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RSS订阅原创 samtools view 和 sort
前者转化文件格式，后者将sam（比对地图）按照header位置或者reads名字排序，一般默认是位置。下面引用其他人的笔记samtools viewUsage: samtools view [options] <in.bam>|<in.sam>|<in.cram> [region ...]Options: -b output BA...
2020-02-25 12:23:12
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原创 Running HISAT2
Running HISAT2ReportingThe reporting mode governs how many alignments HISAT2 looks for, and how to report them.In general, when we say that a read has an alignment, we mean that it has a valid a...
2020-02-24 17:17:06
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原创 hisat2-build
The hisat2-build indexer使用dna文件构建索引，输出后缀为.1.ht2到.8.ht2的八个文件。如果索引较大，后缀改为ht2l。后续的比对需要这八个文件，并且一旦索引构建成功，就不在需要原始的dna文件。使用Karkkainen的逐块算法可以使hisat2构建在运行时间和内存使用之间进行权衡。hisat2-build具有三种控制权衡的选项：[-p /-packed...
2020-02-24 10:07:45
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原创 我的避难日记-《R：pheatmap》，热图，heatmap，聚类
使用R绘制热图的方法有很多，pheatmap可以 归一化数值，添加注释，行列聚类。根据R包中自带的说明code学习了一下 可以实现基本的目的
2020-02-06 10:55:08
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原创 最近的心结（1）-药物筛选
The most common or “standard” zebrafish small molecule screening design uses a single concentration (10 µM) in a wild type genetic background, but how this design might be improved by varying and add...
2018-12-17 22:33:39
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空空如也
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