R树（R-tree索引）

秋夫人

于 2024-09-18 18:17:37 发布

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分类专栏：数据结构文章标签： r-tree

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一、概念

R树（R-tree）是一种平衡树数据结构，用于存储空间数据，如多维对象的边界框。它广泛应用于地理信息系统（GIS）、数据库索引、以及其他需要高效执行空间查询的领域。R树通过将对象组织到相互重叠的最小边界矩形（Minimum Bounding Rectangles, MBRs）中，来优化范围查询、最近邻查询等操作。

1.1 R树的基本概念

节点：R树由节点组成，每个节点可以包含多个条目，这些条目要么是指向子节点的指针（内部节点），要么是指向实际空间对象的指针（叶节点）。R树的节点之间通常没有直接的双向链表连接。R树的结构主要基于层次关系，而不是节点间的直接链接。
- 叶子节点：存储实际的数据对象或指向这些对象的指针，以及它们的最小边界矩形（MBR）。
- 非叶节点（包括根节点）：只存储子节点的MBR和指向子节点的指针，不存储实际数据对象
最小边界矩形（MBR）：
- 每个节点或对象都由一个MBR表示，该MBR是能完全包含对象的最小矩形。
平衡：
- R树是一种平衡树，这意味着所有叶节点都在同一层级上。
层次结构
- R树是一种树形结构，节点之间的关系主要是父子关系。
- 每个内部节点包含指向其子节点的指针，而不是指向相邻节点的指针。
空间效率
- 不使用额外的链接可以节省存储空间，特别是在处理大量空间数据时。
查询效率
- R树的查询操作主要依赖于遍历树结构，从根节点开始，根据查询条件选择性地访问子节点。
- 这种方式对于空间查询（如范围查询、最近邻查询）非常高效，不需要节点间的直接链接。
动态平衡
- R树的插入和删除操作可能导致树的重构（如节点分裂或合并）。
- 维护节点间的直接链接在这种动态环境中可能会增加复杂性和开销。
缓存友好
- 树形结构允许更好的数据局部性，这对于现代计算机的缓存机制更为友好。
实现简单性

不使用额外的链接可以简化R树的实现和维护。

1.2 R树的操作

插入：向R树中插入新对象时，会选择一个最适合的叶节点，并可能导致节点分裂。
删除：从R树中删除对象可能需要调整树的结构，以保持其平衡。
搜索：R树支持多种空间搜索操作，包括点查询、范围查询和最近邻查询。

1.3 R树的变体

R+树：
- R+树是R树的一个变体，它不允许节点的MBRs相互重叠，从而可能提高查询性能，但代价是可能需要更多的空间来存储索引。
- 在这种变体中，数据对象只存储在叶节点，而且叶节点通过指针相互连接，形成一个链表。这种结构有利于范围查询。
R*树（R-star树）：
- R*树通过改进节点分裂策略和重新插入机制，旨在提高R树的查询和存储效率。
- 通常遵循标准R树的数据存储模式，但在插入和分裂策略上有所优化。

1.4 R树的应用

R树由于其高效的空间查询能力，被广泛应用于多种领域，包括：

地理信息系统（GIS）：用于存储和查询地理位置数据。
数据库索引：作为数据库系统中空间数据索引的实现。
计算机图形学：用于碰撞检测和视图剔除等。
多维数据组织：适用于任何需要组织和查询空间数据的场景。

R树通过将空间数据组织为层次结构，提供了一种高效的方式来处理大量空间对象的查询，是处理空间数据不可或缺的工具之一。

1.5 R树常用插入算法

R树插入过程中使用的主要测算公式，特别是关于最小面积增长策略和节点分裂的计算。

1. MBR (最小边界矩形) 面积计算

对于二维空间中的MBR，其面积计算如下：

面积 = (右边界 - 左边界) * (上边界 - 下边界)

2. 面积增长计算

当考虑将新对象插入到现有MBR时，面积增长的计算如下：

新MBR面积 = max(现有MBR右边界, 新对象右边界) - min(现有MBR左边界, 新对象左边界) *
            max(现有MBR上边界, 新对象上边界) - min(现有MBR下边界, 新对象下边界)

面积增长 = 新MBR面积 - 现有MBR面积

3. 欧几里得距离计算

用于选择分裂种子时计算对象间距离：

距离 = √[(x2 - x1)² + (y2 - y1)²]

其中 (x1, y1) 和 (x2, y2) 分别是两个MBR的中心点坐标。

4. MBR中心点坐标计算

中心点X = (左边界 + 右边界) / 2
中心点Y = (下边界 + 上边界) / 2

5. 重叠面积计算

用于评估MBR之间的重叠程度：

重叠宽度 = min(MBR1右边界, MBR2右边界) - max(MBR1左边界, MBR2左边界)
重叠高度 = min(MBR1上边界, MBR2上边界) - max(MBR1下边界, MBR2下边界)

如果 重叠宽度 > 0 且 重叠高度 > 0:
    重叠面积 = 重叠宽度 * 重叠高度
否则:
    重叠面积 = 0

6. 周长增长计算

有时用作插入选择的替代标准：

新周长 = 2 * (新MBR宽度 + 新MBR高度)
周长增长 = 新周长 - 原周长

7. 体积增长率（用于高维空间）

体积增长率 = (新MBR体积 - 原MBR体积) / 原MBR体积

8. 分裂后的填充率计算

用于评估分裂的平衡性：

填充率 = 节点中的条目数 / 节点的最大容量

1.6 R树分裂算法

R树的分裂策略是在节点中的条目数超过了该节点的最大容量时使用的，目的是将一个满节点分裂成两个节点，并尽量保持树的平衡和查询效率。以下是几种常见的分裂策略：

1. 线性分裂 (Linear Split)

线性分裂是一种简单高效的分裂策略。它的步骤如下：

选择两个种子条目：从所有条目中选择两个作为新节点的种子，这两个种子应该是彼此最远的，以最小化新节点之间的重叠。
分配剩余条目：将剩余的条目分配给这两个种子，基于每个条目到两个种子的最小增加面积原则。

2. 二次分裂 (Quadratic Split)

二次分裂考虑了更多的分裂可能性，以减少新节点间的重叠和面积增长。它的步骤如下：

选择两个种子条目：选择两个会导致最大面积增长的条目作为种子，这意味着这两个条目彼此之间的距离最远。
分配剩余条目：对于每个剩余的条目，计算它加入两个种子形成的节点时的面积增长。选择面积增长较大的那个种子，并将条目分配给另一个种子，这样做是为了尽量减少总面积的增长。

3. R树分裂 (R-tree Split)

R*树分裂是R树的一个变种，它在分裂策略上做了优化，以提高查询性能。它的步骤如下：

重叠最小化：在选择种子条目时，不仅考虑面积增长，还考虑新节点间的重叠区域，选择能最小化重叠区域的种子。
边缘分裂：在分配剩余条目时，优先考虑将条目分配到边缘较近的节点，以减少节点的扩张。
重新插入：在某些情况下，R*树会选择将一部分条目从满节点中移除并重新插入树中，这有助于减少节点的重叠和提高空间利用率。

分裂策略的选择

线性分裂和二次分裂相对简单，适用于大多数情况，但可能不是最优的，特别是在高维数据或查询性能要求较高的应用中。
R*树分裂提供了更好的性能，特别是在处理高维数据和需要高查询效率的应用中，但实现更复杂。

选择哪种分裂策略取决于具体的应用需求、数据特性和性能要求。

图示

1.R树插入

初始状态

假设我们的R树目前有以下结构，其中每个节点最多包含两个条目：

    [根节点]
   /        \
[叶1]        [叶2]
  |   \       |
  A    B      C

叶1 包含对象A和对象B。
叶2 包含对象C。

对象的空间位置如下：

对象A的MBR：[(1, 1), (2, 2)]
对象B的MBR：[(3, 3), (4, 4)]
对象C的MBR：[(5, 5), (6, 6)]

插入对象D [(2,2), (3,3)]

我们要插入一个新的对象D，其MBR为[(2,2), (3,3)]。

选择插入路径

首先，我们需要从根节点开始，递归地选择合适的子节点来插入对象D。我们将使用最小面积增长策略来决定。

计算面积增长

######## 对于叶1

叶1当前MBR：[(1, 1), (4, 4)]（已经包含A和B）

插入D后，叶1的MBR不变，因为D的MBR完全被叶1当前的MBR所包含。

原始面积 = (右边界 - 左边界) * (上边界 - 下边界)
= (4 - 1) * (4 - 1)
= 3 * 3
= 9
新面积 = (右边界 - 左边界) * (上边界 - 下边界)
= (4 - 1) * (4 - 1)
= 3 * 3
= 9
面积增长 = 新面积 - 原始面积
= 9 - 9
= 0

计算插入对象D后叶1的新MBR
新MBR需要同时包含对象A、B和D的MBR，即[(1, 1), (4, 4)]。实际上，叶1的MBR在插入对象D后并不需要扩展，因为D的MBR已经被叶1当前的MBR所包含。
计算叶1的新面积
由于新MBR与原始MBR相同，新面积仍然是9。

######## 对于叶2

叶2当前MBR：[(5, 5), (6, 6)]

插入D后，叶2的新MBR：[(2, 2), (6, 6)]

原始面积 = (右边界 - 左边界) * (上边界 - 下边界)
= (6 - 5) * (6 - 5)
= 1 * 1
= 1

插入对象D后叶2的新MBR
要同时包含对象C和D的新MBR，我们需要找到一个MBR，它能同时包含C和D的MBR。
新MBR的左边界 = min(对象C左边界, 对象D左边界) = min(5, 2) = 2
新MBR的右边界 = max(对象C右边界, 对象D右边界) = max(6, 3) = 6
新MBR的下边界 = min(对象C下边界, 对象D下边界) = min(5, 2) = 2
新MBR的上边界 = max(对象C上边界, 对象D上边界) = max(6, 3) = 6
因此，插入对象D后叶2的新MBR为[(2, 2), (6, 6)]。
叶2的新面积

新面积 = (右边界 - 左边界) * (上边界 - 下边界)
= (6 - 2) * (6 - 2)
= 4 * 4
= 16
面积增长 = 新面积 - 原始面积
= 16 - 1
= 15

插入决策

因此，我们选择将对象D插入到叶1，因为这样会导致最小的MBR面积增长。

插入对象D到叶1

由于叶1已经包含对象A和B，插入对象D后，叶1将包含三个对象，超过了最大容量，因此需要进行节点分裂。

线性分裂过程

1. 选择种子

线性分裂的第一步是从所有条目中选择两个最远的条目作为种子。在这个例子中，我们可以直观地看到条目A和条目B是最远的两个条目，因为它们在空间上的距离最大。

2. 分配剩余条目

接下来，我们需要将新插入的条目D分配给这两个种子形成的新节点。分配的原则是基于每个条目到两个种子的最小增加面积原则。

条目D与条目A的MBR合并后的增加面积：新MBR为[(1, 1), (3, 3)]，面积增加为4。
条目D与条目B的MBR合并后的增加面积：新MBR为[(2, 2), (4, 4)]，面积增加为4。

在这种情况下，由于条目D与两个种子合并后的增加面积相同，我们可以基于其他标准（如保持树的平衡）来选择分配条目D的节点。假设我们选择将条目D分配给条目A形成的新节点。

3. 结果

叶1分裂为叶1a、叶1b

叶1a 包含对象A。
叶1b 包含对象B和D。
叶2 保持不变，包含对象C。

结果

插入对象D并分裂节点后，R树的结构如下：

    [根节点]
   /    |    \
[叶1a] [叶1b] [叶2]
  |     /  \    |
  A    D    B   C

结论

通过这个示例，我们展示了如何使用最小面积增长策略来选择插入路径，并在必要时进行节点分裂，以保持R树的平衡。这种策略旨在最小化因插入操作而导致的MBR面积增长，从而减少查询时可能的重叠区域，提高查询效率。

2.R树查询

R树的查询操作是其最常用的功能之一，通常用于范围查询或最近邻查询。下面我们将通过一个具体的范围查询示例来展示R树的查询过程。

初始状态

假设我们有一个简单的R树，结构如下：

       [根节点]
      /         \
   [节点1]     [节点2]
   /     \     /     \
 [叶1]  [叶2] [叶3]  [叶4]

每个叶节点包含的对象及其MBR（最小边界矩形）如下：

叶1：A [(1,1), (2,2)], B [(2,3), (3,4)]
叶2：C [(4,1), (5,2)], D [(5,3), (6,4)]
叶3：E [(7,1), (8,2)], F [(8,3), (9,4)]
叶4：G [(10,1), (11,2)], H [(11,3), (12,4)]

查询操作

假设我们要执行一个范围查询，查找与查询矩形 Q [(3,2), (7,4)] 相交的所有对象。

查询过程

从根节点开始：
- 检查根节点的两个子节点（节点1和节点2）的MBR是否与查询矩形相交。
- 假设节点1的MBR为[(1,1), (6,4)]，节点2的MBR为[(7,1), (12,4)]。
- 节点1与查询矩形相交，节点2不相交。
检查节点1：
- 继续检查节点1的两个子节点（叶1和叶2）。
- 叶1的MBR [(1,1), (3,4)] 与查询矩形相交。
- 叶2的MBR [(4,1), (6,4)] 与查询矩形相交。
检查叶1：
- 检查叶1中的对象A和B。
- 对象B [(2,3), (3,4)] 与查询矩形相交，加入结果集。
- 对象A [(1,1), (2,2)] 不与查询矩形相交。
检查叶2：
- 检查叶2中的对象C和D。
- 对象C [(4,1), (5,2)] 与查询矩形相交，加入结果集。
- 对象D [(5,3), (6,4)] 与查询矩形相交，加入结果集。