如何用logstash处理列式存储的文件

背景

最近遇到一个问题，朋友需要使用es去处理一些基因数据，其特点和其他的数据不一样，对象的个数很少，但每个对象下面有很多field。并且field的值是动态添加的，用列式存储数据是最为方便的。

方便起见，画了个示意图，file1是行式存储，即我们常见的csv，第一行是标题，后面每一行就是一条记录。

而file2，则是列式存储，第一列式header，后面每一列都是一条记录

要使用logstash或者其他任何工具处理这个文本都会带来不小的麻烦。因为，对于文件的处理，我们是按行写入的，通过\n等换行符进行行的区分（计算机语言里面没有换列符的说法）；同理，在读取的时候，我们顺序从文件开头读取，也是每检测到一个换行符认为是一行。

我们比较读取第一行和第一列的区别，如果我们要读取文件的第一行，只需要遇到第一个换行符就可以结束了，而要读取第一列，则非得读完所有的行才行，基本上是读完整个文件。

但这样也有一个好处，就是为每条记录增加一个属性时，只需要增加一行即可，而行式存储则无法做到。

需求

现在，假设我们遇到这样的一个csv文件：

它有几个特点：

• 标签在第一列，标签的值在第2列～第N列
• 有些标签只有一个值，有些标签有N个值
• 以,作为分隔符

我们希望logstash将该csv解释为如下数据，并存储到ES中：

即：

• 第一列作为field
• 每一列的标签值作为一个doc
• 只有一列的标签值，复制到每一列当中

解决思路

在上文已经提到了，如果我们要按列来生成记录（doc）存储到elasitcsearch里面，必须一次性读取整个文件。这样会带来一个问题，即文件有新增的时候，即为每条记录增加一个属性时，我们需要update之前生成的所有doc，这个问题可以解决，但我们先不在这里讨论。总之，要处理列式数据，我们不可能一行一行的读数据，因为logstash是流式处理，来一条数据会马上开始处理，处理之后会直接放到es，然后开始下一个数据的处理，而不会等所有数据来了之后再合并处理。而且根据worker数量的设置，该流程是并发的，并没有时序保证。因此，必须一次读完整个文件。我们可以使用filebeat，或者直接使用file plugin:

input{
  file {
    path => "/tmp/test.csv"
    start_position => "beginning"
    sincedb_path => "/dev/null"
    ignore_older => 0
    close_older => 0
    codec => multiline {
      pattern => "^\r\n"
      negate => "false"
      what => "previous"
    }
  }
}

注意，每个版本的logstash的参数不一样，而且最后一行需要有一个空行

当我们读完整个文件，该文件在logstash里面就是一个完整的event，此时，我们首先要提取第一列来作为field。这个可以采用kv插件。
文件读进来，在内存中是如下模型：

#Platform,V40_BGISEQXXX\r\n
#DateTime,2019-06-15 14:21:44\r\n
fovname,C003R003,C003R004,C003R005,C003R006,C003R007,C003R008,C003R009\r\n
...

我们首先要把第一个,转为其他符号，比如=,来方便kv插件操作。mutate插件的gsub可以帮我们做到：

filter {
  mutate {
    gsub => ["message", "(^.*?),","\1="]
  }
}

然后使用kv：

  kv {
  field_split => "\r\n"
  remove_field => ["message"]
 }

注意，处理完之后我们就可以丢弃message了。此时logstash的event应该包含为：

{
  "#Platform": "V40_BGISEQXXX",
  "#DateTime": "2019-06-15 14:21:44",
  "fovname": “C003R003,C003R004,C003R005,C003R006,C003R007,C003R008,C003R009”,
  ...
}

接下来，我们需要将这个event按列拆分成多个event，然后每个event输出为一个doc到elasticsearch。具体可以参考split插件的做法，但这里必须使用ruby插件自己实现逻辑，这里给出参考：
conf:

  ruby {
   
    path => "/Users/Applications/logstash-