r语言进行go富集分析_R语言：clusterProfiler进行GO富集分析和Gene_ID转换

一、读取文件，ID转换

1.读取文件

library(clusterProfiler)

library(org.Hs.eg.db)

#读取文件，原始文件中使用空格分割的

go_ythdf2

go_ythdf2

2.ID转换，ENTREZID是进行GO分析最好的ID类型(针对clusterProfiler)

ID转换用到的是bitr()函数，bitr()的使用方法：

bitr(geneID, fromType, toType, OrgDb, drop = TRUE)

geneID：一个含有gene_name的矢量

orgDb：人类的注释包是 org.Hs.eg.db

fromType：输入的gene_name的类型

toType：需要转换成的gene_name的类型，可以是多种类型，用大写character类型向量表示

3.gene_name的类型查看

org.Hs.eg.db包含有多种gene_name的类型

#查看org.Hs.eg.db中可以被选择/使用的类型

keytypes(org.Hs.eg.db)

[1] "ACCNUM" "ALIAS" "ENSEMBL" "ENSEMBLPROT" "ENSEMBLTRANS" "ENTREZID"

[7] "ENZYME" "EVIDENCE" "EVIDENCEALL" "GENENAME" "GO" "GOALL"

[13] "I