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深度学习
文章平均质量分 73
joshuasea
这个作者很懒,什么都没留下…
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iDNAProt-ES: Identifcation of DNA-binding Proteins Using Evolutionary and Structural Features 论文阅读笔记
iDNAProt-ES 一种DNA结合蛋白质的预测方法introduction:part1: DNA结合蛋白质的实验费时间,所以用计算机来做。 利用基于序列的基于进化和结构的蛋白质特征来鉴定它们的DNA结合功能。 我们使用递归特征消除来提取一组最佳特征,并使用带有线性内核的支持向量机(SVM)来训练它们以选择最终模型。part2:DNA结合蛋白是与DNA结合并相互作用的蛋...原创 2018-07-27 20:51:54 · 739 阅读 · 0 评论 -
Stochastic Gradient Hamiltonian Monte Carlo论文笔记
Abstract哈密尔顿蒙特卡罗(HMC)抽样方法提供了一种机制,用于在Metropolis-Hastings框架中定义具有高接受概率的远程建议,从而比标准随机游走建议更有效地探索状态空间。近年来,这种方法的普及已经显着增长。然而,HMC方法的限制是用于模拟哈密顿动力系统所需的梯度计算 - 这种计算在涉及大样本大小或流数据的问题中是不可行的。相反,我们必须依赖于从数据子集计算的噪声梯度...原创 2018-09-07 13:52:27 · 3708 阅读 · 2 评论 -
贝叶斯及其相关基础知识
历史背景 贝叶斯全名为托马斯·贝叶斯(Thomas Bayes,1701-1761),是一位与牛顿同时代的牧师,是一位业余数学家,平时就思考些有关上帝的事情,当然,统计学家都认为概率这个东西就是上帝在掷骰子。当时贝叶斯发现了古典统计学当中的一些缺点,从而提出了自己的“贝叶斯统计学”,但贝叶斯统计当中由于引入了一个主观因素(先验概率,下文会介绍),一点都不被当时的人认可。直到20...原创 2018-09-13 14:37:28 · 2937 阅读 · 0 评论 -
详解最大似然估计(MLE)、最大后验概率估计(MAP),以及贝叶斯公式的理解
最大似然估计(Maximum likelihood estimation, 简称MLE)和最大后验概率估计(Maximum a posteriori estimation, 简称MAP)是很常用的两种参数估计方法,如果不理解这两种方法的思路,很容易弄混它们。下文将详细说明MLE和MAP的思路与区别。贝叶斯公式就是在描述,你有多大把握能相信一件证据?(how much you can trust...原创 2018-09-14 10:06:05 · 1417 阅读 · 0 评论 -
Bayesian 6 days 学习笔记---day1.part1
贝叶斯框架条件和边缘分布 条件分布 = 联合/边缘 产品规则:任何联合分布都可以表示为一维条件分布的乘积求和规则:通过整合不必要的变量,可以从联合分布中获得任何边际分布Arbitrary conditioning 任意调节假设我们有三组变量p(X,Y,Z)的联合分布 我们观察Z并且对预测X感兴趣 Y的值是未知的,与我们无关 如何从p...原创 2018-09-11 10:45:17 · 161 阅读 · 0 评论 -
On the prediction of DNA-binding proteins only from primary sequences: A deep learning approach论文笔记
Abstract DNA结合蛋白在真核和原核蛋白质组的选择性剪接,RNA编辑,甲基化和许多其他生物学功能中发挥关键作用。从一级氨基酸序列预测这些蛋白质的功能正成为基因组功能注释的主要挑战之一。传统的预测方法通常致力于从序列中提取生理化学特征,但忽略图案之间的基序信息和位置信息。同时,训练数据中的小规模数据量和大噪声导致预测的准确性和可靠性较低。在本文中,我们提出了一种基于深度学...原创 2018-09-14 20:36:03 · 1105 阅读 · 0 评论 -
Protein Secondary Structure Prediction Using Cascaded Convolutional and Recurrent Neural Networks笔记
利用级联卷积和递归神经网络预测蛋白质二级结构 Abstract 蛋白质二级结构预测是生物信息学中的一个重要问题。受近期深度神经网络成功的启发,在本文中,我们提出了一种端到端深度网络,可以从集成的局部和全局上下文特征预测蛋白质二级结构。我们的深层架构利用具有不同内核大小的卷积神经网络来提取多尺度的本地上下文特征。此外,考虑到氨基酸序列中存在的长程依赖性,我们建立了一个双向神经...原创 2018-10-02 11:04:04 · 1670 阅读 · 1 评论 -
Protein Secondary Structure Prediction with Long Short Term Memory Networks论文阅读笔记
Abstract 从氨基酸序列预测蛋白质二级结构是经典的生物信息学问题。 常用方法使用前馈神经网络或SVM与滑动窗口相结合,因为这些模型不能自然地处理顺序数据。 递归神经网络是前馈神经网络的概括,其自然地处理顺序数据。 我们使用具有长短期记忆细胞的双向递归神经网络来预测二级结构并使用CB513数据集进行评估。 在二级结构8级问题上,我们报告的性能(0.674)比现有技术(0.6...原创 2018-09-27 11:02:17 · 505 阅读 · 0 评论 -
ProteinSecondaryStructure-CNN阅读笔记
Introduction蛋白质是通过肽键连接在一起的氨基酸链。 由于氨基酸的许多可能组合和链沿着链的多个位置的旋转,这种链的许多构象是可能的。 正是这些构象变化导致蛋白质三维结构的差异。蛋白质结构预测是生物信息学和理论化学追求的最重要目标之一; 它在医学(例如,药物设计)和生物技术(例如,设计新型酶)中非常重要。[1]当我们谈论蛋白质的结构时,提到了四种不同的结构水平:初级,次级,...原创 2018-09-27 21:31:19 · 1866 阅读 · 1 评论 -
Semi-Supervised Learning with Generative Adversarial Networks 论文笔记
Abstract我们通过强制鉴别器网络输出类标签,将生成对抗网络(GAN)扩展到半监督上下文。 我们在数据集上训练生成模型G和鉴别器D,其中输入属于N类之一。 在训练时,D用于预测输入所属的N + 1个类中的哪一个,其中添加额外的类以对应于G的输出。我们表明该方法可用于创建更具数据效率的分类器。 并且它允许生成比常规GAN更高质量的样本。 1. Introduction ...原创 2018-11-07 08:33:48 · 1656 阅读 · 0 评论 -
100-Days-Of-ML-Code知识点积累 day1,day2
使用sklearn-preprocessing Imputer进行数据预处理 在scikit-learn的模型中都是假设输入的数据是数值型的,并且都是有意义的,如果有缺失数据是通过NAN,或者空值表示的话,就无法识别与计算了。要弥补缺失值,可以使用均值,中位数,众数等等。Imputer这个类可以实现。from sklearn.preprocessing import Impu...原创 2018-09-10 14:49:43 · 295 阅读 · 0 评论 -
Bayesian Deep Learning 学习笔记
为什么要学习贝叶斯深度学习?它是一个模型构建和理解泛化的强大框架 不确定性表示(对决策至关重要) 更好的点估计 从概率论的角度来看,神经网络不那么神秘。缺点 可以在计算上难以处理(但不一定是)可能涉及很多运动部件(但不必)。我们如何构建学习和概括的模型? 概率方法我们可以在模型中明确说明噪音。 对于i.i.d,通常需要ε(x)= N(0;σ2)。 ...原创 2018-09-10 14:49:19 · 2257 阅读 · 0 评论 -
Local-DPP论文阅读笔记
英文名称:Local-DPP: An Improved DNA-binding Protein Prediction Method by Exploring Local Evolutionary Information中文:一种改进的DNA结合蛋白质预测方法探索地方进化信息Abstract为了应对蛋白质序列数据的爆炸性增长,研究人员开发了基于机器学习的方法,可以快速准确地预测DNA结...原创 2018-08-01 09:43:33 · 1276 阅读 · 0 评论 -
Bayesian GAN 论文笔记
Abstract生成对抗网络(GAN)可以隐含地学习图像,音频和数据上的丰富分布,这些分布难以用显式可能性建模。 我们提出了一种实用的贝叶斯公式,用于使用GAN进行无监督和半监督学习。 在此框架内,我们使用随机梯度哈密顿蒙特卡罗来边缘化发生器和鉴别器网络的权重。 由此产生的方法很简单,并且在没有任何标准干预(例如特征匹配或小批量区分)的情况下获得了良好的性能。 通过探索生成器参数...原创 2018-08-18 09:24:42 · 3420 阅读 · 0 评论 -
Bayesian Conditional Generative Adverserial Networks 论文笔记
Abstract传统GAN使用确定性生成器函数(通常是神经网络)将随机噪声输入z变换为鉴别器试图区分的样本x。 我们提出了一种新的GAN,称为贝叶斯条件生成对抗网络(BC-GAN),它使用随机生成器函数将确定性输入y'转换为样本x。 实验表明,所提出的BC-GAN优于现有技术。 Introduction 生成对抗网(GAN)是一类新的模型,用于解决机器学习中无监督学习长期存...原创 2018-08-17 14:51:44 · 729 阅读 · 0 评论 -
Basic Concepts in ZhuSuan解析
地址:https://zhusuan.readthedocs.io/en/latest/tutorials/concepts.html分布和随机传感器概率分布是构建有向图形模型(贝叶斯网络)的关键组件。 ZhuSuan为他们提供了两层抽象:Distribution和StochasticTensor,这对初学者来说可能有点混乱。我们在这里明确他们的定义和联系。distributio...原创 2018-08-20 15:43:37 · 369 阅读 · 0 评论 -
Bayesian Neural Networks for Regression解析
地址:https://zhusuan.readthedocs.io/en/latest/tutorials/bayesian_nn.html本教程假设读者已经熟悉了ZhuSuan的基本概念。近年来神经网络在拟合复杂变换方面具有强大的能力,成功应用于语音识别,图像分类和机器翻译等。然而,神经网络的典型训练需要大量标记数据来控制过度拟合的风险。 当涉及现实世界的回归任务时,问题变得更加困难。 ...原创 2018-08-20 16:02:22 · 2743 阅读 · 1 评论 -
Bayesian 6 days 学习笔记---day1.part2
贝叶斯推理Problem 1SettingThe Dark MarkI stays with 20% probability if the makes dies I stays with 100% probability if the maker is still aliveThe Dark Lord survived his attack on Harry Potter...原创 2018-09-11 14:39:03 · 147 阅读 · 0 评论 -
李宏毅GAN课堂笔记 part1:introduction
Basic Idea of GAN 随便给定一个向量就可以生成一个图片。假设第一向量元素对应的是头发长度,假设倒数第二个元素对应的是头发蓝色的程度,值越大,越蓝。Generator v.s. Discriminatorfix这里意为固定 这个生成模型的输入是一个向量,输出是一个数值。中间是一个大的网络,中间其中一个隐藏层的数值是中...原创 2018-09-11 20:34:54 · 830 阅读 · 0 评论 -
Bayesian Generative Adversarial Networks in Tensorflow DOC
Introduction在贝叶斯GAN中,我们提出了生成器和鉴别器权重的条件后验,并通过随机梯度哈密顿蒙特卡罗将这些后验边缘化。 贝叶斯方法对GAN的关键属性包括:(1)对半监督学习问题的准确预测; (3)响应对抗性反馈的推理的推理性表述; (4)避免模式崩溃; (5)数据的多个互补的生成和判别模型的表示,形成概率集合。 我们说明了生成器参数的多模式后验。 这...原创 2018-09-09 09:55:13 · 435 阅读 · 0 评论 -
Deep Supervised and Convolutional Generative Stochastic Network for Protein Secondary Structure Pred
Deep Supervised and Convolutional Generative Stochastic Network for Protein Secondary Structure Prediction论文笔记用于蛋白质二级结构预测的深度监督和卷积生成随机网络Abstract预测蛋白质二级结构是蛋白质结构预测中的基本问题。在这里,我们提出了一种新的监督生成随机网络(GSN...原创 2018-09-06 10:26:27 · 783 阅读 · 1 评论 -
李宏毅GAN课堂笔记 part2:Conditional Generation by GAN
Conditional GAN 原始的GAN只是输入一个噪声z,而条件GAN还加入了条件c。而相应的辨别器也要相应的改变,它同样接受两个参数。而它要做的事情有两件,第一是判断生成的图片是否是真实的。第二是判断c和x是否匹配。 ...原创 2018-09-12 13:46:45 · 451 阅读 · 0 评论 -
李宏毅GAN课堂笔记 part4:Theory behind GAN
假设我们要生成的图片是二次元人脸的话,他有一个固定的图案是他的分布,这个分布在蓝色的这个区域生成的图片被判别器识别的准确率是高的。我们的目的是找出这个分布。Maximum Likelihood Estimation 我们提供一个分布由这个θ控制。比如高斯分布,θ指平均值和方差 从Pdata(X)中抽样中m个data 把这些几率全部乘起来是我们要maximu...原创 2018-09-12 19:23:24 · 605 阅读 · 0 评论 -
EL_PSSM-RT论文阅读笔记
原文:EL_PSSM-RT: DNA-binding residue prediction by integrating ensemble learning with PSSM Relation Transformation摘要 Background:DNA结合残基的预测对于理解蛋白质-DNA识别机制是重要的。 已经提出了许多用于预测的计算方法,但是它们中的大多数没有考虑残差之间的进...原创 2018-09-14 20:26:25 · 1147 阅读 · 2 评论 -
马尔可夫链
1.什么是随机过程 顾名思义,它其实就是个过程,比如今天下雨,那么明天下不下雨呢?后天下不下雨呢?从今天下雨到明天不下雨再到后天下雨,这就是个过程。那么怎么预测N天后到底下不下雨呢?这其实是可以利用公式进行计算的,随机过程就是这样一个工具,把整个过程进行量化处理,用公式就可以推导出来N天后的天气状况,下雨的概率是多少,不下雨的概率是多少。说白了,随机过程就是一些统计模型,利用这...原创 2018-09-10 14:48:21 · 3902 阅读 · 2 评论 -
深度学习面试知识点总结第一弹
什么是卷积? 对图像(不同的数据窗口数据)和滤波矩阵(一组固定的权重:因为每个神经元的多个权重固定,所以又可以看做一个恒定的滤波器filter)做内积(逐个元素相乘再求和)的操作就是所谓的『卷积』操作,也是卷积神经网络的名字来源。作用:一个卷积核的滤波可以用来提取特定的特征。池化层作用卷积网络也经常使用池化层来缩减模型的大小,提高计算速度,同时提高所提取特征的鲁棒性。...原创 2019-03-21 18:27:34 · 603 阅读 · 0 评论