描图像是倾斜的状况,如下图所示。在特定的情况下,病人的倾斜状态会影响到后面我们数据的处理。比如在MRI头部自动定位通常是通过AC-PC连线来确定的,如果病人头部存在倾斜,则AC-PC点可能并不在同一个矢状位面上,给定位增加了难度。如何计算切斜角度切斜角度计算的方法很多,常见的有基于主轴变换的方法[1]和基于傅里叶变换的方法[2]。我这里主要介绍使用主轴变换来计算偏转角度。图像矩图像矩主要表征了图像区域的几何特征,又称为几何矩。由于原创 2021-09-10 16:18:14 · 830 阅读 · 0 评论 -
ITK图像配准总结
原创 2021-08-26 17:38:36 · 449 阅读 · 0 评论 -
Pytorch医学图像分割网络预测部署
pytorch预测import numpy as npimport SimpleITK as sitkimport torchimport torch.nn as nnclass ToyNet(nn.Module): def __init__(self): super(ToyNet, self).__init__() self.conv1 = torch.nn.Sequential( torch.nn.Conv3d(in_chann原创 2021-08-25 14:25:34 · 312 阅读 · 0 评论 -
VTK解决曲面拟合问题
将问题简化为拟合二次曲面函数z=ax2+by2+cxy+dx+ey+fz = ax^2 + by^2 + cxy + dx + ey + fz=ax2+by2+cxy+dx+ey+f写成矩阵乘法形式z=[x2y2xyxy1][abcde]z = \begin{bmatrix}x^2 & y^2 & xy & x & y & 1\end{bmatrix}\begin{bmatrix}a\\ b\\ c\\ d\\ e\\ \end{bm.原创 2021-08-10 16:41:05 · 998 阅读 · 0 评论 -
ITK标记分水岭实现
算法流程#mermaid-svg-CrQ2MV9wXEx3MmSL .label{font-family:'trebuchet ms', verdana, arial;font-family:var(--mermaid-font-family);fill:#333;color:#333}#mermaid-svg-CrQ2MV9wXEx3MmSL .label text{fill:#333}#mermaid-svg-CrQ2MV9wXEx3MmSL .node rect,#mermaid-svg-CrQ2M原创 2021-06-24 16:49:40 · 416 阅读 · 1 评论 -
ITK连通域分析
连通域一个区域D中,任一闭曲线所围区域,都属于区域D,称为“单连通区域”。连通域形状分析创建二值图像using ImageType = itk::Image<unsigned char, 2>;ImageType::Pointer CreateMaskImage(){ ImageType::Pointer image = ImageType::New(); ImageType::IndexType start; start.Fill(0); ImageType::Si原创 2021-06-16 18:03:03 · 1178 阅读 · 0 评论 -
医学图像坐标变换
计算世界坐标涉及到的图像属性有:orientationspacingorigin/* voxel index to point world position */void IJK2WP(double* origin, double* spacing, double* orientation, int* ijk, double* wp){ // |x| | x1*spx y1*spy z1*spz dx| |i| // |y| = | x2*spx y2*spy z2*s原创 2021-01-15 08:44:28 · 385 阅读 · 0 评论 -
Dicom图像方位解析
问题任意给定一张Dicom图像或者MPR重建图像,怎么解析这个图像的具体方位呢?前置Dicom图像中通常使用LPS来表示X,Y,Z轴正方向。Dicom图像中的tag(0020,0037)表示图像X轴与Y轴在标准LPS坐标系里的方位向量。解析对于任意给定的方向向量(x,y,z)x>0,表示该方向与L同向;x<0,表示该方向与R同向;y>0,表示该方向与P同向;x<0,表示该方向与A同向;z>0,表示该方向与S/H同向;x<0,表示该方向与I/F同向原创 2020-11-20 14:51:33 · 2745 阅读 · 1 评论 -
vtk多个窗口交互问题
vtk多个窗口进行交互,每个窗口需要有单独的vtkRenderWindowInteractor。在render的时候,执行vtkRenderWindowInteractor::Start之后,主线程会被阻塞。所以以下方式进行渲染是错误的。void Render(int i){....interactor->Start();}for(int i=0;i<N;i++){...原创 2018-11-28 16:26:29 · 2798 阅读 · 0 评论 -
vtk录制avi解决方案
vtk中使用vtkWindowToImageFilter和vtkAVIWriter来实现render window内容的录制。但是在录制过程中需要自行Modify vtkWindowToImageFilter数据以及vtkAVIWriter的writer方法。自然而然的想法是使用Timer来定时执行。通过指定帧率,可以计算出采样帧的时间间隔。方案一:对interactor创建timer ca...原创 2018-11-22 16:56:05 · 1013 阅读 · 1 评论 -
vtk处理外部事件
Command方式class CommandSubclass : public vtkCommand{public: vtkTypeMacro(CommandSubclass , vtkCommand); static CommandSubclass *New() { return new CommandSubclass ; } void Ex原创 2017-07-07 16:58:29 · 906 阅读 · 0 评论 -
vtk设置actor颜色问题
设置颜色vessel_actors->GetProperty()->SetColor(0.75, 0.75, 0.75);此时,会显示蓝色 需要设置对应的mappervessel_mappers->ScalarVisibilityOff();参考: http://vtk.1045678.n5.nabble.com/vtkActor-GetProperty-gt-SetColor-not-work原创 2017-07-26 10:57:33 · 5921 阅读 · 0 评论 -
ITK spacing的问题
double spacing[3]; spacing[0] = reader->GetOutput()->GetSpacing()[0]; spacing[1] = reader->GetOutput()->GetSpacing()[1]; spacing[2] = reader->GetOutput()->GetSpacing()[2]; int dims[3];原创 2017-07-26 11:58:01 · 1060 阅读 · 0 评论 -
二值图像距离图生成算法
算法主要步骤初始化将图像分为内部点和非内部点(内部点本身为1且4领域皆为1)初始化距离图像,内部点值为INF,非内部点为0更新距离 - 由上到下,由左至右迭代计算,伪代码如下:def forward_conv(image): for i in range(hight): for j in range(width): f...原创 2018-04-28 10:28:24 · 1274 阅读 · 0 评论