gff3格式转换

本文介绍了如何将gmap生成的gff3文件转换为适合gffcompare工具使用的格式,主要操作是移除gff3文件中的target字段。
摘要由CSDN通过智能技术生成

使用gmap软件输出的gff3文件并不能直接用来作为gffcompare的输入文件
故此,需要进行转换,转换也简单就是讲target字段删除即可。


#!/usr/bin/env python
# -*- coding: utf-8 -*- 
__author__ = 'shengwei ma'
__author_email__ = 'shengweima@icloud.com'

with open('LYL_5A.gff3', 'r') as f:
    for line in f:
        line1 = line.strip().split('\t')
        if lin
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