PBS系统提交任务后状态很快从Q-R-C怎么解决?

本人非计算机专业,对linux系统了解有限,在向集群提交任务时,任务状态出现Q-R-C的变化(并不是一直有这种情况,有时候能够提交上去,有时候不行”

具体描述,采用一款软件,在软件界面提交任务,该软件会自动在PBS队列里提交任务,提交后有时会出现上述问题,且一般持续数个小时

按qstat -f jobID,显示报错信息如下:

 队列已经分配了计算的核,但是出现“Bad UID for job execution,REJHOST=node15 MSG=cannot find user 'liujing' in password file"

请问这种问题应该怎么解决?

  • 0
    点赞
  • 0
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 1
    评论
### 回答1: 在 PBS 提交作业时,你可以使用 `-l environment=value` 参数来指定环境。例如: ``` qsub -l environment=myenv jobscript ``` 其中 `myenv` 是你希望使用的环境的名称,`jobscript` 是你要提交的作业脚本的文件名。 注意,你需要预先在计算机系统上定义这个环境,并且你需要有足够的权限来使用它。 ### 回答2: 当使用PBS(Portable Batch System)来提交作业时,我们可以通过指定环境来确保作业在特定环境中执行。 首先,我们需要在PBS作业脚本中指定所需的环境。这可以通过在PBS脚本的开头使用特定的指令来实现。例如,我们可以使用“#PBS”指令来设置环境变量,指定作业所需的软件包和库,以及其他必要的参数。 如果我们想在特定的节点上运行作业,我们可以使用“#PBS -l nodes=<node>:ppn=<num>”指令来指定节点和每个节点的任务数。其中,<node>表示节点的名称或节点数,<num>表示每个节点的任务数。这样,作业将被限制在指定的节点和任务数上运行。 另外,我们还可以使用“#PBS -q <queue>”指令来指定作业提交到哪个队列中。队列是根据计算资源可用性而创建的。通过将作业提交到适合的队列,我们可以更好地管理作业的调度和资源分配。 当我们完成PBS作业脚本的编写后,我们可以使用“qsub”命令将作业提交PBS系统中。同时,我们还可以使用“qstat”命令来查看作业的状态和资源使用情况。 总之,通过在PBS作业脚本中指定环境相关的参数和指令,我们可以确保作业在特定的环境中执行,并根据需求进行资源分配和管理。 ### 回答3: 在提交PBS作业时,我们可以通过指定环境来确保作业能够在特定的环境中正确运行。以下是一些指定PBS作业环境的方法: 1. 在PBS脚本中指定环境变量:可以使用PBS脚本中的export命令,通过设置环境变量来指定特定的环境。例如,可以设置PATH变量以确保使用特定版本的软件。 2. 使用module命令加载环境模块:许多HPC集群提供了module命令,可以用来加载和管理不同的软件环境模块。通过使用module命令,可以加载所需的软件环境模块,并在PBS脚本中调用所需的软件。 3. 使用PBS的软件模块:一些PBS作业管理系统提供了自带的软件模块管理功能。可以使用这些功能来指定特定的软件环境。例如,可以使用PBS的module命令加载和管理所需的软件环境模块。 4. 在PBS脚本中使用特定的执行命令:如果需要在作业提交时指定特定的命令或程序执行环境,可以在PBS脚本中直接使用这些命令。例如,可以在PBS脚本中执行conda activate命令来激活特定的conda环境。 总而言之,指定PBS作业环境可以通过设置环境变量、加载环境模块、使用PBS的软件模块或在PBS脚本中直接执行特定的命令来实现。这样可以确保作业在特定的环境中执行,从而提高作业的准确性和可靠性。

“相关推荐”对你有帮助么?

  • 非常没帮助
  • 没帮助
  • 一般
  • 有帮助
  • 非常有帮助
提交
评论 1
添加红包

请填写红包祝福语或标题

红包个数最小为10个

红包金额最低5元

当前余额3.43前往充值 >
需支付:10.00
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明:

1.余额是钱包充值的虚拟货币,按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载,可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值