计算机科学武思文,基于RNAGSeq数据集的转录组从头拼接算法-计算机科学.PDF

基于RNAGSeq数据集的转录组从头拼接算法-计算机科学

第 卷 第 期 计 算 机 科 学

４５ 　 １２ Vol．４５No．１２

年 月

２０１８ １２ COMPUTER SCIENCE Dec．２０１８

基于RNAＧSe数据集的转录组从头拼接算法

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武思文 李 静 张少强

(天津师范大学计算机与信息工程学院 天津 )

３００３８７

. ,

摘 要 转录组拼接是基因组测序与功能注解问题的一个重要组成部分 为了提高转录组拼接的精度和效率 文中

. ( )

提出了一种新的转录组从头拼接算法 该算法的主要创新点是提出了最左 长度为 的短序 和右

SteLink kＧmer k

p

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kＧmer的概念 并运用双重哈希表来存储相邻的每对 kＧmer使得拼接更加迅速 准确 应用该算法对 SRA数据库中

、 , .

人 狗和老鼠的测序数据分别进行拼接 结果表明该算法比其他已有算法更高效

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关键词 转录组 从头拼接算法

RNAＧSe KＧmer

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中图法分类号 文献标识码 /

TP３０１．６　　　 　A　　　DOI　１０．１１８９６ ．issn．１００２Ｇ１３７X．２０１８．１２．０４９

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DeNovoTranscritomeAssemblAlorithmBasedonRNAＧSe Datasets

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WUSiＧwen　LIJin　ZHANGShaoＧian

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( , , , )

ColleeofCom uterandInformationEnineerin TianinNormalUniversit Tianin３００３８７China

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Abstract　Transcritomeassemblisanim ortantartofenomeseuencin andfunctionannotations．Toim roveth