entrez检索系统要服务器吗,BioPerl module Bio :: DB :: EntrezGene不再工作

这个工作好几个月,最近两个星期前。但是最近它只返回一个错误。

对我来说最奇怪的事情是,即使我只是从文档运行示例代码,也会发生这种情况。例如,如果我运行此:

#!/usr/bin/perl

use strict;

use warnings;

use Bio::DB::EntrezGene;

my $db = Bio::DB::EntrezGene->new;

my $seqio = $db->get_Stream_by_id([2, 4693, 3064]); # Gene ids

while (my $seq = $seqio->next_seq) {

print "id is ", $seq->display_id, "\n";

}

exit;

我得到这个:

Replacement list is longer than search list at /Library/Perl/5.12/Bio/Range.pm line 251.

UNIVERSAL->import is deprecated and will be removed in a future perl at /Library/Perl/5.12/Bio/Tree/TreeFunctionsI.pm line 94

Data Error: none conforming data found on line 1 in /var/folders/2f/55z0d46n3l10bq650j6svgw89rmqw1/T/mkguvw1MOO/VR86iPUDSJ!

first 20 (or till end of input) characters including the non-conforming data:

::= {

{

track-

at /Library/Perl/5.12/Bio/SeqIO/entrezgene.pm line 171

如果任何人有什么可能什么和如何解决它的任何想法,它会非常感激。谢谢!

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