community 计算模块度_网络模块内连通度(Zi)和模块间连通度(Pi)及在R中计算...

本文介绍了网络模块度中的Zi(模块内连通度)和Pi(模块间连通度)概念,以及它们在识别关键节点中的作用。通过R语言计算节点的Zi和Pi,可以分析网络拓扑结构,识别模块中心点、连接节点、网络中心点和外围节点。文中提供了一个R代码示例,并分享了计算函数。
8d9cb5891c73c5106ced3cec309dd952.gif 模块内连通度(Zi)和模块间连通度(Pi)及在R中计算 49bd9c33fdeea61594b168674fc502a9.gif续前文“网络图的凝聚性特征”和“节点和边特征”,本篇简介两种特殊的节点特征,模块内连通度(Zi)和模块间连通度(Pi)。 

模块内连通度(Zi)和模块间连通度(Pi)的定义

有关网络模块的定义可参考前文“网络图的凝聚性特征”,在网络模块的基础上衍生出了两个重要的节点特征,模块内连通度(Within-module connectivity,Zi)和模块间连通度(Among-module connectivity,Pi),计算如下(Guimerà and Nunes 2005):

0d31ed5d4d1863fdeca8d963585b1774.png

对于Zi,Ki是节点i在模块Si中与其它节点的边数量,`KSi是模块Si中所有节点的K值的平均值(K值为该节点在Si中与其它节点的连接数),σKSi是模块Si中所有节点的K值的标准差。

对于Pi,Kis是节点i与模块S中节点的边数量,ki是节点i的度,M代表模块,NM即代表了所有的模块。根据公式可知,如果与某节点有关的边在所有模块中均匀分布,则该节点的Pi值接近于1;如果与某节点有关的所有的边都在其所属的模块内,则该节点的Pi值为0。

通过模块内连通度(Zi)和模块间连通度(Pi)识别关键节点

依据节点的的拓扑特征可将节点属性分为4种类型,包括:Module hubs(模块中心点,在模块内部具有高连通度的节点,Zi > 2.5且Pi < 0.62),Connectors(连接节点,在两个模块之间具有高连通度的节点,Zi < 2.5且Pi > 0.62),Network hubs(网路中心点,在整个网络中具有高连通度的节点,Zi > 2.5且Pi > 0.62)以及Peripherals(外围节点,在模块内部和模块之间均不具有高连通度的节点,Zi < 2.5且Pi <0.62)。通常将除Peripherals外的其余3种类型的节点归为关键节点(Deng et al. 2012),归因于这些节点处于枢纽位置,不难看出这些关键节点的缺失可能会引起模块和网络的分解,它们在维持网络结构的稳定性中发挥重要作用。

因此,基于模块内连通度(Zi)和模块间连通度(Pi)的网络核心节点判别方法得到了广泛的应用。例如,微生物共发生网络一般

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