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生信技能学习-R
wangshuo0782
这个作者很懒,什么都没留下…
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samtools view 和 sort
前者转化文件格式,后者将sam(比对地图)按照header位置或者reads名字排序,一般默认是位置。下面引用其他人的笔记samtools viewUsage: samtools view [options] <in.bam>|<in.sam>|<in.cram> [region ...]Options: -b output BA...原创 2020-02-25 12:23:12 · 3979 阅读 · 0 评论 -
Running HISAT2
Running HISAT2ReportingThe reporting mode governs how many alignments HISAT2 looks for, and how to report them.In general, when we say that a read has an alignment, we mean that it has a valid a...原创 2020-02-24 17:17:06 · 669 阅读 · 0 评论 -
hisat2-build
The hisat2-build indexer使用dna文件构建索引,输出后缀为.1.ht2到.8.ht2的八个文件。如果索引较大,后缀改为ht2l。后续的比对需要这八个文件,并且一旦索引构建成功,就不在需要原始的dna文件。使用Karkkainen的逐块算法可以使hisat2构建在运行时间和内存使用之间进行权衡。hisat2-build具有三种控制权衡的选项:[-p /-packed...原创 2020-02-24 10:07:45 · 7897 阅读 · 0 评论 -
我的避难日记-《R:pheatmap》,热图,heatmap,聚类
使用R绘制热图的方法有很多,pheatmap可以 归一化数值,添加注释,行列聚类。根据R包中自带的说明code学习了一下 可以实现基本的目的原创 2020-02-06 10:55:08 · 6397 阅读 · 0 评论