alpha值计算 qcolor_alpha指数计算

最新推荐文章于 2023-11-07 21:52:19 发布

Dr.Blaine

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本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_30433439/article/details/114974232

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群落生态学中研究微生物多样性，通过单样本的多样性分析(Alpha多样性)可以反映微生物群落的丰度和多样性，包括一系列统计学分析指数估计环境群落的物种丰度和多样性。

计算菌群丰度(Community richness)的指数有：

Chao - the Chao1 estimator (http://www.mothur.org/wiki/Chao)；

计算菌群多样性(Community diversity)的指数有：

测序深度指数有：

Coverage - the Good’s coverage (http://www.mothur.org/wiki/Coverage)。

各指数算法如下：

ŸChao：是用chao1算法估计样本中所含OTU数目的指数，chao1在生态学中常用来估计物种总数，由Chao(1984)最早提出。本次分析使用计算公式如下：

其中，

=估计的OTU数；

=实际观测到的OTU数；

=只含有一条序列的OTU数目(如"singletons")；

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