IGV、BWA、Samtool的可视化分析过程。

1.首先使用BWA进行reads比对，结果会产生sam文件。

2.对结果文件进行可视化的时候必须要注意，IGV并不是支持所有的文件格式，所以要通过samtool进行格式转换。

3.所以比对后的sam文件不能够进行直接可视化，首先通过samtool软件进行格式转化为bam文件，

 samtools view -h file.bam > file.sam
 samtools view -b -S file.sam > file.bam

4.然后进一步对bam文件进行排序，

samtools sort file.bam file.sorted

5.下一步对排序好的文件建立索引；

 samtools index file.sorted.bam

6.将bam文件转换成tdf文件

使用IGVtools将文件转换成*.tdf

7将tdf文件导入IGV进行可视化

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