社会你明哥，人狠话又多！【小明的碎碎念】与你不见不散！作为一名搞数据的生物狗，咱们是生物狗中代码写得最六的，程序员中生物学得最好的——大家没意见吧，有意见请憋着
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下面是正文
目录
Perl
1.1. Perl中getopt传参
1.2. Perl中输出帮助文档
1.3. 实现实例Shell
2.1. Shell中的getopt传参
2.2. Shell中输出帮助文档
2.3. 实现实例Python
3.1. Python中的getopt传参
3.2. Python中输出帮助文档
3.3. 实现实例
基于本人对多种编程语言的粗浅了解，不论是哪种编程语言它的参数传递方式主要分为下面两类：
直接传递(以Perl为例进行说明)
在调用脚本时，直接传递参数，如：
./script.pl a b c然后在脚本中用
@ARGV变量获取这些参数
getopt方法
这种方法是大多数专业程序中都会用到的方法，使用的时候在参数名前加连接符，后面接上参数的实际赋值，例如：
-a 1不过getopt方法的参数解析方式略显复杂，下面会在具体的语言中进行逐一说明
直接传递的传参方式的优点是编写和使用起来很方便，但缺点很明显，参数的顺序是固定的，不能随意改变，每回使用时都需要确定各个参数分别是什么，而且一般采用这种传参方式的人是不会编写帮助文档的，所以一旦忘了只能查看源代码
getopt方法的优点是，传参方式灵活，而且采用这种传参方式的程序员一般都会在程序中添加帮助文档，因此这种传参方式对用户是非常友好的，但是对于程序员来说，则意味着他或她不得不多写好几行代码——所以一个好的程序员头顶凉凉是可以理解的~
以下我们只介绍第二种传参方法
1. Perl
1.1. Perl中getopt传参
Perl中的这个功能需要通过调用Getopt::Long模块实现
use Getopt::Long;
然后使用GetOptions函数承接传递的参数：
my ($var1,$var2,$var3,$var4); # 若使用"use strict"模式，则需要提前定义变量
GetOptions(
"i:s"=>\$var1,
"o:s"=>\$var2,
"n:i"=>\$var3,
"m:i"=>\$var4
);
这样，你就可以通过以下的方式进行灵活的Perl脚本参数传递了：
$ perl perlscript.pl -i var1 -o var2 ...
1.2. Perl中输出帮助文档
可以使用POD文档实现在Perl中输出帮助文档，想了解更多关于POD文档的知识，请点 这里
=head1 part1
doc in part1
=head2 part2
doc in part2
.
.
.
=cut # pod文档结束的标志
注意：每个=标签上下必须隔一行，否则就会错误解析。
用pod2doc $0可以将程序中的文档打印出来，不过一般用在程序内部，当程序参数设定错误时打印pod文档：
die `pod2doc $0` if (...);
1.3. 实现实例
#!/usr/bin/perl
use strict;
use warnings;
use Getopt::Long;
use POSIX;
# 帮助文档
=head1 Description
This script is used to split fasta file, which is too large with thosands of sequence
=head1 Usage
$0 -i -o [-n ] [-m ]
=head1 Parameters
-i [str] Input raw fasta file
-o [str] Output file to which directory
-n [int] Sequence number per file, alternate chose paramerter "-n" or "-m", if set "-n" and "-m" at the same time, only take "-n" parameter
-m [int] Output file number (default:100)
=cut
my ($input,$output_dir,$seq_num,$file_num);
GetOptions("i:s"=>\$input,"o:s"=>\$output_dir,"n:i"=>\$seq_num,"m:i"=>\$file_num
);die `pod2text $0` if ((!$input) or (!$output_dir));
.
.
.2. Shell
2.1. Shell中的getopt传参
Shell中的这个功能可以通过getopts函数实现
getopts [option[:]] [DESCPRITION] VARIABLE
option：表示为某个脚本可以使用的选项
":"：如果某个选项(option)后面出现了冒号(":")，则表示这个选项后面可以接参数(即一段描述信息DESCPRITION)
VARIABLE：表示将某个选项保存在变量VARIABLE中
while getopts ":a:b:c:" opt
do
case $opt in
a)
echo "参数a的值$OPTARG"
;;
b)
echo "参数b的值$OPTARG"
;;
c)
echo "参数c的值$OPTARG"
;;
?)
echo "未知参数"
exit 1;;
esac
done
2.2. Shell中输出帮助文档
在Shell中编辑一个helpdoc( )的函数即可实现输出帮助文档
helpdoc(){
cat <Description:
.
.
.
Usage:
$0 -a -b -c ...Option:
.
.
.
EOF
}将你想要打印出来的帮助信息写在cat <和EOF之间
之所以使用EOF来编写是因为，这是一种所见即所得的文本编辑形式(这个不好解释，请自行百度)
当你要打印帮助文档时，直接调用执行helpdoc( )函数即可
# 当没有指定参数时，即参数个数为0时，输出帮助文档并退出程序执行
if [ $# = 0 ]
then
helpdoc()
exit 1
fi
2.3. 实现实例
helpdoc(){
cat <Description:
This shellscript is used to run the pipeline to call snp using GATK4
- Data merge: merge multi-BAM files coresponding to specified strain
- Data pre-processing: Mark Duplicates + Base (Quality Score) Recalibration
- Call variants per-sample
- Filter Variants: hard-filtering
Usage:
$0 -S -R -k -i
Option:
-S strain name, if exist character "/", place "/" with "_" (Required)
-R the path of bwa index (Required)
-k known-sites variants VCF file
-i intervals list file,must be sorted (Required)
EOF
}
workdir="/work_dir"# 若无指定任何参数则输出帮助文档if [ $# = 0 ]then
helpdocexit 1fiwhile getopts "hS:k:R:i:" optdocase $opt in
h)
helpdocexit 0
;;
S)
strain=$OPTARG# 检测输入的strain名是否合格：是否含有非法字符"/"if [[ $strain =~ "/" ]]thenecho "Error in specifing strain name, if exist character \"/\", place \"/\" with \"_\""
helpdocexit 1fiif [ ! -d $workdir/SAM/$strain ]thenecho "There is no such folder coresponding to $strain"
helpdocexit 1fi
;;
R)
index=$OPTARG
;;
k)
vcf=$OPTARGif [ ! -f $vcf ]thenecho "No such file: $vcf"
helpdocexit 1fi
;;
i)
intervals=$OPTARGif [ ! -f $bed ]thenecho "No such file: $intervals"
helpdocexit 1fi
;;
?)echo "Unknown option: $opt"
helpdocexit 1
;;esacdone
.
.
.3. Python
3.1. Python中的getopt传参
Python中的这种功能需要通过getopt模块实现
import getopt
Python脚本获得成对的参数名和参数值后，会分别把它们保存在一个字典变量中，参数名为key，参数值为value
opts,args = getopt.getopt(argv,"hi:o:t:n:",["ifile=","ofile=","time="])
getopt函数的使用说明：
argv：使用argv过滤掉第一个参数(它是执行脚本的名字，不应算作参数的一部分)
"hi:o:t:n:"：使用短格式分析串，当一个选项只是表示开关状态时，即后面不带附加参数时，在分析串中写入选项字符。当选项后面是带一个附加参数时，在分析串中写入选项字符同时后面加一个":" 号
["ifile=","ofile=","time="]：使用长格式分析串列表，长格式串也可以有开关状态，即后面不跟"=" 号。如果跟一个等号则表示后面还应有一个参数
然后通过条件判断的方法对参数进行解析：
for opt,arg in opts:
if opt in ("-h","--help"):
print(helpdoc)
sys.exit()
elif opt in ("-i","--ifile"):
infile = arg
elif opt in ("-t","--time"):
sleep_time = int(arg)
.
.
.
3.2. Python中输出帮助文档
在Python中创建一个字符串变量helpdoc即可实现输出帮助文档
helpdoc = '''
Description
...
Usage
python pyscript.py -i/--ifile -o/--ofile -t/--time ...
Parameters
-h/--help
Print helpdoc
-i/--ifile
Input file, including only one column with sampleId
-o/--ofile
Output file, including two columns, the 1st column is sampleId, the 2nd column is attribute information
-t/--time
Time for interval (seconds, default 5s)
...
'''
在需要时将这个变量打印出来即可：
try:
opts,args = getopt.getopt(argv,"hi:o:t:n:",["ifile=","ofile=","time="])
if len(opts) == 0:
print("Options Error!\n\n"+helpdoc)
sys.exit(2)
except getopt.GetoptError:
print("Options Error!\n\n"+helpdoc)
sys.exit(2)
3.3. 实现实例
import getopt
.
.
.
if __name__ == '__main__':
...
helpdoc = '''
Description
This script is used to grab SRA sample attributes information based on SampleId
Usage
python webspider_ncbiBiosample.py -i/--ifile -o/--ofile -t/--time -n/--requests-number
Parameters
-h/--help
Print helpdoc
-i/--ifile
Input file, including only one column with sampleId
-o/--ofile
Output file, including two columns, the 1st column is sampleId, the 2nd column is attribute information
-t/--time
Time for interval (seconds, default 5s)
-n/--requests-number
Setting the requests number between interval (default 10)
'''
# 获取命令行参数
try:
opts,args = getopt.getopt(argv,"hi:o:t:n:",["ifile=","ofile=","time="])
if len(opts) == 0:
print("Options Error!\n\n"+helpdoc)
sys.exit(2)
except getopt.GetoptError:
print("Options Error!\n\n"+helpdoc)
sys.exit(2)
# 设置参数
for opt,arg in opts:
if opt in ("-h","--help"):
print(helpdoc)
sys.exit()
elif opt in ("-i","--ifile"):
infile = arg
elif opt in ("-o","--ofile"):
outfile = arg
# 若指定的输出文件已经存在，让用户决定覆盖该文件，还是直接退出程序
if os.path.exists(outfile):
keyin = input("The output file you specified exists, rewrite it?([y]/n: ")
if keyin in ("y","Y",""):
os.remove(outfile)
elif keyin in ("n","N"):
print("The output file existed!\n")
sys.exit(2)
else:
print("Input error!\n")
sys.exit(2)
elif opt in ("-t","--time"):
sleep_time = int(arg)
elif opt in ("-n","--requests-number"):
requestNum = int(arg)
.
.
.
参考资料：
(1) 小明github笔记：Perl进阶笔记
https://github.com/Ming-Lian/Bioinformatics-skills/blob/master/Perl%E8%BF%9B%E9%98%B6%E7%AC%94%E8%AE%B0.md
(2) 小明github笔记：实用小脚本
https://github.com/Ming-Lian/Bioinformatics-skills/blob/master/%E5%AE%9E%E7%94%A8%E5%B0%8F%E8%84%9A%E6%9C%AC.md
(3) 小明github笔记：Linux (Raspbian) 操作进阶——Shell编程
https://github.com/Ming-Lian/Hello-RaspberryPi/blob/master/Linux%E6%93%8D%E4%BD%9C%E8%BF%9B%E9%98%B6.md#shell-programing
(4) Python 命令行参数和getopt模块详解
https://www.cnblogs.com/kex1n/p/5975722.html
【小明的碎碎念】系列往期精彩文章：
(1)三代测序入门：技术原理与技术特点
(2)三代测序入门：PacBio数据分析
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