Rosalind第80题：Global Alignment with Constant Gap Penalty

Problem

In a constant gap penalty, every gap receives some predetermined constant penalty, regardless of its length. Thus, the insertion or deletion of 1000 contiguous symbols is penalized equally to that of a single symbol.

Given: Two protein strings  and  in FASTA format (each of length at most 1000 aa).

Return: The maximum alignment score between  and . Use:

• The BLOSUM62 scoring matrix.
• Constant gap penalty equal to 5.

在恒定间隙罚分中，每个间隙都会收到一些预定的恒定罚分，而不管其长度如何。因此，插入或删除1000个连续符号与单个符号的代价相同。

给出：两个蛋白质串  和 以FASTA格式（每个长度最大为1000 aa）。

返回值：之间的最大对齐分数 和 。采用：

• 该BLOSUM62得分矩阵。
• 恒定空位罚分等于5。

Sample Dataset

>Rosalind_79
PLEASANTLY
>Rosalind_41
MEANLY

Sample Output

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