Linux服务器设置conda,Linux下安装Conda与基本指令

一、Conda简介

Conda 是一个开源的软件包管理系统和环境管理系统，用于安装多个版本的软件包及其依赖关系，并在它们之间轻松切换。 Conda 是为 Python 程序创建的，适用于 Linux，OS X 和Windows，也可以打包和分发其他软件。

conda分为anaconda和miniconda。anaconda是包含一些常用包的版本. miniconda则是精简版，需要啥装啥.

二、下载及安装Conda

(1)官方网址

(2)下载Conda下载安装程序(AnaConda)

1sudo wget https://repo.anaconda.com/archive/Anaconda3-2020.02-Linux-x86_64.sh

(3)安装Conda1

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4#赋予执行权限

chmod 777 Anaconda3-2020.02-Linux-x86_64.sh

#运行

bash Anaconda3-2020.02-Linux-x86_64.sh

所有选项都输入yes,直至安装完毕

注意:在老版本中,安装时会询问是否修改环境变量,但新版本中好像去除了.若出现下图内容,询问是否修改环境变量.建议选择no,不加入环境变量.因为这样会有隐患，特别是当你的服务器之前有安装过软件的话，conda会污染你原来的环境，把你原来设置好的东西进行更改.具体的惨痛教训请参见: Anaconda is a snake.

三、配置环境变量(安装是设置加入环境变量为no)

(1)创建一个文件夹1

2#在家目录下创建.soft文件夹

mkdir ~/.soft

(2)将这个文件夹添加到环境变量中1export PATH="~/.soft:$PATH"

(3)软链接1ln -s ~/anaconda3/bin ~/.soft

这样就可以运行啦~如果还是不行建议试试初始化一下bashrc：. ./bashrc

四、基本指令

(1)查看conda版本1

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3conda -V

# or

conda --version

(2)启动conda(载入环境)1

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10# 1.通过conda指令启动(必须配置了环境变量)

conda activate base

# 2.通过activate文件启动

# 加载到conda安装目录下的bin目录

cd ~/anaconda/bin

# 赋予执行权限

chmod 777 activate

# 启动conda

. ./activate

(3)退出conda(退出环境)1

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10# 1.通过conda指令启动(必须配置了环境变量)

conda deactivate

# 2.通过activate文件启动

# 加载到conda安装目录下的bin目录

cd ~/anaconda/bin

# 赋予执行权限

chmod 777 activate

# 退出环境

. ./deactivate

(4)创建conda环境1

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3#-n name 设置新的环境的名字为name

#python=3 指定新环境的python的版本

conda create -n name python=3

(5)删除conda环境1

2# 删除名字为name的环境

conda remove -n name --all

(6)重命名环境

将name1环境重命名为name2环境

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4# 克隆name1至name2

conda create -n name2 --clone name1

# 将name1环境删除

conda remove -n py2 --all

五、添加频道

(1)官方channel：

官方频道国内很慢,建议使用第二种方法添加清华Anaconda 镜像频道

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3conda config --add channels bioconda

conda config --add channels conda-forge

conda config --add channels genomedk

(2)清华Anaconda 镜像:

各系统都可以通过修改用户目录下的 .condarc 文件。Windows 用户无法直接创建名为 .condarc 的文件，可先执行 conda config --set show_channel_urls yes 生成该文件之后再修改。

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4# 备份原始频道

cp ~/.condarc ~/.condarc.bak

# 修改频道配置文件

vim ~/.condarc

修改.condarc文件为:

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17channels:

- defaults

show_channel_urls: true

channel_alias: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda

default_channels:

- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main

- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free

- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r

- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/pro

- https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/msys2

custom_channels:

conda-forge: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud

msys2: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud

bioconda: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud

menpo: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud

pytorch: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud

simpleitk: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud

运行 conda clean -i 清除索引缓存，保证用的是镜像站提供的索引。

运行 conda create -n myenv numpy 测试一下吧

(3)频道相关命令

1.添加频道1conda config --add channels 频道地址

2.windows下生成.condarc文件1conda config --set show_channel_urls yes

3.查看已经添加的channels1

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4# 通过conda命令查看

conda config --get channels

# 查看配置文件

cat ~/.condarc

六、安装软件指令

(1)安装命令1conda install 软件名

(2)搜索需要的安装包1conda search 软件名

(3)查看软件安装的位置1which 软件名

(4)安装特定版本1conda install 软件名=版本号

(5)查看已安装软件1conda list

(6)更新指定软件1conda update gatk

(7)卸载指定软件1conda remove gatk

七、自定义指令

修改~/.bashrc文件,使用alias语句自定义指令

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4alias 指令名='要执行的shell语句'

#如

alias condaup='. ~/anaconda3/bin/activate'

# 以后可以在控制台使用condaup语句来启动conda环境

参考及感谢

本文引用

参考文档