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RSS订阅原创 UnicodeDecodeError: ‘utf-8‘ codec can‘t decode byte 0xff in position 0: invalid start byte
【代码】【无标题】UnicodeDecodeError: ‘utf-8‘ codec can‘t decode byte 0xff in position 0: invalid start byte。
2023-06-16 15:01:40
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原创 neo4j数据库学习资料（全）
文章目录1. neo4j介绍Neo4j的特点Neo4j的优点Neo4j的数据模型2. neo4j安装2.1 Windows 安装2.1.1 安装JDK 11（1）下载JDK安装文件（2） JDK安装（3）设置环境变量2.1.2 安装neo4j**（1）下载并解压**（2）启动neo4j: 打开一个终端，并转到neo4j的安装目录下，然后使用命令启动neo4j**（2）启动neo4j: 使用浏览器打开： http://localhost:7474/****（3）关闭neo4j, 在终端内同时按住`Ctrl-C
2021-11-03 19:45:17
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原创 Shiny-Server的安装和使用教程
文章目录Shiny-Server安装UbuntuRedHat/CentOSshiny-server的启动和停止Shiny-Server管理谁来运行shiny Appshiny App运行所需的R包设置端口号LocationShiny-ServerShiny server 可以在线发布shiny应用程序并让用户可以在线管理自己的shiny应用程序。Shiny Server运行各种不同的shiny程序，Shiny Server can manage R processes running various
2021-10-29 10:25:04
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原创 有关生信的链接和个人博客
高通量测序数据处理学习记录高通量测序数据处理学习记录（零）：NGS分析如何选择合适的参考基因组和注释文件高通量测序数据处理学习记录（一）：比对软件STAR的使用高通量测序数据处理学习记录（二）：Read Counts的提取高通量测序数据处理学习记录（三）：Pathway Analysis及GSEA高通量测序数据处理学习记录（四）：DeepTools学习笔记高通量测序数据处理学习记录（五）：上传二代测序数据到GEO高通量测序数据处理学习记录（六）：什么是测序深度和测序覆盖度？高通量测序数据处理
2021-01-22 10:35:15
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原创 R读取gmt文件的六种方式
R读取gmt文件的五种方式kegg_geneset1 <- qusage::read.gmt("c2.cp.kegg.v7.0.symbols.gmt") #返回的是listkegg_geneset2 <- clusterProfiler::read.gmt("c2.cp.kegg.v7.0.symbols.gmt") #返回的是表格kegg_geneset3 <- GSA::GSA.read.gmt("c2.cp.kegg.v7.0.symbols.gmt") #"GSA.gene
2020-10-12 17:16:23
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原创 R安装XML
R安装XML，不管是windows还是linux，其实都是最好就是下载跟你的R版本对应的包进行安装才行。去到https://cran.r-project.org/web/packages/XML/index.html, 如下图：然后呢，关注一下你的R是哪个版本的，然后要下载对应的版本，从 XML_archive上找到，下载下来，本地安装。另外注意一下，依赖关系那里，就是我打了方框那，需要看看你的系统是否有安装，不然的话，还是要看看其他的教程是怎么安装libxml2的。...
2020-08-12 22:01:27
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原创 linux安装neo4j及远程访问neo4j
参考资料：Linux上Java的安装与配置在Linux系统中安装Neo4j-Neo4j在linux环境下的安装-远程访问neo4jStep1: 安装JAVA1.下载 JDK进入 Oracle 官方网站 下载合适的 JDK 版本，准备安装。注意：这里需要下载 Linux 版本。这里以jdk-8u151-linux-x64.tar.gz为例，你下载的文件可能不是这个版本，这没关系，...
2019-12-12 10:36:25
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原创 GPL对应的Bioconductor注释包(最全)
GPL对应的Bioconductor注释包(最全)这个是我自己通过代码查找到的GPL对应的bioconductor的注释包，如果是能够找到的话，那么就是这个GPL平台号有应的注释包，如果在这里没有找到的话，那就应该是没有的咯。一个比较简单实用的方法，在这个网页下，直接快捷键 Ctrl + F, 然后输入你的平台号，就可以快速找到你要的注释包名称了。至于我如何得到的这个列表，看最底下的代码。...
2019-11-21 16:33:49
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原创 获取节点的所有属性 neo4j
获取节点的所有属性 neo4j其实是很简单的，我们用properties() 函数就可以获取这个节点的所有属性了。获取节点的所有id号 neo4j用的是id() 这个函数来获得的。获取节点的label neo4j用的是labels()函数例子比如： 我的代码查找TF的Match (n:TF) return properties(n) AS properties,ID(n) as ...
2019-10-16 14:14:53
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原创 R 中merge()函数匹配数据或根据一列或多列来合并两个数据框
写merge()这个函数呢，是因为它可以像excel里面的vlookup的功能，根据信息在某个数据框或矩阵内查找并获取你想要的信息。1 先准备数据集准备authors的数据框 和 authorN 数据框authors <- data.frame( ## I(*) : use character columns of names to get sensible sort order...
2019-10-06 16:40:52
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原创 neo4j字符串操作大全
1. 字符串基本操作函数 1.1 空格删除1.2 文本替换 replace() 1.3 文本反转reverse()1.4 文本截取1.5 文本拆分 split()2. 字符串匹配筛选3. apoc 包的字符串操作函数4. 字符串操作符5. 参考资料 字符串基本操作函数函数函数用途lTrim()删除字符串左边多余的空格rTrim()删除字符串右...
2019-09-30 18:10:11
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原创 基因富集分析 GSEA for time-course
基因富集分析（Gene Set Enrichment Analysis，GSEA）是一种针对全基因组表达谱芯片数据的分析方法，将基因与预定义的基因集进行比较。即综合现有的对基因的定位、性质、功能、生物学意义等信息基础，构建一个分子标签数据库，在此数据库中将已知基因按照染色体位置、已建立基因集、模序、肿瘤相关基因集和GO基因集等多个功能基因集进行分组与归类。通过分析基因表达谱数据，了解它们在特定的功...
2019-09-17 21:58:57
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原创 Error: The client is unauthorized due to authentication failure.解决办法
我在用R的neo4jshell包时，运用查询语句时：出现这样的错误：Error: The client is unauthorized due to authentication failure.其实，处理neo4jshell包可以将R和neo4j连接外，还有RNeo4j、neo4r也可以。但是也可能出现这样的错误提示。这时，需要到neo4j对应的文件：neo4j.conf中修改某些内容：...
2019-08-06 13:52:12
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原创 neo4j入门——neo4j安装和简易操作
1. 安装Java在安装neo4j之前，需要先确定你的电脑是否已经安装Java程序，如果没有，你可以参考这个安装教程。https://blog.csdn.net/Good_zwn/article/details/879065992. neo4j下载neo4j下载地址： https://neo4j.com/download-center/#releases选择community Serve...
2019-07-28 20:40:21
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原创 Gene id 转换(四种基因各种id转换方法)
对于这三种方法的使用参数在代码里面写了，你可以看看先把基因集对应的注释包安装了，并且加载出来library(org.Hs.eg.db)#这个是属于注释包，每个基因集可能对应的注释包不一样，要从基因集所在的平台找到对应的注释包，然后从bioconductor获取安装。基因集准备data(geneList, package="DOSE")gene <- names(geneList)...
2019-04-17 13:25:44
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原创 org.Hs.eg.db安装
org.Hs.eg.db安装我先把问题解决的办法给出来吧。这个是安装成功了的。1.去http://www.bioconductor.org/packages/release/data/annotation/html/org.Hs.eg.db.html下载安装包但是你要注意自己下载的位置在哪，记住路径。后面安装的时候会用到的。然后直接在你的R里面输入以下的代码，记得额，前面的路径和包名要对...
2019-04-11 10:18:34
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原创 jupyter安装R
这是选择镜像，选择国内的镜像会让下载安装更快一点，当然，安装R包时网速占了很多一部分原因options(repos=structure(c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")))接下来就是安装下面的这些R包install.packages(c('repr', 'IRdisplay', 'evaluate', 'crayon'...
2019-04-02 11:01:56
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空空如也
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