r语言dataellipse_几行R语言代码搞定菌群与环境因子或临床指标相关性的可视化...

相关性分析是生物信息学中常用的分析方法，可以用来分析菌群与菌群的关联，菌群与因子的关联等等。本文使用R语言内置函数cor()计算变量之间的相关系数，并用corrplot包进行可视化。(本文测试数据为R语言内置数据集mtcars)。

计算相关性矩阵

运用R语言内置函数cor()来计算相关系数：cor(x,method=c("pearson","kendall","spearman"))，其中x是数据框矩阵，而pearson，kendall和spearman是计算相关性的三种方法，函数默认为pearson。

可视化相关系数矩阵

本文使用corrplot包进行相关性矩阵的可视化，corrplot(https://github.com/taiyun/corrplot)是发表在github上的开源R包。

具体过程如下：

install.packages("corrplot")  #安装corrplot包

data(mtcars)  #加载数据集

mydata

head(mydata, 7)  #查看数据前7行

cordata

round(cordata, 2)  #保留两位小数，得到相关性矩阵

##corrplot()函数进行相关矩阵的可视化

该函数通过颜色深浅可视化显著相关程度。参数主要有：

corrplot(corr,method=c("circle","square","ellipse","number","shade","color","pie"),type=c("full"