netlib-java_使用netlib-java进行“符号查找错误”

背景&问题

我在运行Fedora 23的机器上运行Spark的MLLib中的示例时遇到了一些麻烦.我已根据Spark文档使用以下选项构建Spark 1.6.2：

build/mvn -Pnetlib-lgpl -Pyarn -Phadoop-2.4 \

-Dhadoop.version=2.4.0 -DskipTests clean package

并在运行二进制分类示例时：

bin/spark-submit --class org.apache.spark.examples.mllib.BinaryClassification \

examples/target/scala-*/spark-examples-*.jar \

--algorithm LR --regType L2 --regParam 1.0 \

data/mllib/sample_binary_classification_data.txt

我收到以下错误：

/usr/lib/jvm/java-1.8.0-openjdk-1.8.0.92-1.b14.fc23.x86_64/jre/bin/java：符号查找错误：/tmp/jniloader5830472710956533873netlib-native_system-linux-x86_64.so： undefined symbol：cblas_dscal

此形式的错误(使用netlib的符号查找错误)不限于此特定示例.另一方面,弹性网示例(./bin/run-example ml.LinearRegressionWithElasticNetExample)运行没有问题.

试图解决方案

我尝试了许多解决方案无济于事.例如,我在这里查看了一些建议https://datasciencemadesimpler.wordpress.com/tag/blas/,虽然我可以从com.github.fommil.netlib.BLAS和LAPACK成功导入,但上述符号查找错误仍然存​​在.

我已经阅读了fommil / netlib-java中的netlib-java文档,并确保我的系统具有libblas和liblapack共享对象文件：

$ ls /usr/lib64 | grep libblas

libblas.so

libblas.so.3

libblas.so.3.5

libblas.so.3.5.0

$ls /usr/lib64 | grep liblapack

liblapacke.so

liblapacke.so.3

liblapacke.so.3.5

liblapacke.so.3.5.0

liblapack.so

liblapack.so.3

liblapack.so.3.5

liblapack.so.3.5.0

JAVA_OPTS =“ – Dcom.github.fommil.netlib.BLAS = com.github.fommil.netlib.NativeRefBLAS”

在sbt脚本中.因此,我在build / mvn脚本中将这些选项附加到_COMPILE_JVM_OPTS =“…”,这也没有解决问题.

最后,我在网上找到的最后一点建议建议将以下标志传递给sbt：

sbt -Dcom.github.fommil.netlib.BLAS=com.github.fommil.netlib.F2jBLAS \

-Dcom.github.fommil.netlib.LAPACK=com.github.fommil.netlib.F2jLAPACK \

-Dcom.github.fommil.netlib.ARPACK=com.github.fommil.netlib.F2jARPACK

问题仍然存在.我的帖子中仅限于两个链接,但建议可以在github上找到lildata的’scaladatascience’repo的README.md.

有人遇到过这个问题并成功解决了吗？任何和所有的帮助或建议深表感谢.