python中打印输出重定向_如何重定向’打印’输出到一个文件使用python?

我想使用python重定向打印到.txt文件。我有一个’for’循环,它将’打印’我的每个.bam文件的输出;而我想将所有这些输出重定向到一个文件。所以我试图放

f = open('output.txt','w'); sys.stdout = f

在我的脚本的开始。但是我在.txt文件中没有任何东西。

我的脚本如下:

#!/usr/bin/python

import os,sys

import subprocess

import glob

from os import path

f = open('output.txt','w')

sys.stdout = f

path= '/home/xug/nearline/bamfiles'

bamfiles = glob.glob(path + '/*.bam')

for bamfile in bamfiles:

filename = bamfile.split('/')[-1]

print 'Filename:', filename

samtoolsin = subprocess.Popen(["/share/bin/samtools/samtools","view",bamfile],

stdout=subprocess.PIPE,bufsize=1)

linelist= samtoolsin.stdout.readlines()

print 'Readlines finished!'

........print....

........print....

所以有什么问题?除了sys.stdout之外的任何其他方式吗?

谢谢

编辑:

我需要我的结果看起来像:

Filename: ERR001268.bam

Readlines finished!

Mean: 233

SD: 10

Interval is: (213, 252)

  • 0
    点赞
  • 0
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 0
    评论
评论
添加红包

请填写红包祝福语或标题

红包个数最小为10个

红包金额最低5元

当前余额3.43前往充值 >
需支付:10.00
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明:

1.余额是钱包充值的虚拟货币,按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载,可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值