matlab逻辑斯蒂生长曲线,R语言绘制逻辑斯蒂(logistic)生长曲线

我们在做真菌或者细菌的时候，一般都需要绘制一条生长曲线。我一般选择用冻干仪将菌丝冻干然后称量干重。

很多物种的生长都符合逻辑斯蒂模型，这里就不过多讲解。直接上代码。

PS：这还是我本科写的代码，时隔两年翻出来用，好有年代感，怀念。

定义数据集：发酵时间为15天，也就是称量15次干重。

m

n

df

逻辑斯蒂模型参数选择

公式：KN0exp(Rm)/(K + N0(exp(R*m) - 1))

可见，需要估计的参数有：K，R，N0

本次使用的deSolve包

一 估计参数的初始值

## 估计参数初始值

library(deSolve)

SS

K_start

R_start

N0_start

二 拟合函数方程

log_formula

formu

三 查看拟合方程的结果

summary(formu)

Parameters:

Estimate Std. Error t value Pr(>|t|)

K.alpha 0.585421 0.009304 62.92 < 2e-16 ***

R.scale 0.382174 0.024379 15.68 8.00e-10 ***

N0.alpha 0.129702 0.008803 14.73 1.72e-09

Signif. codes: 0 ‘’ 0.001 ‘’ 0.01 ‘’ 0.05 ‘.’ 0.1 ‘ ’ 1

Residual standard error: 0.01577 on 13 degrees of freedom

Number of iterations to convergence: 0

Achieved convergence tolerance: 9.839e-06

参数的值都给出了。

四 绘制生长曲线

library(ggplot2)

ggplot(df,aes(m,predict(formu)))+geom_line()+

geom_point(aes(y=n))+

theme_bw()+

theme(panel.grid.minor = element_blank(),panel.grid.major = element_blank())+

scale_x_discrete(limits=c(0:15))+xlab("Fermentation days")+ylab("Dry weight of biomass (mg)")