2017年10月_飘羽

12月 11月 10月 09月

原创 IGV、BWA、Samtool的可视化分析过程。

1.首先使用BWA进行reads比对，结果会产生sam文件。2.对结果文件进行可视化的时候必须要注意，IGV并不是支持所有的文件格式，所以要通过samtool进行格式转换。3.所以比对后的sam文件不能够进行直接可视化，首先通过samtool软件进行格式转化为bam文件， samtools view -h file.bam > file.sam samtools view -b

2017-10-21 20:57:01 10881

原创 Shell脚本执行时报错： /bin/sh^M: bad interpreter: No such file or directory

原因：这是由于编个格式的错误，由于你在windows下编辑的文本为dox格式，而linux执行wenjian为unix，所以需要改一下格式：具体操作步骤为：vi test.sh #进入编辑模式，然后，按一下esc键，进入设置状态，执行：set ff unix最后查看文件格式：set ff到此已经变成了unix格式。祝你好运~~

2017-10-13 10:58:43 580

原创 centos6.5安装expect包步骤

准备工作：配置本地yun源（前面拥有详细步骤）1.下载相关软件包：expect-5.43.0.tar.gz tcl8.4.13-src.tar.gz2.上传到linux系统并解压先安装tcl，后安装expect：tar xvf tcl8.4.13-src.tar.gzcd tcl8.4.13/unix./configure会报错：chec

2017-10-11 01:44:16 3208

原创 centos上解压文件报错：tar: Error is not recoverable: exiting now

例如解压文件命令为：tar -zxvf hadoop-2.6.2.tar.gz解压时错误信息为： gzip: stdin: unexpected end of filetar: Unexpected EOF in archivetar: Unexpected EOF in archivetar: Error is not recoverable: exiting now

2017-10-10 21:26:41 17414 2

原创 centos上安装samtool具体步骤

1.首先在官网下载： samtools-1.6； htslib-1.6；bcftools-1.62.先配置本地yum源（之前帖子已经讲过了）3.安装依赖包：yum install gcc gcc-c++yum install gcc-gfortranyum install zlib-devel.i686yum install ncurses-devel ncur

2017-10-08 18:56:00 3702