基于RNAGSeq数据集的转录组从头拼接算法-计算机科学
第 卷 第 期 计 算 机 科 学
45 12 Vol.45No.12
年 月
2018 12 COMPUTER SCIENCE Dec.2018
基于RNAGSe数据集的转录组从头拼接算法
q
武思文 李 静 张少强
(天津师范大学计算机与信息工程学院 天津 )
300387
. ,
摘 要 转录组拼接是基因组测序与功能注解问题的一个重要组成部分 为了提高转录组拼接的精度和效率 文中
. ( )
提出了一种新的转录组从头拼接算法 该算法的主要创新点是提出了最左 长度为 的短序 和右
SteLink kGmer k
p
, , 、 .
kGmer的概念 并运用双重哈希表来存储相邻的每对 kGmer使得拼接更加迅速 准确 应用该算法对 SRA数据库中
、 , .
人 狗和老鼠的测序数据分别进行拼接 结果表明该算法比其他已有算法更高效
, , ,
关键词 转录组 从头拼接算法
RNAGSe KGmer
q
中图法分类号 文献标识码 /
TP301.6 A DOI 10.11896 .issn.1002G137X.2018.12.049
j
DeNovoTranscritomeAssemblAlorithmBasedonRNAGSe Datasets
p y g q
WUSiGwen LIJin ZHANGShaoGian
g q g
( , , , )
ColleeofCom uterandInformationEnineerin TianinNormalUniversit Tianin300387China
g p g g j y j
Abstract Transcritomeassemblisanim ortantartofenomeseuencin andfunctionannotations.Toim roveth