r语言导出文件为xlxs_R语言可视化展示gff3格式基因组注释文件简单小例子

参考资料

https://girke.bioinformatics.ucr.edu/GEN242/mydoc_Rgraphics_7.html

这个链接还有好几份其他教程，包括 RNAseq分析流程 和 全基因组重测序变异检测流程 等，大体看了一眼，他的流程全都是在R里面操作的。抽时间重复。

这篇文章记录使用R语言的 ggbio 这个包可视化gff3格式的基因组注释文件

我用到的文件是NCBI下载的拟南芥注释文件，为了减小计算压力，我只用到了gff文件的前119行，两个基因。

首先是读入gff文件

用到的函数是 GenomicFeatures R包中的 **makeTxDbFromGFF()**函数

library(GenomicFeatures)
txdb<-makeTxDbFromGFF(file="practice.gff",format="gff3")

可视化

用到的 ggbio 这个包中的 **autoplot()**这个函数

library(ggbio)
autoplot(txdb,
         which=GRanges("CP002684.1", IRanges(100, 9000)),
         names.expr = "gene_id")+
  theme_bw()

结果