用linux运行vasp,科学网—VASP使用 - 李继存的博文

最新推荐文章于 2024-05-18 14:22:06 发布

不拾掇能这样吗

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文章标签：用linux运行vasp

本文介绍了如何通过脚本管理大量VASP计算任务，包括创建POTCAR文件、处理VASP所需的标准输入文件以及使用自定义脚本进行自动化运行。作者提供了两个bash函数，vsp_ikp用于生成包含所有输入文件路径的ikp文件，而vsp_run则负责复制文件并运行VASP。这种方法允许用户灵活地组合不同的计算配置，简化大规模计算的工作流程。

摘要由CSDN通过智能技术生成

VASP的使用方法设计的缺陷很大, 如果只是简单算个东西, 倒也可以, 若是想大规模使用, 成千上百的文件, 都有着一样的名字, 看了不疯才怪. 所以, 我们需要一个脚本, 将VASP计算的流程进行改造. 改造的原则是支持不同文件名, 且不同文件之间可任意组合.

创建赝势文件POTCAR的脚本整理好四种赝势文件, uspp.LDA, uspp.GGA, paw.LDA, paw.GGA, paw.PBE, 将其分别放于与名称相应的文件夹下, 再将这四个文件夹放在名称为POT的文件夹下

下面的脚本用来提取创建POTCAR

# Language: bashPOTROOT=$1; shiftusage="CatPot \ \Type: uspp.LDA | uspp.GGA | paw.LDA | paw.GGA | paw.PBE"[[ $# -lt 2 ]] && { echo "$usage"; exit; }Type=$1; shiftecho-n >POTCARfor i in$*;dozcat ${POTROOT}/${Type}/$i/POTCAR >> POTCARdonegrep -A 21 VRHFIN POTCAR

vasp运行需要四种输入文件, INCAR, KPOINTS, POSCAR, POTCAR, 且不能是其他名字, 程序也没提供选项指定其他名字. 彻底的解决方法是修改源代码, 困难不大, 但不建议. 除此之外可以使用一个脚本, 先将文件改名, 复制至作业运行目录下, 运行vasp, 完成后复制输出文件至原目录, 再将输出文件更名.

我的解决办法是参照GROMACS的运行方式, 先利用这四个文件产生一个总的输入文件, 然后运行这个.ikp文件即可. ikp文件的内容很简单, 里面写好使用的四个文件的绝对路径, 脚本运行时根据路径复制文件, 运行vasp.

# Language: bashfunction vsp_ikp {usage="\>>&