linux质控命令,Linux下microRNA质控-cutadapt安装

如果Linux系统已安装pip或conda，cutadapt的安装相对简便一些，示例如下：

1.pip安装

pip install --user --upgrade cutadapt

添加环境变量

echo 'export PATH=$PATH:/your path/cutadapt-1.10/bin ' >> ~/.bashrc

2.conda安装

conda install -c bioconda cutadapt

3.如果很不幸，以上两个软件都未安装，则可以使用python进行安装。流程如下：

3.1 下载地址：

https://pypi.python.org/pypi/cutadapt/

3.2 解压

tar -zxvf cutadapt-1.10.tar.gz

3.3 进解压后的目录

cd cutadapt-1.10

3.4 安装

python setup.py install --user

3.5 如果安装过程中，出现报错“error: command 'gcc' failed with exit status 1 ", 查看报错详细信息中显示，缺少Python.h文件，那么需要安装运行python-dev。

(1)首先检索dev开发包：

yum search python |grep -i devel

(2)安装

yum install python-devel.x86_64

4.去除接头

cutadapt -a 3'端接头 -g 5'端接头 -o output.fastq input.fastq

cutadapt去接头原理如下：