上一篇文章,我们讲到,以及
今天主要围绕生存分析中,预测模型验证部分,如何将多条time-depend ent ROC 曲线绘制在一个图里,进行示范操作
1
模型构建(同前)
有关模型构建,前面已述,代码与之前重复
输入文件:dev.csv
模型构建:
dev=80'))dev$sex=8'))dev$grade
Calibration curve绘制:
#计算三年生存率的标准曲线fcox3
2
计算模型预测值
基于多因素Cox回归系数,计算每个样本风险值 PI,使用if循环
agen
依据PI,进行ROC绘制,可作为模型评估的一种方法,分别绘制1,3,5年
在此以3年为例,进行示范
#用"KM"法拟合PI指标的3年ROC曲线library(survivalROC) # 载入程序包nobs
3
绘制多个时间点timeROC
这里有两种常用方法,
1.ggplot
2.timeROC package (需要安装对应版本Rtools,略麻烦,后续介绍)
推荐第一种,该方法参考自果子学生信,果子老师的博客,进行适当修改
survivalROC_helper %mut