原标题:SeqKit-FASTA/Q序列处理神器
今天小编给大家介绍一款神器,处理FASTA和FASTQ的工具SeqKit,window\linux系统版本都有。对于没有编程基础的小伙伴们,我们照样可以轻松操作序列文件。
该软件功能强大,小编只罗列部分模块功能,更详细功能参见软件网站:
http://bioinf.shenwei.me/seqkit/usage/。
一、序列操作
seqkit seq [flags] file
参数:
-p, --complement
取互补序列
--dna2rna
DNA to RNA
-l, --lower-case
将序列以小写字母形式输出
-g, --remove-gaps
移除组装序列中的gap
-r, --reverse
取反向序列
--rna2dna
RNA to DNA
-u, --upper-case
将序列以大写字母形式输出
-w, --line-width int
以每行指定长度输出序列 (0 for no wrap) (default 60)
举例:
seqkit seq test.fa -w 0#将此文件fasta序列转换成一行输出
seqkit seq -w 100 test.fa#将此文件fasta序列转换成100个碱基一行输出
seqkit seq --dna2rna test.fa#将此文件fasta序列dna转换成rna
seqkit seq -w 100 -p -r test.fa#将此文件fasta序列反向互补输出,每行100