python物理学高效计算_Python物理学高效计算

第 一部分 起步 n

第 1章 命令行简介 3 n

1．1 Shell概览 3 n

1．1．1 Shell是 一 款编程 n

语言 4 n

1．1．2 路径和pwd 5 n

1．1．3 主目录(~) 7 n

1．1．4 列出内容(ls) 8 n

1．1．5 更改目录(cd) 9 n

1．1．6 查看文件内容(head n

和tail命令) 12 n

1．2 操作文件和目录 12 n

1．2．1 创建文件(nano、emacs、 n

vi、cat、>、 n

touch) 12 n

第 一部分 起步 n

第 1章 命令行简介 3 n

1．1 Shell概览 3 n

1．1．1 Shell是 一 款编程 n

语言 4 n

1．1．2 路径和pwd 5 n

1．1．3 主目录(~) 7 n

1．1．4 列出内容(ls) 8 n

1．1．5 更改目录(cd) 9 n

1．1．6 查看文件内容(head n

和tail命令) 12 n

1．2 操作文件和目录 12 n

1．2．1 创建文件(nano、emacs、 n

vi、cat、>、 n

touch) 12 n

1．2．2 复制和重命名文件 n

(cp和mv) 17 n

1．2．3 创建目录 n

(mkdir) 18 n

1．2．4 删除文件和目录 n

(rm) 19 n

1．2．5 标志和通配符 21 n

1．3 获取帮助 22 n

1．3．1 阅读程序手册 n

(man) 22 n

1．3．2 找到正确的 n

工具(apropos) 24 n

1．3．3 用重定向和管道组合 n

多个实用程序 n

(>、>>、|) 25 n

1．4 权限和共享 26 n

1．4．1 查看权限(ls –l) 27 n

1．4．2 设置所有权 28 n

1．4．3 设置权限 n

(chmod) 29 n

1．4．4 创建链接(ln) 29 n

1．4．5 连接其他计算机 n

(ssh和scp) 30 n

1．5 环境 31 n

1．5．1 保存环境变量 n

(．bashrc) 33 n

1．5．2 运行程序 n

(PATH) 34 n

1．5．3 别名命令 n

(alias) 35 n

1．6 使用bash编写脚本 36 n

1．7 本章小结 38 n

第 2章 Python编程起步 39 n

2．1 运行Python 40 n

2．2 注释 41 n

2．3 变量 42 n

2．4 特殊变量 44 n

2．4．1 布尔值 44 n

2．4．2 None不是0！ 45 n

2．4．3 NotImplemented n

不是None！ 45 n

2．5 操作符 45 n

2．6 字符串 49 n

2．6．1 字符串索引 50 n

2．6．2 字符串连接 52 n

2．6．3 字符串字面值 53 n

2．6．4 字符串方法 55 n

2．7 模块 56 n

2．7．1 导入模块 56 n

2．7．2 从模块中导入 n

变量 57 n

2．7．3 别名导入 58 n

2．7．4 导入变量别名 58 n

2．7．5 包 59 n

2．7．6 标准库和Python n

生态系统 61 n

2．8 本章小结 62 n

第3章 基本容器 63 n

3．1 列表 64 n

3．2 元组 68 n

3．3 集合 69 n

3．4 字典 71 n

3．5 本章小结 73 n

第4章 流程控制和逻辑运算 75 n

4．1 条件语句 75 n

4．1．1 if-else语句 78 n

4．1．2 if-elif-else语句 79 n

4．1．3 if-else表达式 80 n

4．2 异常 80 n

4．2．1 抛出异常 81 n

4．3 循环 83 n

4．3．1 while循环 83 n

4．3．2 for循环 85 n

4．3．3 解析式 87 n

4．4 本章小结 90 n

第5章 使用函数 91 n

5．1 Python中的函数 91 n

5．2 关键字参数 94 n

5．3 变长参数 96 n

5．4 多返回值 98 n

5．5 作用域 99 n

5．6 递归 102 n

5．7 lambda 103 n

5．8 生成器 104 n

5．9 装饰器 107 n

5．10 本章小结 110 n

第6章 类和对象 112 n

6．1 面向对象 112 n

6．2 对象 113 n

6．3 类 117 n

6．3．1 类变量 118 n

6．3．2 实例变量 120 n

6．3．3 构造器 121 n

6．3．4 方法 123 n

6．3．5 静态方法 126 n

6．3．6 鸭子类型 127 n

6．3．7 多态 128 n

6．4 装饰器和元类 132 n

6．5 本章小结 134 n

第 2部分 上手 n

第7章 分析和可视化 139 n

7．1 准备数据 139 n

7．1．1 实验数据 143 n

7．1．2 模拟数据 144 n

7．1．3 元数据 145 n

7．2 载入数据 145 n

7．2．1 NumPy 146 n

7．2．2 PyTables 147 n

7．2．3 Pandas 147 n

7．2．4 Blaze 148 n

7．3 清理和改写数据 149 n

7．4 分析 153 n

7．4．1 模型驱动的分析 154 n

7．4．2 数据驱动的分析 155 n

7．5 可视化 156 n

7．5．1 可视化工具 157 n

7．5．2 gnuplot 158 n

7．5．3 matplotlib 160 n

7．5．4 Bokeh 165 n

7．5．5 Inkscape 167 n

7．6 本章小结 167 n

第8章 正则表达式 169 n

8．1 示例：杂乱的磁性 170 n

8．2 命令行中的元字符 171 n

8．2．1 用简单的模式 n

列出文件 172 n

8．2．2 根据模式全局查找 n

文件名(find) 173 n

8．3 grep、sed、awk 179 n

8．4 在文件中查找模式 n

(grep) 179 n

8．5 在文件中查找和替换 n

(sed) 181 n

8．5．1 查找和替换复杂 n

模式 183 n

8．5．2 sed额外内容 184 n

8．6 处理数据列(awk) 186 n

8．7 Python正则表达式 188 n

8．8 本章小结 190 n

第9章 NumPy：以数组的形式 n

思考 192 n

9．1 数组 193 n

9．2 dtype 195 n

9．3 切片和视图 198 n

9．4 算术和广播 200 n

9．5 花式索引 204 n

9．6 掩模 206 n

9．7 结构数组 209 n

9．8 通用函数 211 n

9．9 其他有用的函数 213 n

9．10 本章小结 215 n

第 10章 数据存储：文件和 n

HDF5 216 n

10．1 Python中的文件 217 n

10．2 关于计算机架构的一些说明 221 n

10．3 HDF5中的重要思想 223 n

10．4 文件处理 225 n

10．5 层次布局 227 n

10．6 分块 229 n

10．7 核内和核外操作 233 n

10．7．1 核内 233 n

10．7．2 核外 234 n

10．8 查询 235 n

10．9 压缩 236 n

10．10 HDF5工具 237 n

10．11 本章小结 239 n

第 11章 物理中重要的数据 n

结构 240 n

11．1 散列表 240 n

11．1．1 调整大小 242 n

11．1．2 冲突 243 n

11．2 数据框 245 n

11．2．1 Series 246 n

11．2．2 DataFrame结构 247 n

11．3 B数 250 n

11．4 k-d树 252 n

11．5 本章小结 256 n

第 12章 并行化执行 258 n

12．1 规模和扩展能力 259 n

12．2 问题分类 261 n

12．3 示例：N体问题 262 n

12．4 非并行 263 n

12．5 线程 267 n

12．6 多处理 273 n

12．7 MPI 276 n

12．8 本章小结 281 n

第 13章 软件部署 283 n

13．1 部署软件本身 284 n

13．1．1 pip 285 n

13．1．2 Conda 289 n

13．1．3 虚拟机 292 n

13．1．4 Docker 293 n

13．2 部署到云端 297 n

13．3 在超算上部署 299 n

13．4 本章小结 300 n

第3部分 完善 n

第 14章 构建流程和软件 305 n

14．1 make 306 n

14．1．1 运行make 308 n

14．1．2 makefile 308 n

14．1．3 目标 309 n

14．1．4 特殊目标 311 n

14．2 构建和运行软件 312 n

14．2．1 Makefile配置 313 n

14．2．2 编译 316 n

14．3 安装 316 n

14．4 本章小结 317 n

第 15章 本地版本控制 318 n

15．1 什么是版本控制 318 n

15．1．1 计算物理中的 n

实验室笔记本 319 n

15．1．2 版本控制工具的 n

类型 320 n

15．2 Git起步 320 n

15．2．1 安装Git 321 n

15．2．2 获取帮助 321 n

15．2．3 控制Git的行为 n

(git config) 322 n

15．3 使用Git进行本地版本 n

控制 323 n

15．3．1 创建本地库 n

(git init) 323 n

15．3．2 暂存文件 325 n

15．3．3 检查本地副本的状态 n

(git status) 326 n

15．3．4 保存快照 n

(git commit) 326 n

15．3．5 git log：查看 n

历史 329 n

15．3．6 查看改动 n

(git diff) 329 n

15．3．7 取消暂存或回滚文件 n

(git reset) 330 n

15．3．8 丢弃提交 n

(git revert) 331 n

15．3．9 列出、创建、删除分 n

支(git branch) 332 n

15．3．10 切换分支 n

(git checkout) 334 n

15．3．11 合并分支 n

(git merge) 334 n

15．3．12 处理冲突 336 n

15．4 本章小结 336 n

第 16章 远程版本控制 337 n

16．1 代码托管(github．com) 337 n

16．2 在GitHub上创建 n

代码库 339 n

16．3 声明远程库 n

(git remote) 339 n

16．4 向远程库发送提交 n

(git push) 340 n

16．5 下载代码库 n

(git clone) 341 n

16．6 从远程库获取内容 n

(git fetch) 344 n

16．7 合并远程库的内容 n

(git merge) 345 n

16．8 Pull等于Fetch加Merge n

(git pull) 345 n

16．9 冲突 346 n

16．10 解决冲突 347 n

16．11 本章小结 348 n

第 17章 调试 350 n

17．1 遇到一个bug 351 n

17．2 print语句 352 n

17．3 交互式调试 354 n

17．4 在Pythong中调试 n

(pdb) 355 n

17．4．1 设置跟踪点 356 n

17．4．2 步进 357 n

17．4．3 查询变量 358 n

17．4．4 设置状态 358 n

17．4．5 运行函数和 n

方法 359 n

17．4．6 继续执行 359 n

17．4．7 断点 360 n

17．5 剖析 360 n

17．5．1 使用pstats查看 n

剖析文件 361 n

17．5．2 可视化查看剖析 n

信息 361 n

17．5．3 使用Kernprof剖析 n

代码 364 n

17．6 linting 365 n

17．7 本章小结 366 n

第 18章 测试 368 n

18．1 为什么要做测试 369 n

18．2 什么时候写测试 369 n

18．3 在哪里编写测试 370 n

18．4 如何测试？测试哪些 n

内容 370 n

18．5 运行测试 373 n

18．6 边界情形 374 n

18．7 单元测试 376 n

18．8 集成测试 378 n

18．9 回归测试 380 n

18．10 测试生成器 380 n

18．11 测试覆盖 382 n

18．12 测试驱动开发 383 n

18．13 本章小结 386 n

第4部分 发布 n

第 19章 文档 389 n

19．1 为什么文档很重要 389 n

19．1．1 文档非常有价值 390 n

19．1．2 编写文档比想象的 n

要简单 390 n

19．2 文档类型 391 n

19．2．1 理论手册 391 n

19．2．2 用户和开 发 者 n

指南 392 n

19．2．3 readme文件 392 n

19．2．4 注释 393 n

19．2．5 自文档代码 395 n

19．2．6 文档字符串 396 n

19．3 自动化 397 n

19．4 本章小结 401 n

第 20章 出版 402 n

20．1 文档处理 403 n

20．1．1 格式和内容 n

分离 403 n

20．1．2 跟踪改动 404 n

20．2 文本编辑器 404 n

20．3 标记语言 405 n

20．3．1 LaTeX 406 n

20．3．2 参考文献 416 n

20．4 本章小结 419 n

第 21章 协作 421 n

21．1 任务单系统 422 n

21．1．1 工作流程概览 422 n

21．1．2 创建问题 424 n

21．1．3 分配问题 425 n

21．1．4 讨论问题 426 n

21．1．5 关闭问题 427 n

21．2 拉取请求和代码审查 427 n

21．2．1 提交拉取请求 428 n

21．2．2 审查合并请求 428 n

21．2．3 合并拉取请求 429 n

21．3 本章小结 429 n

第 22章 许可证、所有权和 n

版权 430 n

22．1 哪些内容可赋予版权 431 n

22．2 首 次发布权 431 n

22．3 什么是公共领域 432 n

22．4 选择一个软件许可证 432 n

22．5 伯克利软件发布 n

许可证(BSD) 434 n

22．6 GNU General Public n

License (GPL) 436 n

22．7 知识共享(CC) 437 n

22．8 其他许可证 438 n

22．9 更换许可证 440 n

22．10 版权不是一切 441 n

22．11 本章小结 442 n

第 23章 关于计算物理进一步 n

思考 443 n

术语 447