r语言npsurv_R语言系列6:生存分析中多重时间依赖性ROC曲线绘制 timeROC

上一篇文章,我们讲到,以及

今天主要围绕生存分析中,预测模型验证部分,如何将多条time-depend ent ROC 曲线绘制在一个图里,进行示范操作

1

模型构建(同前)

有关模型构建,前面已述,代码与之前重复

输入文件:dev.csv

模型构建:

dev=80'))dev$sex=8'))dev$grade

Calibration curve绘制:

#计算三年生存率的标准曲线fcox3

2

计算模型预测值

基于多因素Cox回归系数,计算每个样本风险值 PI,使用if循环

agen

依据PI,进行ROC绘制,可作为模型评估的一种方法,分别绘制1,3,5年

在此以3年为例,进行示范

#用"KM"法拟合PI指标的3年ROC曲线library(survivalROC) # 载入程序包nobs

3

绘制多个时间点timeROC

这里有两种常用方法,

1.ggplot

2.timeROC package (需要安装对应版本Rtools,略麻烦,后续介绍)

推荐第一种,该方法参考自果子学生信,果子老师的博客,进行适当修改

survivalROC_helper %mut

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