vasp程序对计算机的要求,OpenMPI环境下的VASP软件的并行与进程

1. 简介

近年来，材料计算与模拟在新材料研发和材料物性分析中发挥越来越重要的作用，特别是基于量子力学的第一原理(ab initio)计算，构成材料计算与模拟的微观基础 [1] - [8]，由于实验技术和条件的限制，也是对计算需求特别大的阶段。描述微观粒子运动需要求解偏微分方程，对计算能力提出了巨大的挑战。随着高性能计算的能力提升，材料计算软件的并行性能也不断提高，出现了越来越多的适应高性能计算的第一原理并行计算软件，如VASP (Vienna Ab-initio Simulation Package) [9]、QE (Quantum Espresso) [10] 和PWmat [11] 等。考虑到构成宏观物质的微观粒子的数量高达1023量级，现有的高性能计算能力面对材料设计的计算需求，还有不小的距离。

第一原理材料计算软件是基于密度泛函理论(Density Functional Theory) [12] [13] 和周期势条件下电子运动的偏微分方程求解器。计算过程中主要涉及的高性能计算包括：1) 周期势条件下的平面波基组和FFT变换所需的网格分布；2) 矩阵对角化求解DFT基态方程本征值的迭代优化算法。以VASP为例，在网格划分方面，采取了“双网格技术(dual grid)” [14]，即在倒空间用粗网格计算基础上，将网格加密，然后实施FFT到正空间(密网格)，计算有关物理量后，变换回到倒空间(密网格)，最后得到粗网格上的物理量，确保计算精度。而矩阵迭代优化算法则采用了Davison方法、共轭梯度(CG)和RMM-DIIS [15] [16] 等多种优化算法实现。

对称特征值问题作为数值计算的重要问题，存在于很多学科领域中，尤其是材料计算第一性原理，该问题的求解中，矩阵三对角化和三对角矩阵特征值的求解是两个重要的步骤，鉴于问题规模问题，本文中使用分治策略和OpenMPI进行矩阵并行求解，并测试了在分布式模式下的并行求解效率。

本文按以下顺序组织：第二部分介绍HPC并行环境，OpenMPI和LSF集群管理软件，第三部分介绍VASP在HPC作业下的调度、跨节点并行测试和结果进行分析，分别从VASP并行、MPI的体系结构和作业管理系统的资源分配讨论；第四部分为矩阵对角化程序并行算法及测试效果；最后为本文结论。

2. 使用须知

作为以理论计算为基础的计算材料科学来说，计算研究是第一要务。通过模拟计算，可以在不实际制备的前提下深入理解材料的微观结构性质，从而节约研发成本；同时还可以模拟特殊/极限环境下的实验结果，比如对人体健康有害，或者处在压、超低温、强磁场等某些极端条件下，实验测量很难实现或者耗费巨大，可以使用模拟计算来代替或指导实验。

随着HPC能力飞速提高，材料科学应用领域大幅度扩展，更大尺度的体系、更长时间的动力学演化、更精确的理论计算描述成为可能。高性能计算在材料科学中的应用也更加广泛。高性能计算给材料科学研究带来极大便利的同时，材料科学的发展也推动了高性能计算的进步。

2.1. OpenMPI的体系结构

适用于机群、MPP等分布式内存结构的并行编程环境，通常由“并行虚拟机”(Parallel Virtual Machine, PVM)或“消息传递接口”(Message Passing Interface, MPI)来实现。利用PVM工具，可以把互连的各种计算机虚拟为一台并行机，从而为编程人员提供了一个便于管理和使用的编程环境，而由PVM的编译库对程序进行转换，将程序的计算任务分解为若干子任务后合理分配到各个节点机进行并行处理。MPI是一种基于消息传递的并行计算规范，消息(Message)一般包括数据、指令或其它各种控制信号等，MPI提供了一套消息传递库，基于消息传递的并行编程实际上就是通过调用MPI的消息传递库函数实现节点机之间的数据交换，并提供并行处理任务之间的同步等。目前，基于PVM和MPI并行编程环境，都可以支持C、C++和FORTRAN等的并行编程。

Open MPI的基于构件的体系结构不仅为第三方研究提供了稳定的平台，也使得独立软件附件能够在运行时组合。Open