hdu1080解题报告

最新推荐文章于 2017-10-08 15:36:44 发布

IT小晓鸟

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分类专栏：解题报告文章标签：动态规划 dp 最长公共子序列

本文链接：https://blog.csdn.net/u013457107/article/details/22337407

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博主分享了在后考研刷题阶段遇到的一道关于动态规划的题目——hdu1080，该题与生物信息学中的DNA序列匹配相关，实际是求最长公共子序列（LCS）问题的变形。博主提供了实现算法的AC代码，将理论知识转化为实践应用。

摘要由CSDN通过智能技术生成

后考研刷题时代正式开始，之前练dp意犹未尽，所以先拿dp题开刀，而且找了一道跟我原专业相关的题，基因序列匹配~

http://acm.hdu.edu.cn/showproblem.php?pid=1080

当年学生物信息学在书上看到了DNA序列匹配的动态规划算法，现在终于实现了它~其实就是最长公共子序列LCS的变形题，ac代码如下：

#include <stdio.h>
#include <memory.h>
#define INF -999999999

char a[210],b[210];
int an[210],bn[210];
int dp[210][210];
int score[5][5]=
{
	INF,-3,-4,-2,-1,
	-3, 5,-1,-2,-1,
	-4,-1, 5,-3,-2,
	-2,-2,-3, 5,-2,
	-1,-1,-2,-2, 5
};

int conv(char c)
{
	switch(c)
	{
		case 'A': return 1;
		case 'C': return 2;
		case 'G': return 3;
		case 'T': return 4;
	}
}

int smax(int a,int b,int c)
{
	int temp=a>b?a:b;
	return temp>c?temp:c;
}

int main()
{
	//freopen("in.txt","r",stdin);
	//freopen("out.txt","w",stdout);
	int n;
	scanf("%d",&n);
	for (int i=0;i<n;++i)
	{
		memset(dp,0,sizeof dp);
		int alen,blen;
		scanf("%d %s",&alen,a);
		scanf("%d %s",&blen,b);
		for (int i=0;i<alen;++i)
		{
			an[i+1]=conv(a[i]);
			dp[i+1][0]=dp[i][0]+score[an[i+1]][0];       //dp[i][0]要单独考虑，即前面一直用-匹配的情况 
		}
		for (int i=0;i<blen;++i)
		{ 
			bn[i+1]=conv(b[i]);
			dp[0][i+1]=dp[0][i]+score[0][bn[i+1]];
		} 
		for (int i=1;i<=alen;++i)
		{
			for (int j=1;j<=blen;++j)
			{
				dp[i][j]=smax(dp[i-1][j]+score[an[i]][0],dp[i][j-1]+score[0][bn[j]],dp[i-1][j-1]+score[an[i]][bn[j]]);
				//printf("%d ",dp[i][j]);
			}
			//printf("\n");
		}
		printf("%d\n", dp[alen][blen]);
	}
	return 0;
}