R环境配置和R包安装

1. 环境变量

脚本语言在linux环境下都有对应环境变量，

python--PYTHONPATH
perl--PERL5LIBS
R--R_LIBS

脚本语言的环境变量，类似linux的***PATH， LD_LIBRARY_PATH，***存在多重继承的关系，不同路径以： 分割，优先级依次下降，执行程序默认在解释程序安装路径下查找包和配置文件。
R 解释器在执行脚本时，默认在安装路径下library查找安装包，如果想改变安装包搜索路径，
可以手动设置：

export R_LIBS="/user/packages:$R_LIBS"
or
echo "export R_LIBS=\"/user/packages:\$R_LIBS"\"  >>~/.bashrc

在程序执行时，R 会在R_LIBS搜索对应的执行包，包安装时，会自动定向到R_LIBS环境变量中。
此外，可以修改home下的.Rprofile文件，将需要搜索的安装包路径写道.libPaths中，如
.libPaths(c("/user/packages/library", “/home/test/library”))，可以达到同样的效果

2. R 包安装

手动安装R包，install.packages（），BiocManager::install()，# install.packages(“devtools”)
devtools::install_github()，lib可以重定向安装路径
R 包卸载：remove.packages(“package name”,.Library)
conda安装：

添加镜像：
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/msys2

conda install bioconductor-hdf5array=1.14.0 
conda install --channel https://conda.anaconda.org/BioBuilds r-ggplot2
conda  install  -c  conda-forge   r-glue

3. 执行环境查看

查看安装包路径：.libPaths()
linux查看R解释器，which R

另 rsudio-server意外终止，R is taking longer to start than usual

rm  -rf  ~/.local/share/rstudio/sessions/active/sesssion*   &&   kill rsession