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RSS订阅原创 RAID扩容步骤
以下为Debian系统的操作记录，DELL T630服务器，RAID5，原有3块8T盘，添加了2块8T新盘，没有发生什么意外。1 添加硬盘为保险起见，关机后安装硬盘2 RAID设置接上步，启动机器进入BIOS，并进入RAID设置界面 查看物理磁盘是否正确识别 进入虚拟磁盘设置，选择更新，添加物理磁盘 应用设置，开始重构虚拟磁盘重构不丢失文件，需要时间根据磁盘大小、RAID类型和硬件而定。 本次操作为RAID5，原有3块8T盘，添加了2块8T新盘，重构时间相当长。。。RAID重构和
2022-01-07 14:06:58
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原创 R语言网络分析2：graph函数和应用
产生网络自定义BioC 中用得最多的网络类型可能是 graphNEL 类。使用 graphNEL 类的同名函数可以产生自定义网络： library(graph) str(graphNEL)#> function (nodes = character(), edgeL = list(), edgemode = "undirected") nds <- letters[1:3] gx1 <- graphNEL(nodes = nds, edgemode =
2021-02-22 11:22:15
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原创 Doom-Emacs安装和基本使用方法
1 Doom-Emacs用前须知Doom-Emacs（下面就称为Doom）是Emacs的一个比较复杂的配置包，主要目的是使Emacs拥有Vim的出色编辑能力，同时让新手相对比较容易配置。 但后一个目标几乎是不可能的事情，因为你既要会用Emacs，还要会用Vim，而它们是全宇宙学习难度最高的两个编辑器。如果这两个编辑器你都没有用过，建议：分别安装纯纯的Vim和Emacs 按出厂配置（不更改配置不安装插件），学习使用一段时间就算把Emacs彻底打扮成别人家孩子的样子，Doom也还是Emacs的一
2021-02-20 17:31:57
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原创 R语言网络分析1：BioC的graph图系
BioC项目中，网络图的处理通过不同的软件包进行：graph：图实现方法、类定义（graphNEL、graphAM和graphBAM）和基本函数 RBGL：针对BioC graph类对象提供Boost图算法接口函数，如最短路径、最大流量、连通性等 gRbase：提供了bgraph和igraph图间的转换函数（as），生成网络函数比graph的函数更好用 Rgraphviz：graph对象的渲染，包括布局算法和图形可视化参数图的类型与生成graphNEL类由node和edge列表（NEL）
2021-02-10 21:26:23
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原创 MX-Linux大杀器——用U盘把系统和工作都随身带走
MX能迅速跑到Linux发行版的前面，秉承Debian最优良的稳定性传统而又放心引入较新Linux内核是最主要原因。这不是某些无知linux“撸客”在虚拟机上比划三两下就能理解的。本文和本人都不喜欢掺和发行版的争论，此话题到此为止。下面介绍MX的另一大杀器——MX-Live-usb系统。相比Debian以及其他发行版的LiveUSB，MX的Live系统的主要特点是：操作系统可定制、可更新...
2019-06-08 12:10:28
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原创 如何使用R批量处理文件
免责声明：运行下面的代码可能会对你的电脑和文件造成不可恢复的损害，请确认明白代码的意义后再运行！ 本主对代码运行后果不负任何责任。1 基本函数1.1 文件操作函数这类函数很多，下面列出的是基本安装包（base）中的一些：ls("package:base", pattern="^file\\.")## [1] "file.access" "file.append" "...
2018-10-24 10:36:20
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原创 VNC+SSH的配置与使用（Debian xfce4）
服务器端设置安装vncserver：sudo apt-get install tightvncserver配置桌面启动脚本文件 ~/.vnc/xstartup，文件不存在则新建，内容如下：#!/bin/shunset SESSION_MANAGERunset DBUS_SESSION_BUS_ADDRESSstartxfce4 &amp;amp;amp; pulseaudio &amp;amp;amp;...
2018-10-19 10:06:19
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原创 Emacs必修：缓冲区与ibuffer
如果不太较真，缓冲区可以当作是Emacs打开的文件。缓冲区操作就是对打开的文件进行保存、关闭和切换等操作。1 使用ibuffer代替list-buffers(defalias 'list-buffers 'ibuffer)2 基本快捷键命令作用绑定list-buffers缓冲区列表C-x C-bswitch-to-buffer切换缓冲区C-x bkill-buffer关闭缓冲区C-x k3 ib...
2018-07-03 10:47:06
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原创 Emacs必修：使用dired管理文件
1 基本设置(require 'dired)(require 'dired+)(require 'dired-sort)(ido-mode 1)(global-dired-hide-details-mode -1)(setq dired-recursive-deletes 'top) (setq dired-recursive-copies 'top)(setq dired-isea...
2018-07-03 10:30:50
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原创 NGINX + Let's encrypt免费SSL证书
安装与配置过程不算复杂：1、安装openssl和certbotsudo apt-get install openssl ssl-certsudo apt-get install python-certbot-nginx -t stretch-backportscertbot安装命令和Linux发行版有关，详情请查看 https://certbot.eff.org/2、生成DH参数文件（可选）su...
2018-04-27 13:14:53
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原创 Debian Linux使用sun/oracle java
1、下载Oracle JRE从oracle 网站下载JRE源码，如 jre-8u211-linux-x64.tar.gz，无需解压2、构建JRE安装包，并安装JRE如果没有安装 java-package 工具，请先安装：sudo apt install java-package进入到下载目录，使用 java-package 工具构建jre的deb安装包：make-jpk...
2018-04-27 12:45:38
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原创 Affy芯片ATH1-121501探针注释的处理
BioC有Affy芯片ATH1-121501（GPL198平台）的注释库文件（R包），芯片分析后期处理经常要使用，导出方法如下。先安装BioC的ath1121501.db包：library("BiocInstaller")biocLite("ath1121501.db")使用plyr揉数据包整理探针id和AGI：library(ath1121
2017-12-04 07:39:37
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原创 ggplot2柱形图Y轴坐标扩展的简单方法
ggplot2的坐标轴主要由映射aes确定，expand_limits和coord_cartesian虽然可以调整坐标轴刻度，但对柱形图不大适用。不少使用者对扩展柱形图Y轴坐标很烦恼，有人从源代码层面对开发者提出要求，但似乎Hadley对这些要求无动于衷。其实根本不用动源代码就有简单的解决办法：library(ggplot2)dtx data.frame(label =
2017-10-22 10:53:51
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原创 R语言中的引号
1 单引号和双引号两者都可以用于表示字符串分隔，用法和意义没有差别如果字符串包含有分隔符本身，字符串内的分隔符引号需要转义（使用反斜杠）R语言字符串的打印/显示都是用双引号的形式表示，双引号是推荐使用的字符串分隔符单引号字符串通常仅在字符串内含有双引号时使用(aa "This is an example.")## [1] "This is an exam
2017-09-01 12:55:12
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原创 使用oligo软件包处理芯片数据
本博客介绍过 Affy芯片的处理方法 ，其中所使用的软件包有一定的局限性，无法读取和分析一些新版Affy芯片。本文介绍oligo软件包的处理方法以解决这些问题。oligo软件包并不是新出现的软件包，只因新类型芯片的不断推出，关注它的用户越来越多。而且，除了用于Affy芯片处理外，oligo软件包还可处理NimbleGen芯片。oligo处理芯片的原理和其他方法相同，难点在最后一步：从探针到
2017-03-27 18:15:10
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原创 Bioconductor软件安装与升级
本文已于2019.07.12按新版Bioconductor安装包BiocManager出现的问题进行更新。1 修改安装软件源BioConductor安装需要下载很多文件，如果不修改，程序很可能是从国外网址下载，速度较慢，修改后可加快下载和安装速度。Debian类系统可修改 /etc/R/Rprofile.site 文件，找到respos选项修改部分，按需修改成所使用的源。例如：...
2017-03-17 11:32:08
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原创 Emacs键盘练习方法
Emacs里面什么都有，比如俄罗斯方块游戏（tetris）。我要说的是，Emacs里的tetris这不只是个游戏，它还是练习键盘的终极武器。玩这个游戏最常用的三个按键是左、右和上箭头，绑定函数分别是 tetris-move-left, tetris-move-right, tetris-rotate-prev。把需要练习的按键绑定到这三个函数，就可以在游戏中练习按键转换。比如说，刚开始接触Em
2016-12-30 12:34:09
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原创 时间序列分析：ts/mts基础数据类型
时间序列是以时间为索引的数据。时间索引为等间距递增的时间序列称为规则时间序列，其他为不规则时间序列。由于R语言核心组件的构建坚持以通用性为原则，因此R的基础包中只定义了规则时间序列，而不规则时间序列的定义和处理则留给开发人员做扩展。本文先介绍规则时间序列。1 ts数据类型R语言中基本的时间序列对象为ts，在stats基本包中定义，由同名构造函数ts()产生。使用前先看看它的参数
2016-10-25 11:46:20
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原创 R语言时间处理函数
1 POSIXct和POSIXlt把表示时间的字符串转成时间类型数据，在R语言里面有两个基本的函数：as.POSIXlt() 和 as.POSIXct()。两者都是S3泛型函数，根据参数的数据类型选择不同的转换方法，除字符串外还能够转换数字、因子等数据类型，适应性很强：as.POSIXlt("2010/01/01")## [1] "2010-01-01
2016-10-21 07:27:59
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原创 Emacs org-mode 预设模板与使用
1 整合到org-structure-template-alistOrg mode定义了一种键盘快捷模式，通过输入“(defcustom org-structure-template-alist '(("s" "#+BEGIN_SRC ?\n\n#+END_SRC" "?\">\n\n") ("e" "#+BEGIN_EXAMPLE\n?\n#+E
2016-04-09 09:08:25
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原创 Linux的userdel和deluser命令
userdel网络资料很多，删除用户，都会用。deluser就很少人知道是做什么的了。将一个用户从一个组中删除（即退出用户组），大家都推荐用usermod，其实deluser才是正解。adduser把一个用户加到一个组中，为什么就不知道deluser是相反的过程呢？！adduser 用户名 组deluser 用户名 组官方帮助文档是这样的：deluser
2016-03-19 20:13:40
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原创 Debian Linux SSH/SFTP 服务设置
1 安装：sudo apt-get install openssh-server2 修改 /etc/ssh/sshd_config 配置2.1 subsystem找到下面行：Subsystem sftp /usr/lib/openssh/sftp-server注释掉后添加：
2016-03-19 19:44:18
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原创 macchanger克隆MAC地址
Linux下修改网卡MAC地址最直接的方式是修改 /etc/network/interfaces 文件配置，如：auto eth0iface eth0 inet dhcphwaddress eth0 11:AA:22:BB:33:DD保存后重启网络服务即可。下面是使用macchanger克隆MAC地址的方法。Debian/Ubuntu下安装命令：xxx@yyy:~$ s...
2016-03-11 21:54:44
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原创 Debian Linux Xfce4 桌面秀
2016年，终于可以完全抛开Windows了，不用Wine，不用VirtualBox。有Windows情结的同学不怕没办法怀念它：字体显示效果和Windows几乎完全一样，嘿嘿。下图左边是Linux中的Firefox，右边是Win7（VBox虚拟机）中Firefox：MS Office如果不推出Linux/BSD版，迟早会被历史的车轮碾死。图上部分：WPS for
2016-02-14 15:01:38
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原创 Linux版Foxit PDF阅读器
Linux下PDF阅读器很多，但真正好用的几乎没有。若干年前Foxit发布了个32位Linux用的初级版本，但和其他Linux的PDF阅读器一样：注释功能非常差。不过新发布的版本好了。下载地址：http://www.foxitsoftware.cn/downloads/效果如下：显示效果一如既往的好，界面比Windows的简洁。功能少，但基本的操
2016-02-14 11:47:09
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原创 tm/wordcloud合并变形词
在文本挖掘中，合并变形词的词频是很必要的。虽然步骤较简单，但很多人都没有注意。下面比较一下合并跟不合并的差别：library("tm")library("wordcloud")data(crude)crude tm_map(crude, removePunctuation)crude tm_map(crude, function(x) removeWords(x,
2015-11-19 11:07:29
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原创 tm中使用Perl正则表达式秒杀stopwords
文本挖掘tm包中提供的removeWords函数可以清除stopwords，比如wordcloud包wordcloud函数说明档中的例子：data(crude)crude <- tm_map(crude, removePunctuation)crude 但如果文献内容很长，比如10M，运行时间会相当长。在应用tm_map之前使用Perl正则表达式能快速解决这个问题。命令可以整合到R
2015-11-18 16:33:41
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原创 使用JabRef命令行方式下载文献记录
JabRef是很好用的开源文献管理器，Linux尤其是Latex用户应该对它很熟悉了。在Java图形界面下，抓取数量较多的文献时偶尔会卡壳，而且重试也不能解决，比较闹心。以前以为是网速问题，就过一段时间再抓取。昨天终于卡得我着急了，忽然灵光一闪：用命令行方式避开图形界面是不是就没问题了？于是马上用 jabref command line 查找了一下，还真有：http://jabref.source
2015-10-30 19:42:59
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原创 orgmode文档直接knitr输出HTML或PDF
做为R用户中的Emacs/orgmode粉，如果能一步将org文件导出为HTML或pdf文件，感觉会很爽。下面方法可能不是最简，但应该还有用。1 ox-ravel.el对于习惯使用Emacs编辑R代码文档的人来说，这是一个非常有用的插件，它填补了orgmode文件到knitr文件间的空白，作用是把orgmode类型文件转成Rhtml、Rnw或Rmd文件。插件文件放在 Cha
2015-10-23 19:10:05
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原创 柱形图阴影线的绘制方法
R语言的图形颜色是非常丰富的，绘制出的彩色图表美观大方。但发表论文时如果适当选用黑白或灰度图形，不仅可以减少一些不必要的开支，而且也可以减少印刷油墨消耗，低碳环保。在灰度模式下，R语言绘制的很多图形都很容易设置，仅柱形图有些困难。多系列柱形图的黑白图形可以选用两种方式绘制。第一种方式非常简单，直接使用灰度颜色区分不同样品，灰度颜色直接用gray函数产生：set.seed(100
2015-10-21 12:07:43
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原创 Shiny应用基础（8）：杂项
Shiny零零碎碎的设置还很多，不逐一讲解了。做为本系列的收尾部分，本文只介绍几个较为常用的设置，其他内容以后看情况再补充。1 条件显示面板：conditionalPanel它的源代码很简单：## NOT RUNconditionalPanel function(condition, ...) { div('data-display-if'=condit
2015-09-21 18:17:36
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原创 Shiny应用基础（7）：图像互动
shiny应用程序中的图像互动目前主要有两种类型：R绘图：完全由R在服务器端生成图像并产生互动效果js绘图：服务器端R处理并提供数据到客户端，由客户端浏览器通过js插件完成绘图和互动js图像互动方法跟R图形系统毛关系都没有，但和R绘图相比，它的数据传输量小速度快，很适合网络展示，感兴趣的可以看看 rCharts 。本文只关心原生的R绘图互动效果的产生方法。但应用这种方法之前首先警告
2015-09-16 18:30:14
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原创 Debian Xfce4键盘快捷键设置与修改
1 从程序菜单修改首先得“启用可编辑快捷键”从Xfce开始菜单进入“设置”–>“外观”切换到“外观”弹出窗口的“设置”标签页选中“启用可编辑快捷键”即可启用上述选项后可直接从应用程序的菜单上修改快捷键。以终端（Xfce4-terminal）为例，修改“粘贴”的快捷方式为“Ctrl-Y”（Emacs风格）的步骤为：开启一个终端窗口随便输入一点内容，选中并复制打开“编辑”菜
2015-09-07 16:10:42
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原创 Shiny应用基础（6）：数据响应的触发与阻止
1 数据响应只要运行过shiny应用程序，你肯定已经看到shiny对用户数据的响应是“即时”的：只要数据发生改变，服务器就会重新处理这些数据并呈现新的结果。默认情况下，如果server端某个代码块包含有一些input，那么无论哪个input的值发生变化时这个代码块就会再运行一次。这部分没用太多新的内容，我们补充说明一个函数：reactive。前面我们使用的server端函数都是自动
2015-09-03 19:33:04
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原创 Shiny应用基础（5）：数据获取与响应
shiny程序的数据按来源可分为服务器数据、外网数据和用户在线提供的数据等，它们可通过web或R函数获取。外网数据和服务器数据多以文件方式存在，状态相对稳定，属于静态数据，获取较简单。shiny主要关注用户数据的处理，提供了很多相关的函数。1 静态数据处理1.1 shiny程序的目录结构先理解两个概念：当前R工作目录和shiny程序网站（网页）目录。以名称为 test
2015-08-27 16:23:29
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原创 Shiny应用基础（4）：数据与图像输出
前面3节的内容都没有涉及数据处理，恐怕有人等不及了。R语言的强项是统计和图形处理，拿它去做网页设计是不是舍本逐末？确实，我觉得也是这样。如果不是为其他客户专门开发的应用，我们不应把时间浪费在外观设计上。多关心数据，多考虑我们需要获得的结果。本文先介绍shiny的输出方法，后面再介绍数据输入和响应。这里说的“输出”是动态的输出或必需使用R函数处理才能够获得的输出。完全静态的文字或图像的输出应把它
2015-08-22 20:21:37
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原创 Shiny应用基础（3）：页面布局
页面布局考虑HTML元素在浏览器窗口中的展示位置和顺序。一般情况下，一个shiny程序只需要一个展示窗口，其布局应该很简单随意。然而，shiny把这部分设计得相当复杂，提供了很多相关的函数。这些函数都是在shinyApp的ui参数内使用的，为了方便本文暂把它们称为“UI函数”。在上一节的内容中我们知道，通过tags列表的设置我们完全可以解决HTML页面元素产生和页面布局的问题，为什么shiny
2015-08-04 20:05:00
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原创 适用于Shiny的ESS代码缩进设置
ESS对代码缩进的处理做了部分调整，增加了setq ess-close-paren-offset参数，设置后可以获得非常好的对齐效果： (defun my-ess-mode-hook () (setq comment-column 4) (show-paren-mode t) (setq ess-smart-operators t) (setq
2015-08-04 08:41:46
1320
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