R语言
抹香鲸之海
纸上得来终觉浅,绝知此事要躬行。
展开
-
在win10环境下安装python,配置python环境,执行python脚本
windows10 安装 python原创 2023-11-16 17:30:09 · 2575 阅读 · 1 评论 -
libgsl.so.25: cannot open shared object file: No such file or directory
今天安装R包的时候报错:BiocManager::install('topicmodels')Error: package or namespace load failed for ‘topicmodels’ in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...): unable to load shared object '/home/keyan/R/R-4.1.0/library/00LOCK-topicmodels/00new/topicmodels/libs/to原创 2021-11-02 18:32:05 · 5220 阅读 · 0 评论 -
Rstudio中使用git
1.本地建立一个git的工作空间本地计算机中创建一个文件夹git_ideaWorkspace做工作空间打开文件夹可以以自己的姓名命名一个文件夹:2.初始化新建项目:选择版本控制:选择Git工具:输入仓库地址 本地路径仓库名称会根据仓库地址自动生成,也可以自己修改,一般默认就好:3. Push推送新增修改(多次操作)Push推送:就是把自己本地新增修改的代码发送到云端代码仓库里,方便协同人员获取最新代码先Commit提交:必须填写备注信息,才能Commit:Commit原创 2021-10-22 15:08:03 · 1749 阅读 · 0 评论 -
在Linux中替代R服务中的`memory.size()`?
使用pryr库:library(“pryr”)mem_used()27.9 MBx <- mem_used()x#7.9 MBclass(x)[1] “bytes”原创 2021-09-22 09:34:07 · 630 阅读 · 0 评论 -
Java使用Rsession访问远程或本地的Rserve实例!
package com.hessianhealth.common.core.RServe;import org.math.R.RLogPanel;import org.math.R.RserverConf;import org.math.R.Rsession;import org.rosuda.REngine.REXPMismatchException;import org.springframework.beans.factory.annotation.Value;import org.sp原创 2021-09-22 10:36:33 · 442 阅读 · 0 评论 -
docker 在容器外执行某个容器内的某个命令
不进入容器内,通过容器ID执行某个容器的某条命令:执行python脚本docker exec -it 3f196c0748c0 python /root/my_test_python/helloworld.py执行R脚本docker exec -it 0f48d1db536e Rscript /root/R/test.R-c 参数,后面的字符串就是容器内需要执行的命令docker exec -it 1282d4513328 bash -c ‘cd /root/makeflow &&原创 2021-09-23 15:16:59 · 2431 阅读 · 0 评论 -
打开网页版RStudio总是显示The RStudio server is taking a long time to respond. It is possible that your R sess
打开网页版RStudio总是显示The RStudio server is taking a long time to respond. It is possible that your R session has become unresponsive. Do you want to terminate the currently running R session?这是因为,Rstudio-server 重新登录载入session的问题.解决:1 在登陆网页Rserve的时候会在服务器的家目录中产原创 2021-09-23 09:24:00 · 2059 阅读 · 0 评论 -
docker容器安装R语言镜像。
检索Redis:docker search r-base安装部署R:docker pull r-base:4.0.2拉取成功后查看镜像 docker images:docker images启动R容器:docker run -ti --rm r-base首先你可以直接 docker run -ti --rm r-base 交互式运行一个R语言的容器,但是,基于后续使用时,R环境拉取依赖包很费时间,很多时候你可能会从以前的环境中直接拷贝library依赖包到现有环境中,所有,建议将物理目录与原创 2021-09-22 14:29:06 · 2072 阅读 · 0 评论 -
R语言链接mysql数据库的依赖包RMySQL安装及使用。
安装:install.packages(‘RMySQL’,type=‘source’)报错:fatal error: mysql.h: No such file or directorylinux CentOS解决方式报错上面提示:没有发现依赖包需要安装环境下安装:rpm: mariadb-devel | mysql-develsudo yum install mariadb-develsudo yum install mysql-devel然后运行install.packages(‘R原创 2021-09-22 09:58:34 · 1591 阅读 · 0 评论 -
R包‘SingleR‘ 安装报错:C++14 standard requested but CXX14 is not defined
环境centos7环境下:参考网上的方法 :$ mkdir ~/.R$ vim ~/.R/MakevarsCXX14FLAGS=-O3 -march=native -mtune=native -fPICCXX14=g++指定gcc编译器版本7$ export PATH=/gcc/7.3.0/bin/:$PATH$ export LD_LIBRARY_PATH=/gcc/7.3.0/lib64/:$LD_LIBRARY_PATH但是并没有解决,最后把服务器上的R服务升级成最新版本,最后解决原创 2021-07-22 10:20:35 · 1559 阅读 · 0 评论 -
liunx版Rstudio中只有system Library 没有user Library。
R安装配置,rstudio的 安装配置翻看前面的文章。R环境已经配置, rstudio指向的R也是对的,rstudio只有system Library 没有user Library 。在studio中查看R安装包的位置:查看包的安装目录:.libPaths()用户自定义安装 user Library目录:"/home/admin/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/4.0"系统system Library 目录:"/usr/local/R405/lib64/R/libr原创 2021-07-20 13:28:18 · 1048 阅读 · 0 评论 -
Linux下 R语言不能绘图 unable to start device png的解决方法。
报错:Error in .External2(C_X11, paste0(“png::”, filename), gwidth,gwidth, gwidth,gheight, :unable to start device PNGIn addition: Warning message:In png() : unable to open connection to X11 display ‘’。排查:进入R首先在R中输入 capabilities():查看图片是否可用 对应的包是否为TRU原创 2020-10-21 19:09:34 · 7814 阅读 · 0 评论 -
Linux 环境安装Seurat。
Linux系统分为两种:1.RedHat系列:Redhat、Centos、Fedora等2.Debian系列:Debian、Ubuntu等RedHat系列的包管理工具是yumDebian系列的包管理工具是apt-get查看系统版本cat /proc/version我这里是Centos保证你的服务器上已经安装了R服务,没有安装的看我往期的文章。进入R 服务:运行:library(‘Seurat’)如果提示没有这个包。执行安装命令:install.packages(“Seurat”)原创 2020-10-20 13:59:07 · 7186 阅读 · 1 评论 -
Linux安装,卸载R服务及Rstudio。
我是root用户,环境是CentOS-7-x86_64-Everything-1611.iso。查看系统版本cat /proc/versionLinux系统分为两种:1.RedHat系列:Redhat、Centos、Fedora等2.Debian系列:Debian、Ubuntu等RedHat系列的包管理工具是yumDebian系列的包管理工具是apt-get我这里是yum首先安装R服务。(1)安装依赖yum -y install gcc glibc-headers gcc-c++ gc原创 2020-10-13 11:12:43 · 11129 阅读 · 2 评论 -
configure: error: libcurl >= 7.28.0 library and headers are required with support for https
今天安装Linux环境下 安装R服务的时候遇到了 这么一个问题。网上查看了一下大多数都是让重装一下:安装curlwget http://curl.haxx.se/download/curl-7.50.1.tar.gz1. tar zxvf curl-7.50.1.tar.gz2. cd curl-7.50.13. ./configure --prefix=/opt/curl-7.50.14. make && make install但是重试了好多遍仍然没有用,后来仔细看原创 2020-10-12 19:18:33 · 7560 阅读 · 6 评论 -
Linux环境下R包和R依赖包的安装!
Linux下安装R包。1.InstallPackage.r 命令./InstallPackage.r xxx.tar.gz2.//linux下R语言离线安装依赖包R CMD INSTALL xx.tar.gz (非 InstallPackage.r 目录也可安装)3.//不卸载旧包 直接安装新包(注意安装权限)sudo R CMD INSTALL xx.tar.gz...原创 2020-03-09 14:14:08 · 5658 阅读 · 0 评论